Menjëherë mbas vdekjes së Ibrahim Pashës, u formua regjenca nën kryesinë e qehajait të vezirit, Sali bej Koplikut, Sulejman Beut të vogël dhe të Mehmet agë Tabakut, që ishin tre nga bashkëpunëtorët kryesorë të vezirit të vdekur. Regjenca mori pushtetin në emër të Tahir Pashës pesëvjeçar dhe u mundua të ruante rendin e qetësinë. Kjo ishte një masë e nevojshme veçanërisht kur doli në dritë rreziku i shpërbërjes së pashallëkut, që filloi me ngjarjet e Tiranës. Por, me kthimin e ushtrisë nga Tirana, doli si pretendent për të marrë pushtetin Xheladin Beu, kushëri i vezirit, i përkrahur nga vëllezërit Dervishaj, njëri komandant i gardës dhe tjetri hazinedar (përgjegjës i thesarit) i vezir Ibrahim Pashës. Këta pretendonin se detyra e myteselimit të Tahir Pashës i takonte Xheladin Beut, meqenëse ai ishte më i moshuari në farefisin e vezirit të vdekur dhe se vetë Ibrahim Pasha atë e linte si mëkëmbës sa herë që largohej nga Shkodra. Në të vërtetë Dervishajt synonin ta drejtonin vetë pashallëkun, meqë Xheladin Beu ishte njeri i pazotë. Por synimet e tyre ndeshnin në antipatinë e krerëve shkodranë dhe të popullsisë së qytetit të Shkodrës ndaj Xheladin Beut. Krahas këtij grupi doli një tjetër, i cili duke u mbështetur në pjesën më të madhe të shkodranëve, kërkonte t’i jepte pushtetin Mustafa Beut, djalit 13-14 vjeçar të Mehmet pashë Bushatlliut, kujtimi i mirë i të cilit si burrë i virtytshëm ruhej ende në Shkodër. Ky pinjoll Bushatlli përkrahej edhe nga veziri i Janinës, që kishte fejuar mbesën e vet me të. Ali Pasha i njoftoi krerët feudalë shkodranë se kishte ndërhyrë në favor të tij pranë Portës së Lartë. Ky interesim, që në dukje lidhej me krushqinë, nuk ishte i zhveshur nga interesa politike me bazë bashkimin politik, vullnetar e paqësor të Shqipërisë.
Më 7 mars 1809 në Shkodër plasi një zjarr i shkaktuar nga grindjet midis grupeve rivale. Ky zjarr u fashit pas djegies së një lagjeje të qytetit, dhe pas marrëveshjes së krerëve kryesorë për t’ia lënë qeverisjen e përkohshme Xheladin Beut. Mirëpo, duke pasur frikë se mos humbiste pushtetin dhe meqë Koplikajt, sipas tij, ishin nxitës të një komploti që synonte t’i jepte qeverisjen Mustafa Beut, Xheladin Beu vrau Sulejman Beun e vogël. Atëherë, për t’i dalë përpara përçarjes së mëtejshme dhe luftës civile, krerët e shkarkuan Xheladin Beun nga funksioni që i kishin besuar dhe ia kaluan atë Mustafa Beut, të bindur se vetëm autoriteti i derës së Bushatllinjve do të shpëtonte pashallëkun dhe do të mënjanonte luftën civile.
Xheladin Beu megjithëse u ngrit me 300 pasuesit e tij kundër myteselimit të ri dhe luftoi i mbyllur në sarajet e veta, u detyrua të dorëzohej me kusht që të largohej nga qyteti pa iu prekur pasuria.
Ky sukses si dhe nënshtrimi i krahinës së Vasejoviqit, që në atë kohë kaloi në anën e Malit të Zi, e rriti autoritetin e Mustafa Beut dhe u duk sikur u vendos qetësia. Mirëpo intrigat në oborrin e Shkodrës nuk pushuan. Pas Xheladin Beut u revoltuan vëllezërit Dervishaj. I këshilluar edhe prej Ali pashë Tepelenës, Mustafa Beu i shkarkoi ata nga funksionet e larta që mbanin. Ata kundërshtuan dhe, më 21 dhjetor 1809, filluan qëndresën e armatosur në sarajet e tyre ku kishin futur edhe artileri. Më 18 dhjetor, edhe ata kapitulluan dhe u larguan nga Shkodra pasi siguruan paprekshmërinë e pasurisë së tyre.
