Thellimi i shfrytëzimit ekonomik dhe grabitjet e feudalëve e të nëpunësve osmanë sillnin në mënyrë të domosdoshme rezistencën kundër tyre. Lufta që zhvilloi fshatarësia shqiptare pati forma të ndryshme, që nisnin me qëndresën, vazhdonin me arratisjet dhe përfundonin me kryengritjet e armatosura. Rezistenca u zhvillua me dy rrugë: rruga e parë, ishte qëndresa ekonomike. Kjo mori formën e përpjekjeve të fshatarit për të rritur të ardhurat e tij dhe për të pakësuar vëllimin e rentës që merrte feudali dhe shteti. Kjo ishte forma më e ulët e qëndresës së fshatarëve kundër shtypjes feudale.
Në këto forma bëjnë pjesë edhe përpjekjet e fshatarëve për të shtënë në dorë tokat e hapura prej tyre.
Në kushtet e punës me mjete primitive, rritja e rendimentit, që mund të çonte në shtimin e të ardhurave të fshatarit, ishte shumë e vogël, prandaj fshatari që kishte krahë pune përpiqej të gjente rrugë të tjera për të siguruar tokë buke e për të shtuar të ardhurat. Një nga këto rrugë ishte kthimi i kullotave verore ose dimërore në toka buke. Kështu, në vitin 1671 çifçinjtë e çifligut Moçalas në kazanë e Myzeqesë kishin hapur pa leje tokë në kullotën dimërore dhe e kishin kthyer në arë. Përveç kullotave, fshatarët prisnin drurët e pyjeve dhe tokat i kthenin në toka buke. Në vitin 1655 çifçinjtë e çifligut Lifaj kishin prerë pyllin dhe e kishin kthyer në arë, duke e mbjellë me grurë e elb. Por, sipas legjislacionit, toka e hapur mund t’u jepej me tapi atyre që e hapën ose personave të tjerë në rast se të parët nuk pranonin ta merrnin me tapi. Këto toka kalonin shpesh në duart e çifligarëve. Kështu ndodhi në Barbullinjë (1654), në fshatin Dukas të Mallakastrës (1686).
Përveç luftës ekonomike, qëndresa e fshatarësisë mori edhe forma të hapura, siç ishin ankesat e protestat që shkonin deri te sulltani. Ankimi ishte një rrugë ligjore, të cilën e lejonte sheriati, për të vënë në dukje dhunën, grabitjen e shkeljen e legjislacionit osman.
Ankuesit u drejtoheshin organizmave shtetërorë për çështjet që ishin në kompetencat e tyre dhe, në rast se ato nuk i zgjidhnin, u drejtoheshin organeve më të larta. Zakonisht ato fillonin nga kadiu për problemet që i takonin atij. Ankesat preknin aspekte të ndryshme të shtypjes. Ato drejtoheshin kundër nëpunësve ose vjelësve të detyrimeve shtetërore, që bënin kërkesa më të mëdha sesa ishte parashikuar në dëfterët, kundër marrjes së të hollave më tepër se plani, angarive të paligjshme etj. Më të shpeshta ishin ankesat e protestat kundër grabitjes nga ana e feudalëve dhe nga vjelësit e taksave shtetërore. Këto ankesa pasqyronin rastet e shkeljes së legjislacionit osman. Edhe ankesa të tjera, që nuk ishin të parashikuara në sheriat, dëshmojnë për faktin se gjendja e fshatarësisë sa vinte e keqësohej më shumë.
Meqë ankesat nuk sillnin ndryshimin e gjendjes, fshatarësia shqiptare e rriti qëndresën në një shkallë më të lartë, duke kundërshtuar në mënyrë kategorike shlyerjen e detyrimeve të mbështetura në sheriat e në urdhrat e sulltanit. Ky refuzim ishte individual dhe kolektiv. Refuzimet bëheshin edhe më të organizuara në bazë fshati. Banorët e fshatit Pobrat në vitin 1685 kundërshtuan shlyerjen e së dhjetën e të salaries. Kjo vendosmëri i detyronte feudalët të kërkonin ndihmën e gjyqit në veçanti e të shtetit në përgjithësi.
Gjyqi në përgjithësi ndihmonte feudalët. Në grindjen e organizuar midis popullsisë së Libofshës e Mahmut Tabakut, gjyqi i besoi spahiut dhe urdhëroi fshatarësinë t’i jepte pjesën që pretendonte spahiu.
Si rezultat i kundërshtimit të fshatarëve, feudalët dhe shteti ishin të detyruar të hartonin lista me taksa të prapambetura që duheshin paguar më vonë. Në vitin 1680 në sanxhakët e Shkodrës, Ohrit, Vlorës, Elbasanit, Delvinës, Prizrenit e të Dukagjinit nuk ishin vjelë xhizja, avarizi, nuzuli e surati për vitet 1670-1680.
