Me vrasjen e Ali Pashës mori fund konflikti ndërmjet pushtetit qendror osman dhe sundimtarit të fuqishëm shqiptar të Pashallëkut të Janinës, i cili kishte për qëllim të arrinte shkëputjen e këtij pashallëku nga varësia e Stambollit dhe ta shndërronte atë në një shtet shqiptar të pavarur ose autonom.
Edhe ky vezir shqiptar, si një nga përfaqësuesit më të rëndësishëm të shtresës së pronarëve të mëdhenj të tokës dhe të komandantëve të reparteve ushtarake, që shtinë në duart e tyre pushtetin politik e ushtarak krahinor në Shqipërinë Jugore, në sajë të pushtetit ekonomik synonte të siguronte vetëqeverisjen e vendit. Qysh në vitet e para të sundimit të vet, Ali pashë Tepelena formoi bindjen se Perandoria Osmane po shkonte drejt greminës. Për rrjedhim, ai dhe shtresa e çifligarëve që përfaqësonte, për të shpëtuar pasuritë dhe pushtetin e vet, ndoqi rrugën e shkëputjes së pashallëkut. E gjithë veprimtaria e Ali Pashës, si në politikën e brendshme, ashtu edhe në atë të jashtme, tregoi se ai u përpoq “të jetë sundimtar i pavarur”. Duke ngritur në gjithë hapësirën nga Thesalia në Shkumbin një aparat administrativ e ushtarak të posaçëm, që vepronte brenda pashallëkut sipas vendimeve të tij, duke lidhur marrëveshje politike, ushtarake e ekonomike me shtete të huaja pa pëlqimin e dijeninë e Portës së Lartë dhe duke shtrirë pushtetin e vet në territore të qeverisura nga funksionarë të emëruar prej sulltanit, Ali Pasha qeverisi në mënyrë autonome. Prandaj Pashallëku i Janinës, ashtu si dhe ai i Shkodrës kishte nga pikëpamja organizative dhe nga pikëpamja e mënyrës së ushtrimit të pushtetit tiparet e një shteti në fakt autonom.
Megjithëkëtë, edhe në Pashallëkun e Janinës, ashtu sikurse në atë të Shkodrës, pushteti ishte i deleguar nga sulltani sovran dhe ushtrohej në emër të tij. Prandaj edhe Pashallëku i Janinës mbeti një zotërim autonom pa u kthyer ende në një shtet shqiptar.
Deri më 1812, edhe pse rreziku i copëtimit të Perandorisë Osmane ishte në rendin e ditës, Ali Pasha nuk u shpall dot sundimtar i pavarur, sepse mungonin për këtë akt kushtet e brendshme. Ai nuk kishte mundur të shtrinte e të konsolidonte pushtetin e vet mbi sanxhakët e tjerë të Shqipërisë Jugore, dhe nuk kishte mundur t’i jepte fund anarkisë feudale. Ndërsa pas vitit 1812, kur u pa qartë se rreziku i jashtëm po mënjanohej, Aliu nuk e hodhi hapin vendimtar, sepse gjendja e përgjithshme politike ndërkombëtare nuk e favorizonte. Në këto kushte, as feudalët shqiptarë, mbi të cilët mbështetej Aliu, nuk u treguan të gatshëm si më parë për t’u shkëputur nga Stambolli dhe parapëlqyen të ruanin gjendjen ekzistuese të pashallëkut. Ja përse deri në muajin prill të vitit 1820 Ali Pasha nuk guxoi të hidhej në kryengritje për t’u shpallur sundimtar i pavarur ose edhe vasal i sulltanit. Por kur sulltan Mahmudi II filloi zbatimin e reformave centraliste, me qëllim që të përqendronte pushtetin në duart e veta dhe ta ushtronte atë me funksionarë turq, Ali Pasha pa qartë se shtresa feudale shqiptare do të humbiste privilegjet politike dhe ekonomike që kishte mundur të fitonte, kurse vendi do të ndiente në kurrizin e tij gjithë peshën e pushtimit të ri osman. Prandaj, edhe pse të bijtë dhe bashkëluftëtarët më besnikë e këshilluan të pajtohej me Stambollin, ai nuk pranoi të nënshtrohej, por u ngrit mbi interesat e veta dhe luftoi deri në fund për një çështje më të madhe: për shkëputjen e vendit me luftë nga sunduesit shekullorë osmanë.
Me qartësinë e një politikani të shquar të kohës, Ali Pasha u përpoq ta bashkërendiste kryengritjen kundër Stambollit me lëvizjen çlirimtare të popujve ballkanikë duke e parë këtë si të vetmen rrugë drejt fitores. Ai u përpoq që të nxiste luftën e popujve në Mal të Zi, në Serbi e në Vllahi, ndihmoi drejtpërsëdrejti kryengritjen e popullit grek (1821) dhe kërkoi bashkëpunimin luftarak me udhëheqësit e saj, duke u mbështetur kryesisht tek ajo pjesë e krerëve grekë që e vlerësonin drejt faktorin shqiptar në luftën kundër Perandorisë Osmane.
Veprimtaria e Ali Pashës për formimin e Pashallëkut të Janinës dhe lufta e tij për mbrojtjen dhe për shndërrimin e këtij pashallëku në një shtet të pavarur ose me statusin e vasalitetit, ishte një hap i madh përpara drejt bashkimit ekonomik e politik të vendit, ishte një kthesë me rëndësi në historinë e Shqipërisë.
“Pushtimi i dytë i Shqipërisë”, që erdhi si pasojë e shembjes së Pashallëkut të Janinës, me pasojat e tij të rënda materiale e shpirtërore, vërtetoi se sa e drejtë kishte qenë përpjekja e Ali Pashës për një kryengritje të të gjitha forcave shoqërore të vendit. Ky pushtim, që nuk u mënjanua as nga lëvizja feudale e viteve 20 të shek. XIX, tregoi qartë se në Shqipëri ende nuk ishin pjekur kushtet ekonomike, shoqërore e politike për të hedhur poshtë robërinë shekullore osmane.
Shembja e Pashallëkut të Janinës i hapi rrugën zbatimit të reformave centraliste në Shqipëri, por dhe një periudhë të re qëndrese ndaj sunduesit osman.