Fakti se Mustafa Beu ua detyronte pushtetin këshilltarëve e favoritëve që e përkrahnin, u dha mundësi disave prej tyre të fillonin të pasuroheshin në kurriz të popullit duke kryer veprime arbitrare.
Ky regjim arbitrar ndeshi në kundërshtimin e fortë të qytetarëve. Përfaqësuesit e esnafeve me çaushbashin në krye shkuan në kështjellë dhe protestuan te Mustafa Beu, duke kërkuar prej tij të ndëshkonte veprimin arbitrar të një oficeri të tij ndaj një tregtari. Mustafa Beu, sipas këshillave të favoritëve të tij, jo vetëm refuzoi ta ndëshkonte oficerin fajtor, por urdhëroi që çaushbashi të dëbohej nga Shkodra. Përfaqësia shkodrane kundërshtoi dhe kërkoi prej tij të dëbonte këshilltarët e këqinj. Shpërtheu kështu konflikti midis qytetarëve dhe qeveritarit. Qytetarët u bashkuan dhe bllokuan kështjellën. Me lagjet e tjera të Shkodrës u lidh edhe ajo e tabakëve që njihej si përkrahëse besnike e Bushatllinjve. Shumica e qytetarëve, zejtarë e tregtarë, ngjeshën armët, ngritën barrikada, siguruan mallrat më të vyera të tregut në vise ku nuk i kapte rrezja e qitjeve të artilerisë dhe e forcuan bllokadën e kështjellës. Në këto përgatitje nuk munguan të merrnin pjesë edhe gra shkodrane të armatosura.
Java e parë e rebelimit të popullit kundër qeveritarit Bushatlli e sidomos kundër favoritëve të tij, shkoi pa u zbrazur armë nga të dy palët, sepse të gjithë e dinin se Mustafa Beu ishte ende tepër i ri për ta ngarkuar me përgjegjësi të plotë. Edhe pas një muaji gjendja nuk ndryshoi. Kjo gjendje pritjeje filloi të shkaktonte çrregullime në qytet dhe të rrënonte shtresat e varfra qytetare për shkak të pezullimit të veprimtarisë së tregut. Ndërkohë, përfituan nga trazira dhe mbërritën në Shkodër Xheladin Beu dhe Dervishajt me qëllim që të merrnin pushtetin duke shfrytëzuar mosmarrëveshjen midis popullit dhe qeveritarit Bushatlli. Për t’ia arritur qëllimit të tyre, ata përgatitën një komplot të rrezikshëm. Ndërsa u lidhën me kapedanin e Mirditës, Preng Lleshin, dhe me komandantin e Lezhës, Sulejman Agën, të cilët i bindën të ngrinin krye, në Shkodër bënë për vete shumicën e krerëve të qytetit për ta rrëzuar Bushatlliun e ri nga pushteti i myteselimit. Mirëpo lagjja e tabakëve u shkëput nga lidhja qytetare, sepse krerët e saj nuk donin të vinte në fuqi Xheladin Beu dhe as të ndërronte karakteri i lëvizjes që ishte ndëshkimi e dëbimi i favoritëve të myteselimit të ri. Nga ana e tij, Mustafa Beu kërkoi ndihmën e malësive të Shkodrës. Më 2 mars 1810 u ndez lufta civile midis përkrahësve të Xheladin Beut dhe atyre të Mustafa Beut, kurse më 3 mars Zadrima ra në duart e mirditorëve dhe Sulejman Aga i Lezhës u bashkua me Xheladin Beun.
I përkrahur nga banorët e lagjes së tabakëve dhe nga malësitë, Mustafa Beu filloi më 9 mars kundërsulmin, duke përdorur të gjitha forcat dhe armët e veta, pa përjashtuar artilerinë. Dy ditë e dy net vazhduan luftimet dhe, megjithëse u vranë e u plagosën 300 veta nga të dyja palët, fitorja nuk u buzëqeshi as rrethuesve e as të rrethuarve.