Në raste të veçanta fshatarësia vinte dorë mbi kullotat dimërore e verore të spahinjve ose të çifligarëve. Në vitin 1644 popullsia e fshatit Gribë hyri në kullotën verore dhe dëboi bagëtitë e spahiut. Në vitin 1678 banorët e fshatit Qereshnik pohuan përpara kadiut se feudalët, zotërues të kullotës së fshatit, u kishin marrë kullotën arbitrarisht, kishin ngritur stane e vatha dhe kishin sjellë 1 500 dhen për t’i kullotur.
Kur këto forma të qëndresës nuk sillnin ndonjë përfitim, fshatarësia zgjidhte si rrugëdalje nga gjendja e mjeruar, ikjet nga vendbanimi i mëparshëm. Ikjet synonin shkëputjen e plotë ose të pjesshme të varësisë feudale. Fshatarët e arratisur dëshironin të gjenin kushte më të mira jetese në krahina të tjera. Duke u larguar pa lënë adresë, ata shpresonin se do t’i këpusnin lidhjet me feudalin. Për rrjedhojë do të shpëtonin nga detyrimet ndaj tij si zot i rajasë. Po kështu ata shpresonin të shpëtonin përkohësisht nga taksa për kokë.
Ikja kishte përfshirë disa shtresa të fshatarësisë. Në radhë të parë ikte fshatarësia raja. Shumë raja arratiseshin nga vendbanimi i përhershëm dhe vendoseshin në vise të tjera, ku merreshin me punëra të ndryshme. Shkaqet e shpërnguljeve lidheshin me gjendjen e rëndë të rajave dhe me përpjekjet për të shpëtuar nga kjo gjendje. Në disa dokumente theksohet se qëllimi kryesor i largimit të fshatarëve ishte shmangia për të mos paguar taksën për kokë, në disa të tjera për t’iu shmangur pagimit të avarizit e të nuzulit. Në një ferman të sulltanit të 5 shtatorit 1716 pohohet se rajatë janë rrënuar si mos më keq.
Vendstrehimi i fshatarëve të shpërngulur u bënë edhe çifligjet. Në fermanet e sulltanëve të viteve 1644, 1696, 1700, 1702 e 1707, drejtuar qeveritarëve të sanxhakëve shqiptarë, pohohet se çifligarët fshihnin rajanë e arratisur. Një vendstrehim tjetër i fshatarëve të ikur ishin pronat tokësore të institucioneve fetare myslimane (vakfet) e të atyre të krishtere (të manastireve), institucione që përfitonin nga këto largime. Për t’i tërhequr në pronat e tyre, ata i joshnin të ikurit duke i vënë përkohësisht në disa kushte të favorshme vetëm për disa vjet. Megjithatë ata kishin përfitime të mëdha sepse siguronin krahë pune për çifligjet e tyre. Duke filluar nga vitet 80 të shek. XVII, kur gjendja e çifçinjve u bë më e mjerueshme, edhe këta filluan të largohen në masë nga çifligjet.
Një vend tjetër grumbullimi i fshatarëve të ikur ishin qytetet shqiptare si edhe qytetet më të mëdha të perandorisë, si Stambolli, Edreneja e Bursa, të cilat ndodheshin shumë larg tokave shqiptare. Në vitin 1646 sulltani pranonte se fshatarët ishin larguar nga kazatë e Vlorës, Skraparit e të Myzeqesë dhe ishin vendosur nëpër qytete.
Arratisjet ndodhnin në kushte të vështira. Shteti përpiqej të forconte presionin ndaj individit ose krejt fshatit për të penguar largimet. Xhizjedarët e vjelësit e tjerë të detyrimeve shtetërore ishin pajisur me dokument për t’ua vjelë taksat kudo që të ndodheshin. Ata dhe spahinjtë caktonin njerëz për të mbledhur fshatarët e shpërngulur. Shteti kishte vendosur garancinë kolektive, me anë të së cilës detyrimet e të shpërngulurve ndaheshin midis atyre që kishin mbetur në fshat. Strehuesit e fshatarëve të shpërngulur ishin vënë nën trysninë dhe kërcënimet e shtetit që nuk ngurronte t’i dënonte edhe me varje.
Megjithatë arratisjet vazhdonin. Në vitin 1738 ato kishin përfshirë 40% të fshatrave të krahinës së Beratit, ndërsa numri i shtëpive të arratisura kapte afro 12% të numrit të përgjithshëm të shtëpive. Në disa raste largimet ishin aq masive sa fshatrat ishin rrënuar krejtësisht. Në regjistrat e taksave të jashtëzakonshme gjen shënimin “i rrënuar krejtësisht”, “i braktisur” etj.
Ndonëse ishin më shumë një qëndresë spontane dhe e paorganizuar, arratisjet krijonin vështirësi serioze për pushtetin osman, i privonin feudalët nga pjesa e rentës që u takonte, i shkaktonin vështirësi administratës fiskale për të grumbulluar detyrimet shtetërore. Ato ishin shprehje e një mosbindjeje të fortë dhe e një bojkotimi të vërtetë ndaj regjimit feudal osman.
