Qeverisja e sanxhakut të Shkodrës nga përfaqësuesit e pashallarëve të Gjakovës dhe të Pejës, nuk mundi të ndalte gjendjen anarkike; konfliktet nuk reshtën as në qytete e as në krahina ku vepronin përkrahësit e dy familjeve të fuqishme feudale shkodrane: Çaushollajve dhe Bushatllinjve. Më 8 shtator 1736 në mes të tregut të Shkodrës u vranë e u plagosën 29 veta nga tarafet e esnafëve të tabakëve (që përkrahnin Bushatllinjtë) dhe të terzijve (që përkrahnin Çaushollajt). Tetë ditë më vonë u vranë e u plagosën 87 veta në një konflikt midis krahinave të Shkrelit dhe të Kastratit, i cili filloi me armë zjarri dhe përfundoi me shpata.
Gjatë luftës austro-osmane të viteve 1736-1739 banorët e Malësisë së Madhe u ngritën përsëri kundër sundimit osman nën nxitjen e kryepeshkopit të Tivarit, Mëhill Sumës, dhe, duke u bashkuar me ushtritë austriake, u bënë ballë me sukses ekspeditave ndëshkimore të vezir Mahmud pashë Begollit. Ndërkohë feudalët shkodranë e vlerësuan fuqinë e tyre luftarake dhe bënë përçapjet e duhura për ta përdorur atë në dobi të synimeve të veta. Që në këtë kohë malësorët filluan të luanin rol me rëndësi në luftën e familjeve rivale vendase për të shtënë në dorë pushtetin e sanxhakut. Çaushollajt ishin të parët që e shfrytëzuan këtë forcë kundër vezirit pejan, Mahmut pashë Begollit, dhe përkrahësve të tij, Bushatllinjve. Me ndihmën e malësorëve Çaushollajt, më 5 shkurt 1739 vranë vezirin në mes të rrugës dhe arritën të merrnin pushtetin në sanxhakun e Shkodrës që e mbajtën thuajse për dhjetë vjet rresht. Gjatë kësaj kohe dështuan orvatjet e Bushatlinjve dhe të përkrahësve të tyre, tarafit të fuqishëm esnafor të tabakëve të Shkodrës dhe agallarëve të pasur e guximtarë të Ulqinit, për të përmbysur Çaushollajt. Këta, duke bërë për vete malësorët dhe duke gëzuar përkrahjen e tarafit esnafor të terzijve, që mbronte edhe interesat e tregtarëve shkodranë, arritën të hynin në luftë dhe të sprapsnin me armë forcat e valiut të Rumelisë, të cilat erdhën në Shkodër për të nxjerrë disa taksa të reja, që tregtarët shkodranë nuk deshën t’i paguanin. “Nuk ka krahinë në botë kaq të pabindur ndaj sulltanit”, shkruante në këtë kohë zëvendëskonsulli venedikas, Anton Duoda. Duke organizuar një sulm rrethues, Çaushollajt vranë më 8 gusht 1731 në sarajin e vet edhe Ethem pashë Begollin me të vëllanë, të cilët Porta e Lartë i kishte dërguar të qeverisnin në Shkodër pas revoltës së Çaushollajve kundër valiut të Rumelisë. Por dy vjet më vonë, më 1753, Porta u detyrua t’u ligjëronte pushtetin. Megjithatë, lufta e Çaushollajve kundër Begollajve, Kryezinjve dhe Bushatllinjve, vazhdoi të ashpërsohej dhe të dëmtonte veçanërisht zhvillimin ekonomik të vendit, gjer në tetor të vitit 1755.
Paaftësia e Çaushollajve për të vendosur hegjemoninë e tyre mbi kundërshtarët dhe për t’i dhënë fund anarkisë në sanxhak, e detyroi tarafin e terzijve të mos i përkrahte më ata dhe të pajtohej me tarafin e tabakëve, në krye të të cilit kishte dalë Mehmet bej Bushatlliu (vdiq më 1775). Në këtë mënyrë ata shpresonin që të vendosej një pushtet i vetëm e i fortë, për të cilin ishin të interesuar kryesisht zejtarët e tregtarët. Lufta shpërtheu dhe në këto rrethana, Çaushollajt të braktisur nga forcat kryesore të tarafeve të tyre, u dëbuan nga Shkodra. Bushatllinjtë mbetën e vetmja familje e madhe vendase që mundi të merrte pushtetin e sanxhakut.