Për të varrosur të vrarët dhe për të filluar bisedimet për marrëveshje, Mustafa Beu dërgoi përfaqësuesin e vet në qytet. Të lodhur e të dëshpëruar nga konflikti që shkaktoi aq gjakderdhje e aq dëme materiale në qytet, e sidomos në treg dhe, meqë nuk prisnin asgjë të mirë nga ardhja në pushtet e Xheladin Beut, shkodranët e thjeshtë e pritën me dëshirë lajmin e dërgatës së Mustafa Beut.
Bisedimet për marrëveshje filluan më 11 mars, por nuk nxorën në dritë asnjë përfundim. Kjo gjendje i mërziti shkodranët, prandaj, ata më nevojtarët filluan nga punët e veta. Shembullin e tyre e ndoqën edhe të tjerë, kështu lëvizja dalëngadalë u shua. Në këtë mënyrë, heshtazi Shkodra nuk pranoi që pushteti të kalonte në duart e Xheladin Beut, synimet e të cilit dështuan. Ndërkaq, nga Porta e Lartë mbërriti fermani që i dha gradën e pashës me dy tuja Mustafa Beut dhe miratoi qeverisjen e sanxhakut të Shkodrës nga ana e tij në emër të Tahir Pashës, derisa ky të arrinte moshën madhore. Pashës së ri i mbetej të zgjidhte problemin e Zadrimës dhe të Lezhës që rrezikonin t’i dilnin përfundimisht nga duart.
Meqenëse nuk ia arritën qëllimit me forcat e tyre në qytetin e Shkodrës, krerët kundërshtarë u lidhën me forca të jashtme sikurse ato të Kapllan pashë Toptanit dhe Numan pashë Begollit. Preng Lleshi e Sulejman Aga i dhanë pengje Kapllan Pashës, kurse Numan Pashës i premtuan bashkimin e krahinave të Lezhës, të Zadrimës e të Mirditës me sanxhakun e Dukagjinit. Kjo shkëputje që ishte dëshirë e vjetër e Begollajve, të cilët i kishin humbur ato krahina qysh më 1769, i interesonte edhe Kapllan Pashës, sepse kështu ai nuk do t’i kishte më në kufi Bushatllinjtë dhe do të siguronte sundimin e vet në krahinat e Krujës, të Tiranës, të Durrësit dhe të Ishmit deri në lumin Drin, që ishin vënë nga ajo kohë në “vartësi” të vezirëve shkodranë.
Fakti që krerët kundërshtarë nuk pranuan njohjen zyrtare të Mustafa Beut si myteselim e si pashë dhe veçanërisht përhapja e lajmit për mundësinë e shkëputjes së tri krahinave nga sanxhaku i Shkodrës, i afroi shkodranët dhe i lidhi me qeveritarin e tyre ligjor. Ky lajm i detyroi edhe pashallarët kosovarë të Prizrenit, të Prishtinës, të Shkupit dhe të Tetovës të afroheshin me Bushatlliun dhe t’i premtonin atij përkrahje ushtarake kundër Numan Pashës së Pejës me të cilin ishin në grindje. Shqetësimi i tyre lidhej në radhë të parë me ndryshimet që po ndodhnin në Shqipërinë Jugore në dobi të pushtetit të Ali Pashës dhe me rrezikun e shtrirjes së mëtejshme të sundimit të tij edhe në Shqipërinë Veriore, mbasi ndërkohë administrimi i sanxhakëve të Elbasanit dhe të Ohrit kishin kaluar në duart e tepelenasve.