Arratisjet ishin një prolog i çlirimit të fshatarësisë. Si rrjedhojë e tyre sipërfaqe të tëra toke mbeteshin pa punuar, gjë që sillte pakësimin e prodhimeve bujqësore. Nga kjo dëmtoheshin si feudalët, ashtu edhe shteti. Meqenëse drejtimi kryesor i largimeve ishte nga vendet ku niveli i shtypjes ekonomike ishte më i lartë për në vendet me një shtypje më të ulët, ato ndihmonin në barazimin e gjendjes së fshatarësisë. Për të penguar ose pakësuar shpërnguljet nga vendet e para, feudalët detyroheshin të ulnin shkallën e shtypjes ekonomike. Ikjet ndihmonin sadopak në kapërcimin e izolimit feudal dhe ndihmonin në lidhjen e mëtejshme të një krahine me një krahinë tjetër, të qytetit me rrethinën dhe të një qyteti me një qytet tjetër.
Arratisjet nuk mund ta shpëtonin fshatarësinë nga gjendja e keqe, prandaj ajo përdori edhe forma më të ashpra të luftës, si organizimin e çetave të armatosura, që formoheshin nëpër pyje e male. Lëvizja kaçake në tokat shqiptare pati disa veçori që e dallojnë nga viset e tjera të Ballkanit. Si një shfaqje e vetvetishme e luftës çlirimtare, ajo nuk pati atë fizionomi dhe përhapje të madhe si në viset e tjera të Ballkanit. Kjo lidhej kryesisht me kushtet konkrete historike të tokave shqiptare, ku kryengritjet ndiqnin njëra-tjetrën. Në këto kushte i arratisuri bashkohej me valën kryengritëse, gjë që e zvogëlonte shumë rolin e kaçakërisë. Me shthurjen e sistemit të timarit dhe me përhapjen e sistemit të çifligut, mjaft fshatarë humbën të drejtën e përdorimit të tokës dhe pronën private. Zhveshja tërësisht ose pjesërisht e fshatarit nga pronësia çonte në rrënimin e tij. Të shtyrë nga kjo gjendje, një pjesë e fshatarëve morën rrugën e kaçakut. Meqenëse deri në mesin e shek. XVIII sistemi i çifligut nuk pati një shtrirje të madhe, edhe lëvizja e kaçakëve nuk mori një përhapje të gjerë.
Në çetat grumbulloheshin fshatarë që kishin humbur të drejtën e shfrytëzimit të tokës ose që kishin ngritur dorën kundër feudalëve dhe mbledhësve të detyrimeve shtetërore. Një përbërje tjetër kishin çetat e malësorëve të varfër, të cilët nuk ishin në gjendje të shlyenin detyrimet. Në këto çeta merrnin pjesë gjithashtu ish-spahinjtë, të zhveshur nga zotërimet, elementë të klasës feudale që ishin fuqizuar e rivalizonin në sipërmarrjet e detyrimeve ose të nëpunësive, klerikë myslimanë etj. Të gjithë këta përfaqësues të shtresave të ndryshme shtyheshin nga motive të veçanta. Ndaj lufta e kaçakëve merrte tipare të anarkisë feudale. Anarkia feudale la, pa dyshim, gjurmët e veta në lëvizjen kaçake.
Çetat mund të formoheshin nga fshatarë të një fshati, të dy a më shumë fshatrave, të një nahije ose kazaje. Çetat e armatosura sulmonin edhe spahinjtë, shtëpitë e tyre dhe u merrnin pasurinë, madje nuk kursenin as familjet e tyre. Kështu në vitet 1681-1682, kaçakë nga fshati Pobrat sulmuan dhomat dhe haremet e Ahmet Agait e të Ali Efendiut dhe u rrëmbyen plaçkat e sendet ushqimore. Në vitin 1708 kaçakët nga fshati Kaçë i Zadrimës rrëmbyen pasurinë e bejlerëve të Zadrimës. Në vitet 1712-1713 kaçakë nga fshati Qidhnë sulmuan shtëpinë e spahiut Ahmet dhe i rrëmbyen gjënë e gjallë. Shpeshherë objekt sulmi ato bënin edhe pronat shtetërore, si vivaret (daljanet) etj. Në vitin 1707 kaçakë nga fshatrat Margëllëç, Kuç e Glloboçar sulmuan vivaret e mukatasë shtetërore dhe në bashkëpunim me çifçinjtë vunë dorë mbi çifligjet shtetërore. Objekt sulmi ishin edhe taksambledhësit e nëpunësit e shtetit, si dhe konakët e tyre. Në vitin 1606 një çetë nga Kurveleshi sulmoi sanxhakbeun e Delvinës, i cili kishte marrë përsipër të vilte taksat në sanxhakët e Vlorës, Delvinës, Elbasanit etj., dhe i rrëmbyen xhizjen e vjelë.
