Qysh në fund të vitit 1787 Ali Pasha kishte synuar, sikurse thuhej, “të shpallej një Mahmud Pasha i dytë sapo turqit të pësonin disfatën e parë”. Përforcimi i tij ekonomik, dobësimi i vazhdueshëm i pushtetit qendror dhe rrethanat politike ndërkombëtare ushqenin vazhdimisht shpresën e një pjese të krerëve shqiptarë që përfaqësoheshin nga Ali Pasha, për të mënjanuar sa më shumë vartësinë nga Porta e Lartë, për të mos e ndarë pushtetin dhe të ardhurat e vendit me pushtetin qendror osman. Një varg dëshmish tregojnë se Ali Pasha nuk hoqi dorë nga ideja e pavarësisë. Këtë çështje e kanë vënë në dukje sidomos personalitetet diplomatike me të cilat ai pati lidhje. Nënadmirali rus Ushakov theksonte më 1789 se Ali Pasha “përpiqet të jetë sundimtar i pavarur, madje kësaj mund t’ia arrijë së shpejti”. Uilljam Hamiltoni, sekretar i ambasadës angleze në Stamboll, që vizitoi Janinën më 1803, i raportoi qeverisë angleze të njëjtin mendim, madje ai vuri në dukje se Ali Pasha “në fakt është i pavarur nga qeveria turke”. Edhe personalitetet osmane kishin krijuar një bindje të tillë nga veprimtaria e Aliut. Kapedan Pasha shfaqi më 1804 mendimin se “Ali Pasha kërkon të pushtojë gjithë Shqipërinë dhe pastaj të shpallet i pavarur”. Në korrespondencën që i drejtohej sulltanit, thuhej se Ali Pasha “nuk ka lidhje me fenë islame dhe ka për ta tradhtuar shtetin osman me të gjitha forcat e tij gjer në shkallën e fundit”. Por edhe sulltan Mahmudi II priste të vinte koha e përshtatshme për të larë llogaritë me mëkëmbësin e tij të fuqishëm e të pabindur, edhe pse në marrëdhëniet zyrtare me Portën, ai ishte nga më të rregulltit në shlyerjen e detyrimeve ushtarake e sidomos të atyre financiare.
Në vitin 1812, kur lidhi paqen me Rusinë dhe kur Fuqitë e Mëdha evropiane gjendeshin në pragun e fazës vendimtare të luftës midis tyre, sulltan Mahmudi II e drejtoi vëmendjen në problemet e brendshme të perandorisë. Pushteti qendror duhej forcuar, duke kufizuar dhe mënjanuar sundimtarët e fuqishëm të provincave. Vëmendja e tij u drejtua në radhë të parë mbi më të fuqishmin e më të rrezikshmin e tyre, Ali pashë Tepelenën, i cili jo vetëm kishte qenë kundër përfundimit të paqes së Bukureshtit të muajit maj 1812, por kishte ndezur në sanxhakun e Ohrit luftën me Jusuf Beun e Dibrës, vartësin e vet të pabindur dhe ithtarin e vezirit të Shkodrës. Mirëpo sulltani e njihte mirë fuqinë e këtij dhe nuk guxoi të merrte ndonjë vendim. I nxitur nga ambasadori frëng Andreosi, ai arriti të merrte një masë të ndërmjetme, me qëllim që ta kufizonte pushtetin e vezirit të Janinës. Prandaj urdhëroi që Veli Pasha të transferohej në sanxhakun e Tërhallës dhe funksionet që mbante vetë Aliu e Myftar Pasha të pezulloheshin deri në një urdhër tjetër. Ky qëndrim i sulltanit e shqetësoi Ali Pashën dhe e detyroi të merrte masa mbrojtjeje e të mbështetej kryesisht në forcat e veta. Nga ana tjetër, ai ruajti dhe i forcoi lidhjet me Anglinë, së cilës ndihma e tij i shërbente për dëbimin e francezëve nga ishujt jonianë si dhe për depërtimin e mallrave angleze në Evropë.