I çliruar nga trazirat në qytetin e Shkodrës dhe i përkrahur nga pashallarët kosovarë, Bushatlliu e drejtoi ushtrinë e vet, të përforcuar me malësorë besnikë të Mbishkodrës, në Zadrimë e në Lezhë. Preng Lleshi dhe Sulejman Aga, të mbetur pa ndihmën e forcave të Numan Pashës, që nuk guxoi të ndërhynte, sepse u gozhdua nga forcat e pashallarëve kosovarë, pësuan disfatë. Kapidani i Mirditës, që u plagos vetë dhe humbi të vëllanë e një numër pasuesish, u tërhoq në krahinën e vet, kurse komandanti i Lezhës u kap i gjallë.
Kjo fitore e rëndësishme i detyroi krerët kundërshtarë shkodranë, duke filluar nga më të moderuarit deri te Xheladin Beu e Dervishajt që kishin qenë koka e komplotit, por që u fshehën prapa aleatëve të tyre, të kërkonin pajtim me myteselimin zyrtar e fitimtar. Për t’u dhënë fund grindjeve, Bushatlliu pranoi t’i falte dhe të pajtohej me ta në muajin gusht 1810. Por pajtimi nuk zgjati shumë. Xheladin Beu e Dervishajt, të shqetësuar se mund të arrestoheshin, sikurse disa krerë përkrahës të tyre, u rebeluan përsëri më 27 mars 1811 dhe luftuan kundër forcave të Bushatlliut deri më 2 shkurt 1811, derisa pozicionet e tyre u shkatërruan nga artileria e tij. Pas kësaj ata u larguan fshehurazi nga Shkodra.
Ky sukses i ri si dhe një fitore tjetër mbi malazezët, që kishin sulmuar në kufi, i dhanë fund përçarjes feudale në Shkodër dhe në sanxhak. Kjo u shpreh në bindjen e plotë të komandantëve të krahinave, të cilët njëri pas tjetrit iu nënshtruan pashës Bushatlli. Kështu u rivendos autoriteti i shtëpisë së Bushatllinjve dhe u rrit përqendrimi i pushtetit në duart e saj. Por trazirat e deritanishme thuajse e kishin reduktuar Pashallëkun e Shkodrës në kufijtë e sanxhakut të Shkodrës.
Nga Pashallëku i Shkodrës ishin shkëputur sanxhakët e Ohrit dhe të Elbasanit, që kishin kaluar nën sundimin e vezirit të Janinës, ndërsa, nga ana tjetër, kishte dalë në shesh armiqësia e Begollajve ndaj Bushatllinjve duke u asgjësuar kështu edhe lidhja që e bënte sanxhakun e Dukagjinit të konsiderohej si pjesë përbërëse e atij pashallëku. Më 1 gusht 1811, Ali pashë Tepelena pushtoi qytetin e Vlorës dhe bashkë me të, pjesën dërrmuese të sanxhakut të Vlorës. Kjo gjendje i detyroi krerët kryesorë të sanxhakut të Shkodrës si dhe ata të sanxhakëve të Kosovës të shtrëngonin lidhjet e tyre rreth Mustafa Pashës, me qëllim që të krijohej një ekuilibër i ri forcash në Shqipëri për të penguar shtrirjen e mëtejshme të sundimit të vezirit të Janinës drejt veriut. Ky afrim u bë sidomos kur Bushatlliu i ri filloi përgatitjet për martesën e vet me mbesën e Ali Pashës. Nën ndikimin e tyre, Mustafa Pasha i drejtoi Portës së Lartë një kërkesë, me anën e së cilës i lutej t’i besohej detyra e mytesarifit të sanxhakut të Shkodrës. Këtë kërkesë e motivoi me nevojën për t’i bërë ballë vezirit të Janinës, i cili duke strehuar Xheladin Beun, si dhe bejlerët e agallarët e tjerë të dëbuar nga Shkodra, kishte për qëllim të shtinte në dorë edhe sanxhakun e Shkodrës dhe pastaj të shpallej sundimtar i pavarur. Në fund të lutjes ai shtonte se e konsideronte Ali Pashën armik dhe, po ta lypte nevoja, ishte gati të jepte jetën e vet për sulltanin.
Kjo kërkesë u shoqërua nga një varg deklaratash të kadilerëve të krahinave të sanxhakut të Shkodrës, në të cilat thuhej se Mustafa Pasha ishte treguar i aftë të vendoste rendin e qetësinë dhe të mbronte kufijtë, prandaj kërkohej nga Porta e Lartë që ai të emërohej mytesarif i sanxhakut të Shkodrës.