Çetat në të njëjtën kohë merrnin nën mbrojtje masat e varfra fshatare e qytetare dhe nuk lejonin vjeljen e taksave shtetërore. Në vitin 1713, Ali Hoxha, së bashku me të tjerë, pengoi vjeljen e taksave shtetërore.
Lëvizja e çetave të armatosura ishte më e rëndësishme se format e tjera të ulta të qëndresës. Duke marrë nën mbrojtje fshatarët, ato nuk lejonin vjeljen e detyrimeve. Me vrasjen e spahinjve e të nëpunësve, çetat e shpëtonin përkohësisht fshatarësinë nga dhuna. Në mjaft raste çetat shërbenin si qendra të grumbullimit të fshatarëve të pakënaqur dhe në periudha të caktuara, ato u bënë bërthama të lëvizjeve kryengritëse. Në çdo protestë, në çdo refuzim për të shlyer detyrimet, në çdo arratisje dhe sidomos në luftën e çetave të armatosura, qëndronte mundësia për ta kthyer qëndresën në kryengritje të armatosur.
Nga gjysma e dytë e shek. XVII, kur Perandoria Osmane filloi luftën kundër koalicionit të Austrisë, Venedikut, Polonisë dhe pastaj Rusisë, lëvizjet fshatare morën hov më të madh dhe, si në jug, ashtu dhe në veri, u shndërruan në kryengritje të armatosura me karakter çlirimtar. Disa prej tyre u zhvilluan në kushte të favorshme ndërkombëtare dhe në vitet 1683-1691 morën përpjesëtime shumë të mëdha në Shqipërinë e Veriut e të Jugut, e veçanërisht në Kosovë.
Pas vitit 1683, në Shqipëri ziente lëvizja antiosmane, ndërkohë që perandoria kishte hyrë në luftë me koalicionin e madh të Austrisë, Venedikut, Polonisë e të Rusisë. Kleri katolik shqiptar me Pjetër Bogdanin në krye i nxiti shqiptarët të ngrinin krye dhe këta nuk ngurruan të radhiten në vijat e para të luftës çlirimtare që mori hov në kuadrin e gjendjes së jashtme të favorshme. Përkrahja që shqiptarët u dhanë ushtrive austriake e venedikase kundër forcave osmane në atë kohë u dha dorë si austriakëve, ashtu edhe venedikasve të përparonin në brendi të Gadishullit Ballkanik dhe të zinin disa qytete bregdetare. Peshkopi shkrimtar Pjetër Bogdani hartoi një projekt për çlirimin e vendit duke u mbështetur te lufta që kishte shpërthyer, në të cilën shqiptarët kryengritës po jepnin ndihmesën e tyre të çmueshme.
Pasi u thye hovi i osmanëve kundër forcave austriake në dyert e Vjenës, nuk patën përfundim më të mirë as sulmet e tyre kundër forcave ushtarake venedikase. Një rol vendimtar për dështimin e një vargu operacionesh të ushtrisë osmane luajtën malësorët kryengritës shqiptarë e malazezë. Më 1686, sanxhakbeu i Shkodrës Sulejman Pasha, i cili mbronte kështjellat nga kryengritësit, kaloi kufirin dhe sulmoi qytetin e Budues. Por sulmi i tij dështoi, sepse rruga për në këtë qytet u pre nga malazezët, të cilët u dolën përpara në ndihmë venedikasve. Edhe kur pas këtij dështimi Sulejman Pasha kërkoi të kalonte me forcat e veta përmes Malësisë së Madhe, ai ndeshi në qëndresën e malësorëve shqiptarë të lidhur me fqinjët e tyre. Kështu pashai u detyrua të kthehej në Shkodër.
Lëvizja e malësorëve shqiptarë dhe malazezë ngriti në këmbë rreth dhjetë mijë luftëtarë, që synuan të shtinin në dorë kështjellat e Shkodrës, Podgoricës dhe të Zhabjakut. Pas luftimesh që u zhvilluan gjatë vitit 1687 dhe në pranverën e vitit 1688, forcat ushtarake të Sulejman Pashës si dhe ato të një vargu sanxhakbejlerësh boshnjakë dhe hercegovinas pësuan disfatë të rëndë. Kryengritësit e Malësisë së Madhe, të Kuçit, të Piprit dhe të Kelmendit, sulmuan dhe çliruan kështjellën e Medunit, por meqenëse ata nuk kishin mjetet e domosdoshme ua dorëzuan atë venedikasve për ta mbrojtur.