Në muajin prill 1813 u bë në Janinë takimi i vezirit me gjeneralin anglez Ejre, të cilit Ali Pasha i premtoi ndihmën e vet kundër francezëve për pushtimin e Korfuzit. Në emër të qeverisë angleze gjenerali premtoi t’i dorëzonte qytetin e Pargës dhe sipas shërbimeve që do të kryente, mund t’i dorëzohej edhe Lefkadha, Itaka dhe Meganisia. Ai i premtoi gjithashtu Aliut se, po të lindte nevoja, Anglia do ta mbronte atë dhe familjen e tij nga zemërimi i sulltanit duke e strehuar në ishujt jonianë pas vendosjes së protektoratit të saj mbi to. Afrimi me Anglinë si dhe ndërhyrja e vezirit të madh, Hurshid Pashës, pranë sulltanit, për të mos i acaruar më marrëdhëniet me vezirin e fuqishëm të Janinës në një kohë kur kryengritja serbe po zgjerohej, sollën një farë zbutjeje. Porta e Lartë nuk nguli këmbë që ai e Myftari të merrnin pjesë në shtypjen e kësaj kryengritjeje. Në muajin tetor 1813 detyra e derbend-pashës dhe ajo e qeverisjes së sanxhakut të Janinës iu konfirmuan përsëri Ali Pashës, kurse të bijve e të nipërve iu shpërndanë sanxhakët e Shqipërisë Jugore dhe grada pashallarësh. Rrethanat politike ende nuk e lejonin sulltanin të vazhdonte goditjet e papërgatitura kundër Ali Pashës, prandaj ky mundi të ruante pozitat kryesore ushtarake e financiare. Por, duke parashikuar furtunën e ardhshme, ai vazhdoi të shtonte armatimet dhe të pajisej dhe me 200 topa zjarrhedhës të prodhimit të fundit anglez.
Në mars të vitit 1814, kur francezët po largoheshin nga ishujt jonianë dhe forcat angleze nuk ia kishin më nevojën vezirit të Janinës, Londra i shkeli premtimet, ndër të cilat edhe dorëzimin e qytetit të Pargës, të cilin e mori vetë nën mbrojtje. Megjithëse Ali Pasha i kishte afruar shumë forcat e tij pranë këtij qyteti dhe ishte munduar t’ua merrte atë francezëve, duke u premtuar se nuk do të lejonte që ata të binin në duart e anglezëve, nuk ia arriti qëllimit. Francezët nuk i zunë besë Ali Pashës dhe parapëlqyen të kapitullonin para anglezëve. Por Aliu nuk hoqi dorë dhe priti rastin e duhur për të mos e lënë edhe atë pjesë të bregdetit shqiptar në duart e të huajve.
Qëndrimi i ri i Anglisë ndaj Ali Pashës ishte lidhur me situatën e re ndërkombëtare që u krijua në Evropë pas vitit 1815. Me shembjen e Perandorisë Franceze dhe me stabilizimin e gjendjes ndërkombëtare që u shpreh në formimin e “Lidhjes së Shenjtë”, Fuqitë e Mëdha u drejtuan kundër çdo lëvizjeje që rrezikonte fronet mbretërore. Me fjalë të tjera, Londra nuk mund të përkrahte synimet e pavarësisë së mikut të saj. Meqenëse pushtimi i Pargës solli me vete një farë ftohjeje me Portën e Lartë, anglezët, që deklaruan se pushtimi ishte i përkohshëm, e ndreqën punën kur përfunduan traktatin e Parisit. Ata pranuan me këtë rast t’i kthenin Perandorisë Osmane Pargën kundrejt njohjes së protektoratit anglez mbi ishujt jonianë. Dorëzimi i Pargës u arrit vetëm më 10 maj 1819 pasi Ali Pashai pagoi, siç rezulton nga regjistri i llogarive të tij, 612 000 realë për të shpërblyer pasurinë e braktisur të atyre parganjotëve që u shpërngulën në ishujt jonianë. Kështu, pas përpjekjesh shumëvjeçare, Ali Pasha i sheshoi kufijtë politikë që e veçonin këtë qytet nga bregdeti shqiptar dhe e bashkoi atë me mëmëdheun. Që prej kësaj kohe, i plotësuar me banorë të rinj, të ardhur nga brendia e vendit, Parga, nga një vatër grindjesh e lufte, u shndërrua në një qytet paqësor dhe në një skelë tregtare të rëndësishme.