Në të vërtetë, Mustafa Pasha dhe ata që qëndronin pas tij kishin arsye t’i shihnin me dyshim synimet pushtuese të vezirit të Janinës, mbasi Numan Pasha i Pejës ishte një nga të përkrahurit e tij, kurse Kapllan Pasha i Krujës ishte vartës i drejtpërdrejtë i tij, meqenëse krahinat ku qeveriste ai i përkisnin sanxhakut të Ohrit. Xheladin Beu dhe Dervishajt jo vetëm ishin strehuar në trojet ku sundonte Kapllan Pasha, por kishin marrë edhe drejtimin e krahinës së Tiranës, kishin vrarë dy vëllezër të familjes së Jellajve, që nuk kishin dashur të shkëputnin lidhjet e tyre me Bushatllinjtë, dhe kishin detyruar Ahmet agë Jellën të braktiste sipërmarrjen e Durrësit e të arratisej. Në këto rrethana Mustafa Pasha filloi të kundërvepronte. Nga njëra anë, dërgoi forcat ushtarake deri 10 km larg Pejës për të nxitur e inkurajuar pejanët të ngriheshin kundër Numan Pashës, për të dëbuar e për të vendosur në vendin e tij Ethem Pashën; nga ana tjetër, filloi një fushatë të gjerë për pajtimin e gjaqeve dhe armiqësive në të gjithë sanxhakun e Shkodrës. Fushata të tilla bëheshin vetëm në raste të jashtëzakonshme, kur i duhej bërë ballë ndonjë rreziku të madh.
Të gjitha këto ngjarje treguan ndarjen në dy fronte armiqësore të pashallarëve shqiptarë, që ishin njëri kundër bashkimit të vendit nën një pushtet të vetëm, kurse tjetri pro këtij bashkimi. Kjo përçarje u kristalizua pikërisht kur mendohej se lidhja e krushqive midis dy familjeve më të fuqishme të parisë shqiptare, mund të shpinte në marrëveshje midis tyre për t’u kryer kthesa e madhe politike e bashkimit të klasës feudale shqiptare dhe e shtetit të saj, pa të cilën nuk mund t’i jepej fund pushtimit shekullor osman. Mirëpo përçarja e krerëve shqiptarë ishte ende një plagë e thellë, që ushqehej në radhë të parë nga partikularizmi i theksuar i disa oxhaqeve kryesore feodale.
Porta e Lartë nuk la pa e shfrytëzuar këtë gjendje. Ajo jo vetëm pranoi ta emëronte Mustafa Pashën mytesarif të sanxhakut të Shkodrës, por shqyrtoi edhe mundësinë për ta ngritur atë në shkallën e vezirit dhe për t’i krijuar kushtin e domosdoshëm që të grumbullonte rreth vetes të gjithë krerët, kundërshtarë të vijës së bashkimit të klasës feudale shqiptare nën një udhëheqje të vetme politike. Një vendim të tillë ajo e mori kur Mustafa Pasha dërgoi 800 krushq të vinin të merrnin nusen e tij në Janinë. Më 25 maj 1812, kur krushqit shkodranë po ktheheshin në Shkodër bashkë me nusen, mbërriti i dërguari i Portës së Lartë me fermanin në fjalë. Në atmosferën e gëzimit të dasmës, shpallja e fermanit që e emëronte Mustafa Pashën mytesarif të sanxhakut të Shkodrës e të njësive që vareshin prej tij dhe që e ngrinte atë në shkallën e vezirit, zhduku ato mundësi të pakta për afrimin e qeveritarëve të Shqipërisë Veriore e Verilindore me qeveritarin e Shqipërisë së Jugut, i hapi rrugën jo vetëm shembjes së afërt të dy pashallëqeve, por edhe asgjësimit ekonomik e politik madje dhe fizik të dy familjeve sunduese që nuk arritën të merreshin vesh e të bashkoheshin me njëra-tjetrën.