Pas kësaj fitoreje, në muajin maj 1688 shqiptarët e malazezët u mblodhën në një kuvend të përbashkët në Gradec, ku lidhën besën për ta vazhduar luftën dhe vendosën të sulmonin e të çlironin kështjellën e Podgoricës, duke bashkërenduar veprimet e tyre me ato të flotës venedikase që do të sulmonte qytetet e Ulqinit dhe të Tivarit. Mirëpo në muajin qershor malësorëve shqiptarë iu desh të përballonin sulmin e 10 000 ushtarëve të Sulejman Pashës, që u përpoq të nënshtronte Kuçin, Grudën e Kelmendin dhe të shtinte përsëri në dorë kështjellën e Medunit. Ushtria e tij ndeshi në kundërsulmin e kryengritësve shqiptarë, u thye dhe u detyrua të tërhiqej në Podgoricë. Edhe forcat e Sulejman Pashës që u drejtuan për në Mal të Zi, u thyen në fshatin Osriniq.
Angazhimi i shqiptarëve në anën e austriakëve u bë më i dukshëm në pranverën e vitit 1689, kur konti Ludvig Badeni, komandant i frontit austriak vendosi të pushtonte Nishin dhe nëpërmjet Prokupjes të kalonte në Kosovë. Nëpërmjet Prizrenit dhe Kukësit, ai desh të dilte në Shkodër e në detin Adriatik për të ndarë Bosnjën e Hercegovinën nga Porta e Lartë. Me një thirrje të veçantë konti i Badenit ftoi popujt e Ballkanit për t’u bashkuar me ushtrinë e tij. Kur forcat ushtarake hynë në tokat ballkanike, në to u përfshinë serbë, bullgarë, grekë e shqiptarë. Në afërsi të Nishit u zhvillua një betejë e ashpër (24 shtator 1689), e cila përfundoi me fitoren e austriakëve. Osmanët lanë në fushën e betejës 10 000 të vrarë. Pas kësaj fitoreje ushtria austriake u nda në dy pjesë: e para e komanduar prej kontit të Badenit u nis drejt Vidinit (Bullgari), kurse e dyta me gjeneral Pikolominin në krye u nis për në Kosovë, ku u prit nga shqiptarët. Shqiptarët ishin gati të pranonin mbrojtjen e perandorit austriak. Të njëjtin veprim bënë edhe shqiptarët e Kelmendit. Kur Pikolomini hyri në Prishtinë, shqiptarët e Kosovës deklaruan se ishin me perandorin. 6 000 shqiptarë ortodoksë (Albanensen) u bashkuan me austriakët. Pikolomini të njëjtën situatë ndeshi edhe në Prizren. Banorët e qytetit i dolën përpara dhe e pritën me nderime. Rreth 5 000 shqiptarë me kryepeshkopin e tyre, Pjetër Bogdanin, e përshëndetën me breshëri të shtënash. Gjenerali kërkoi nga shqiptarët, që hynin në ushtrinë austriake, t’u bindeshin oficerëve austriakë dhe të mbanin armët, ndërsa të tjerët duhej të ktheheshin në shtëpitë e tyre. Burimet austriake, angleze e papale pohojnë se pranë Pikolominit ishin mbi 20 000 shqiptarë. Sipas një përllogaritjeje 5 000 veta ishin nga Prishtina, 3 000 veta nga Peja, 6 000 nga Klina dhe Drenica, 6 000-8 000 veta nga Prizreni.
Shqiptarë të tjerë të palidhur me ushtrinë austriake vazhdonin kryengritjen. Kur forcat austriake hynë në Prizren, 3 000 kryengritës shqiptarë morën Pejën. Sapo gjenerali Pikolomini kaloi në Shkup (25 tetor 1689), shqiptarët shprehën gatishmërinë për të hyrë nën mbrojtjen e austriakëve. Një grup kryengritës u nis drejt Tetovës për të pastruar krahinën nga forcat osmane, që ndeshën në rezistencë në Kaçanik. Ndërkohë forca tatare nga Krimea hynë në Prishtinë, por u thyen nga shqiptarët e Prishtinës.
Sipas burimeve osmane me austriakët ishin bashkuar: Peja, Prizreni, Tetova, Shtipi, Prishtina, Vuçiterna, Kosova (Belasica), Jenipazari (Pazari i Ri), Mitrovica, Shkupi, Çiçaku, Plevla, Jagodina, Kumanova etj.