Gjatë viteve 1815-1819, meqenëse kushtet ndërkombëtare dhe ato të brendshme nuk ndihmonin në realizimin e procesit të bashkimit të trojeve shqiptare, Ali Pasha u detyrua t’i përmirësonte marrëdhëniet e tij me Stambollin. Kështu, ai mundi të ruante të paprekur sundimin e familjes së tij në Thesali, në Shqipërinë Jugore, dhe në sanxhakët e Ohrit dhe të Elbasanit, ku u mundua të përforconte autoritetin e vet duke tërhequr nga ana e tij një varg feudalësh kryesorë, të cilëve u la në dorë postet drejtuese dhe sipërmarrjet. Në sanxhakun e Ohrit mbajti si myteselim Xheladin Beun, dajën e Mustafa pashë Bushatlliut, në Elbasan Abdulla pashë Taushanin, në sipërmarrjen e Durrësit Alltunët e Toptanët, në Dibër bëri për vete ajanin e Dibrës, Abaz Beun dhe në Mat bejlerët kryesorë vendas, duke rekrutuar atje ushtarë me rrogë etj. Si rrjedhim, ai arriti të kufizonte shtrirjen e ndikimit të Mustafa pashë Bushatlliut në Tiranë ku komandën e vendit e mori Molla Beu. Përveç kësaj, duke përkrahur qeveritarët e Prizrenit dhe të Shkupit, dy nga rivalët kryesorë të orvatjeve të vezirit Bushatlli për të vendosur pushtetin e tij të drejtpërdrejtë ose dhe të tërthortë në sanxhakun e Dukagjinit, Ali Pasha bëri që të dështonin këto orvatje në këtë sanxhak. Porta e Lartë vendosi këtu si qeveritar një njeriun e vet. Pra, mosmarrëveshjet ndërmjet vezirëve të Shkodrës e të Janinës, që filluan qysh në mesin e vitit 1812, nuk u ndërprenë. Të dyja palët u qëndruan besnike vijave të tyre politike.
Porta e Lartë, që kishte ndjekur me kujdes të veçantë veprimtarinë e dy vezirëve dhe sidomos atë të vezirit të Janinës, nuk priste veçse rastin të ndërhynte kundër tij. Më 1819 sulltani kishte arritur në përfundimin se “Ali pashë Tepelena ... ka ndërmend të shtjerë në dorë edhe Gegërinë” dhe “po shkuan punët kështu, në Shqipëri ka për të plasur kryengritja”. Mustafa pashë Bushatlliu, pushteti i të cilit gjatë viteve 1812-1819 mbeti i lëkundshëm si brenda, ashtu dhe jashtë kufijve, doli kundër synimeve të Ali Pashës. Ky mbështetej atëherë te Porta e Lartë edhe te pashallarët kosovarë. Në këto rrethana Mustafa Bushatlliu vazhdoi ta nxiste Portën kundër këtij rivali të fuqishëm. Bushatlliu shkruante se “qëllimi dhe ëndrra e Ali Pashës qëndronte në pushtimin e Gegërisë, ashtu siç ka pushtuar vendet e Toskërisë”. Por sulltan Mahmudi II nuk i besonte as Mustafa Pashës, sepse edhe te ky, si te të gjithë feudalët e mëdhenj, shihte një kundërshtar të reformave që synonin fuqizimin e pushtetit qendror. Për sulltanin ishte e qartë se edhe pashai shkodran kishte “mendime rebelimi në kokën e tij”. Duke parë pozitën e dobët të Portës në Shqipëri, sulltani zbatoi politikën e thyerjes së feudalëve të mëdhenj njëri pas tjetrit, me anë të rivalëve të tyre. Mahmudi II u përpoq të përdorte Bushatlliun kundër vezirit të Janinës, sa pa u bërë ndonjë marrëveshje midis tyre, dhe filloi të merrte masa për të përgatitur shembjen e Pashallëkut të madh të Janinës. Në përputhje me këtë vijë, qysh në fillim të vitit 1820, sulltani urdhëroi që ndaj Mustafa pashë Bushatlliut të mbahej një qëndrim afrues, meqenëse, siç thuhej në urdhër, “mytesarifi i Shkodrës është penduar nga rruga që ka ndjekur”. Më pas ai vuri në zbatim fazën e parë të planit të vet, që parashihte kufizimin e pushtetit të Ali pashë Tepelenës.