Pas dëbimit të Çaushollajve, Mehmet bej Bushatlliu ende nuk ishte emëruar qeveritar i sanxhakut të Shkodrës, por, i përkrahur nga dy tarafet esnafore dhe nga forca malësorësh me rrogë, ai ishte në fakt sundimtari i vërtetë i vendit, derisa Porta e njohu atë si mytesarif të sanxhakut të lartpërmendur në gusht të vitit 1757, duke i dhënë edhe titullin pashë. Nga kjo kohë e deri më 1831 familja e Bushatllinjve, e mbështetur në shumicën e ajanëve të sanxhakut, të bylykbashëve dhe të bajraktarëve, si dhe nga një pjesë e mirë e zejtarëve, të tregtarëve e të detarëve, mbajti pa ndërprerje këtë pushtet duke e trashëguar.
Për përforcimin e pushtetit të vet, Mehmet pashë Bushatlliu ndoqi në përgjithësi një politikë të brendshme që u përshtatej edhe interesave kryesorë të vendit. Synimi i kësaj politike ishte në radhë të parë të vendoste rregullin e qetësinë kaq të dëshiruar si nga fshatarësia, ashtu edhe nga qytetarët e dëmtuar rëndë gjatë periudhës së anarkisë.
Arritja e këtij synimi ishte e pashkëputur nga zgjidhja e një vargu çështjesh. Një nga këto ishte mposhtja e ajanëve të fuqishëm kundërshtarë. Që para njohjes së tij si mytesarifi i sanxhakut, Mehmet Pasha e kishte filluar këtë detyrë dhe thuajse kishte eleminuar krerët e tarafeve esnafore të tabakëve dhe të terzinjve, si dhe një varg krerësh të tjerë. Disa krerë kishin mundur të arratiseshin, por ai nuk i la të qetë gjatë gjithë jetës së vet.
Mehmet Pasha i kushtoi vëmendje mbështetjes së pushtetit të tij nga ana e elementit të krishterë, forca ushtarake e të cilit në sanxhakun e Shkodrës ishte shumë e rëndësishme. Këtë mbështetje ai e arriti duke mbrojtur tregtarët e krishterë e duke bashkëpunuar me ta, duke shtuar pjesëmarrjen e malësorëve katolikë në ushtrinë e tij me pagesë dhe duke mos penguar veprimtarinë e klerit katolik. Me përkrahjen e krerëve ushtarakë malësorë dhe me njohjen e privilegjeve të tjera të malësive, ai arriti të siguronte prej këtyre një burrë për shtëpi në rast lufte dhe pagesën e një dukati për shtëpi në vit.
Një çështje e rëndësishme, kryesisht me karakter ekonomik, ishte zgjidhja e mosmarrëveshjeve midis ulqinakëve dhe venedikasve, të cilat pengonin zhvillimin e lirë e të sigurt të tregtisë në sanxhakun e Shkodrës. Konkurrenca e pamëshirshme e venedikasve me flotën ulqinake në rritje e sipër, kishte shtyrë një pjesë të mirë të agallarëve të Ulqinit qysh në vitet 20 të shek. XVIII të lidheshin shumë ngushtë me një rival të fuqishëm të Venedikut, me Beun e Tripolit. Si rrjedhim, flota e Ulqinit dhe e Tripolit bashkëpunonin për mbrojtje, por në disa raste sulmonin edhe flotat perëndimore e sidomos atë të Venedikut. Kështu, pirateria kishte marrë hov në Adriatik dhe Ulqini ishte bërë një fole piratësh. Mehmet Pasha e luftoi me ashpërsi piraterinë e ulqinakëve si dhe lidhjet e tyre me Tripolin, duke djegur të gjitha anijet pirate që shtiu në dorë. Kështu brenda një kohe të shkurtër Ulqini u kthye në një qytet normal tregtie e lundrimi dhe Bushatlliu siguroi marrëveshjen si me agallarët e këtij qyteti, që kërkonin të punonin me anijet e tyre në kushte të qeta brenda e jashtë vendit, ashtu edhe me autoritetet e Republikës së Venedikut, në duart e së cilës ishte një pjesë e mirë e tregtisë në Adriatik. Si rrjedhim, Anton Duoda njoftonte: “askush nuk guxon më të shkojë në Berberi (është fjala për Tripolin - shën. i aut.)”, se u shpall urdhri që “në brigjet e Tivarit, Valdanosit e Shën Gjinit të Medues si dhe në Grykën e Bunës, askush të mos guxojë të trazojë shtetasit venedikas, sepse i shkon koka”.
Frytet e një politike të tillë të brendshme, që vendosi me të vërtetë rregullin e qetësinë, u panë qysh në dhjetë vitet e para të sundimit të Mehmet Pashës, sidomos në fushën e prodhimit dhe të qarkullimit të mallrave.