Pas vdekjes së gjeneral Pikolominit (nëntor 1689) qëndrimi i shqiptarëve ndryshoi për disa arsye. Në radhë të parë ndikoi këtu qëndrimi i pasardhësve të Pikolominit dhe të oficerëve të tjerë austriakë. Ata filluan t’i trajtojnë keq shqiptarët. Në një ditar anonim thuhej: “Pikolomini në çastet e vdekjes i dorëzoi komandën dukës së Holshtajnit. Pas kësaj punët morën një pamje krejt tjetër, sepse timonieri kishte mbaruar dhe anija do të lundronte në det sipas dëshirave të erërave, siç duket drejt mbytjes”. Duka i Holshtajnit në fillim i pa shqiptarët me mospërfillje e me xhelozi dhe pastaj u soll ashpër me ta. Në Prizren u përpoq të çarmatoste shqiptarët, kurse në Lumë urdhëroi djegien e disa fshatrave. Jo vetëm Duka, por edhe komandantë të tjerë vepruan keq me shqiptarët. Kur këta të fundit zemëroheshin për padrejtësitë e oficerëve austriakë dhe kërkonin drejtësi, keqtrajtoheshin me përbuzje e me fyerje të padurueshme nga komanda ushtarake. Së dyti, komanda austriake nuk i mbajti premtimet që u kishte bërë shqiptarëve. Në fillim ajo premtoi t’u lehtësonte barrën e detyrimeve, por ky premtim mbeti në letër. Së treti, negativisht ndikoi edhe vdekja e arkipeshkvit të Shqipërisë, Pjetër Bogdanit, i cili ishte përpjekur disa herë për të zbutur pakënaqësinë e bashkatdhetarëve të vet. Kontributi i P. Bogdanit jepet kështu në ditarin anonim: “Në mënyrë që çështjet tona të mund të pësonin një goditje të rëndë, deshi perëndia që të vdiste arqipeshkvi i Arbërisë”. Megjithatë, mjaft shqiptarë vazhduan t’i mbeten besnikë qeverisë austriake dhe morën pjesë në disa beteja. Shtrirja e kryengritjes shqetësoi Portën e Lartë, e cila më 1 dhjetor 1689 njoftonte: “në rast se do të vazhdojë kjo kryengritje e arbërve, i gjithë vendi do të rrënohej deri në Durrës dhe ndoshta edhe Greqia do të pësojë shumë dëme, sepse kudo shtetasit po çohen në kryengritje”.
Një vatër tjetër kryengritëse ishte Luma. Mjaft banorë të kësaj krahine ishin bashkuar me austriakët duke dhënë një tribut si dëshmi të besnikërisë. Por, përballë forcave të shumta të komanduara nga Mahmut Pasha, lumianët ulën armët dhe pranuan amnistinë e qeveritarit osman. Zjarri i kryengritjes ishte shtrirë edhe në Rozhajë, ku shqiptarët e kësaj krahine u bashkuan me austriakët. Kundër tyre erdhi beu (administratori) i Filipopolit në krye të forcave të shumta ushtarake. Pas një bombardimi të rreptë kryengritësit e Rozhajës pranuan kërkesën e faljes që u parashtroi beu osman. Gjendja e ushtrisë austriake dhe e kryengritësve shqiptarë u keqësua me emërimin e Vezirit të Madh, shqiptarit Mustafa pashë Kypryliut, si kryekomandant i ushtrisë. Ushtria osmane përbëhej nga forca të hanit të Krimesë, të bejlerbeut të Rumelisë dhe të sanxhakbejlerëve të tokave shqiptare. Në fillim forcat osmane iu drejtuan Karposhit, që vepronte si kryengritës, të cilin e kapën, e ngulën në hu dhe e hodhën në Vardar. Forcat austriake dhe kryengritësit shqiptarë u tërhoqën në Kaçanik. Duka i Holshtajnit u detyrua të organizonte një këshill ushtarak, i cili vendosi t’u bëjë thirrje shqiptarëve që kishin qenë pranë Pikolominit, por ishte tepër vonë. Megjithatë, shqiptarët, besnikë të austriakëve, morën pjesë në luftën me tartarët e hanit të Krimesë. Në fillim ra Prishtina, më vonë Prizreni, Peja. Shkalla e rrezikshmërisë së kryengritjes së shqiptarëve u duk edhe në dhunën e ashpër osmane. Pas betejës së Kosovës osmanët kryen mizori të papara, duke “djegur fshatra të panumërta, duke shkretuar vendin, duke vrarë barbarisht ata banorë të shkretë, sepse vetëm i kishin shfaqur bindje dhe i kishin dhënë ndihmë ushtrisë gjermane”.
Duke parë potencialin ushtarak të shqiptarëve dhe gatishmërinë e tyre, Tome (Thoma) Raspasari, vikar françeskan për Shqipërinë, e këshilloi perandorin austriak të shpërndante diploma perandorake, drejtuar popujve të Ballkanit ku t’u premtohej njohja e të gjitha privilegjeve, njohja e krerëve të tyre, zgjedhja e lirë e vojvodëve (komandantëve ushtarakë), ushtrimi i lirë i fesë, përjashtimi nga detyrimet dhe nga pagesat në të holla. Me këto kushte shqiptarët do të ngriheshin me armë në dorë përkrah austriakëve. Perandori austriak Leopold I në bazë të këtij propozimi, duke pasur parasysh edhe ndihmesën e mëparshme të shqiptarëve, më 6 prill 1690 lëshoi një thirrje drejtuar popujve të Ballkanit, në të cilën në krye radhiteshin shqiptarët dhe u kërkonte që të rroknin armët kundër osmanëve. Si shpërblim u premtonte pak a shumë propozimet e Tomë Raspasarit, një qeverisje lokale autonome nëpërmjet vojvodëve të zgjedhur. Shqiptarët shprehën menjëherë dëshirën për të bashkëpunuar me austriakët. Sipas një letre nga Nishi të 22 prillit 1690 “arbrit i kanë çuar fjalë gjeneral Veteranit se përherë janë perandorakë të mirë, se nuk presin veçse ardhjen e ushtrisë sonë për t’u bashkuar kundër turqve e tartarve”. Megjithëkëtë gatishmëri, një kryengritje e dytë e shqiptarëve nuk u organizua. Me sa duket qeveria austriake nuk dëshironte ta vazhdonte luftën, prandaj ajo nuk pranoi as propozimin e Veteranit që ta mbështeste me mjete financiare për të krijuar një ushtri me shqiptarë. Në këto kushte Veterani u largua nga Nishi, ndërsa shqiptarët mbeten vetëm përballë ushtrisë osmane: “Mahmut Pasha, siç thuhej në dokumentet e kohës, ndërmori një fushatë ndëshkimore kundër Surroit, Gashit e Krasniqes, vende që në mënyrë të patundur kanë mbajtur besën ndaj madhërisë perandorake, duke mos pranuar kurrë miqësinë turke, ndonëse shumë herë janë joshur me premtime e kërcënime prej atij (pashës)”.
Me ushtrinë austriake u larguan nga Serbia e Kosova shumë kryengritës, besnikë të Austrisë. Mbi këtë fakt u ngrit teza e historiografisë serbe mbi të ashtuquajturën “shpërngulje të madhe të serbëve nga Kosova dhe mbi popullimin e saj nga shqiptarët”. Është e vërtetë se midis atyre që u tërhoqën së bashku me ushtrinë austriake ishte patriarku i Pejës, Arsen III Cërnojeviçi, së bashku me disa murgjër që nëpërmjet Jenipazarit e Studenicës u vendos në Panoni. Por serbët që u larguan me të nuk ishin aq të shumtë në numër sa të bëhet fjalë për një shpërngulje të madhe të tyre nga Kosova në ato vite. E ashtuquajtura “shpërngulje e madhe e serbëve nga Kosova” është një sajesë e historiografisë serbe, e bërë me qëllime të caktuara politike. Të mbështetur në të dhënat e kishës serbe, mjaft historianë serbë duke synuar t`i japin “një mbështetje” historike e shkencore politikës grabitqare të Serbisë ndaj tokave shqiptare të Kosovës, janë orvatur të provojnë se Kosova kishte qenë në mesjetë qendër e shtetit serb dhe trevë e banuar nga serbët deri në fund të shek. XVII - fillimi i shek. XVIII. Pas luftërave austro-osmane të viteve 1683-1699, pohojnë këta autorë, një pjesë e popullsisë serbe që mori anën e Austrisë, qenkërka tërhequr për në veri dhe vendin e tyre e paskan zënë shqiptarët e ardhur nga vise të brendshme të Shqipërisë së Veriut. Historianë të tjerë, duke rënë viktimë e njëanshmërisë së burimeve dokumentare serbe, janë bashkuar me autorët serbë. Kështu është krijuar një letërsi e tërë historike që nuk i përgjigjet të vërtetës shkencore. Megjithatë, ka edhe mjaft studiues që e kundërshtojnë këtë mendim që mbizotëron në historiografinë serbe. Në disa vepra të historiografisë austriake dhe italiane, të mbështetura në burime të besueshme, pranohet se territoret e Kosovës ishin të banuara nga popullsi shqiptare dhe përfshiheshin brenda kufijve të Shqipërisë si nocion etnik.
Dokumentet e komandës së lartë ushtarake tregojnë se nga forcat që u vunë përkrah forcave austriake, dy grupe ishin më kryesorët: shqiptarët dhe “serbët”. Nga një përllogaritje e përafërt del se numri i shqiptarëve ishte dy herë më i madh se ai i “serbëve”. Përveç dokumenteve të komandës ushtarake, edhe dokumentet angleze e papale dëshmojnë se shumë shqiptarë qëndruan deri në fund me austriakët. Edhe ndër të shpërngulurit që nuk i kalonin të 10 000 vetat shqiptarët ishin më të shumtë. Sipas një interpretimi që meriton të përmendet, edhe termi “serb”, i cili përdorej në dokumente, nënkuptonte shqiptarët ortodoksë që bënin pjesë në juridiksionin e kishës së Pejës. Në këtë rast duhet pranuar se kryengritësit e Kosovës, që u bashkuan me austriakët, ishin thuajse të gjithë shqiptarë.
Ndërsa në krahinën e Kosovës kryengritja u shtyp në verën e vitit 1690, ajo vazhdoi në Shqipërinë Jugore, në krahinat e sanxhakëve të Delvinës e në krahinën e Himarës. Në bashkëpunim me forcat detare venedikase që zbarkuan në Ujin e Ftohtë pranë Vlorës, kryengritësit sulmuan kështjellat e Kaninës dhe të Vlorës dhe i dëbuan garnizonet e tyre. Vetëm pas 6 muajsh, një ushtri osmane e përbërë nga forcat e më shumë se 10 sanxhakbejlerëve mundi t’i ripushtonte. Venedikasit para se të largoheshin, i vunë zjarrin për hakmarrje qytetit të Vlorës, dhe dëmtuan në radhë të parë vlonjatët.
Duke përfituar nga hutimi që shkaktoi kundërsulmi osman, Sulejman Pasha i Shkodrës guxoi të ndërmerrte dy ekspedita ndëshkimore kundër malësorëve shqiptarë dhe kundër malazezëve. Por që të dyja dështuan. Vetëm në vjeshtën e vitit 1692 ai mundi të hynte në Mal të Zi dhe të shkelte Cetinën, kurse orvatjet për të nënshtruar Malësinë e Madhe nuk i shkuan mbarë as këtë herë.
Gjatë luftës së viteve 1683-1699 dhe fill pas mbarimit të saj, fshatarësia raja e krahinave jugore dhe veriore vazhdoi të kundërshtonte me këmbëngulje e gjer në përleshje të armatosura pagimin e detyrimeve të rënda feudale. Kështu, ajo jo vetëm e përkrahu, por edhe bashkëpunoi me fshatarësinë e vetëqeverisur në luftën çlirimtare kundër sundimit osman. Një qëndrim i tillë u mbajt prej tyre dhe në fillimet e shek. XVIII.
Gjatë viteve 1699-1704, popullsia e kazasë së Tepelenës nuk pagoi taksat e jashtëzakonshme të avarizit dhe bedeli nuzulit. Kjo lëvizje u përhap gjatë këtyre viteve thuajse në gjithë Shqipërinë Jugore. Përveç vështirësive ekonomike, që i detyronin fshatarët raja të mos paguanin taksat e jashtëzakonshme, qëndresa e tyre u nxit edhe nga grupe feudalësh të vegjël të krahinave të Korçës, Kolonjës, Përmetit, Skraparit, Tomoricës e Shpatit që u bashkuan me lëvizjen fshatare. Të shpronësuar nga timaret ose të kërcënuar që t’i humbisnin ato për shkak të thellimit e përhapjes së procesit të çifligimit, këta feudalë të pakënaqur të lidhur dhe me feudalë të tjerë në rrethin dhe në qytetin e Beratit, u ngritën kundër qeveritarëve vendas.
Sanxhakbeu i Vlorës nuk mundi me ushtarët e vet të shtypte kryengritësit e bashkuar. Meqë lëvizjet fshatare u bënë të rrezikshme për Stambollin, Porta e Lartë mori masa të tjera, dërgoi kundër kryengritjes së vitit 1700 forca ushtarake të të katër sanxhakëve nën urdhrin e ish-Vezirit të Madh, Ali Pashës. Por as këto nuk arritën ta shtypnin kryengritjen. Në vjeshtën e vitit 1701, Porta urdhëroi Hydaverdi Pashën e Shkodrës që, në krye të forcave ushtarake të sanxhakeve të Shkodrës, Dukagjinit, Elbasanit, Ohrit e të Vlorës, të përbëra nga rreth 10 000 veta, të shkonte për të shtypur kryengritjen, që e kishte qendrën në Kurvelesh. Hydaverdi Pasha përdori në radhë të parë taktikën e përçarjes së forcave kryengritëse, duke shkëputur nga lëvizja drejtuesit e përbërë nga grupet e feudalëve të vegjël. Në këto rrethana lëvizja fshatare ra përkohësisht në të gjitha krahinat, duke përfshirë edhe Kurveleshin, për të rifilluar me hov të ri në vitet 1703-1704.
Në këtë fazë të dytë, në krye të saj doli një feudal vendas, komandanti i garnizonit të kështjellës së Tepelenës, çaushi i jeniçerëve Muço Aga Hysoja. Në muajin qershor 1704 kundër kësaj kryengritjeje u dërguan forca ushtarake nga ejaleti i Rumelisë nën komandën e valiut, Hasan Pashës. Në këto forca bënin pjesë edhe ushtri të sanxhakëve të Janinës, Delvinës, Ohrit, Elbasanit, Shkodrës, Dukagjinit dhe të Prizrenit. Me përqendrimin e gjithë këtyre forcave ushtarake, qeveria arriti më së fundi ta nënshtronte krahinën e Kurveleshit. Në dështimin e kryengritjes një rol të veçantë luajti braktisja e lëvizjes nga Muço aga Hysoja, i cili, pasi u fal, u la në postin e vet si më parë.
Një lëvizje fshatare, e udhëhequr nga krerë malësorë, shpërtheu në të njëjtën kohë në krahinën e Matit. Në muajin maj të vitit 1703, kryengritës nga Selita e Macukulli rrethuan dhe sulmuan garnizonin e kështjellës së Stelushit. Mirëpo nuk mundën ta merrnin, sepse të rrethuarve u shkuan në ndihmë forcat e sanxhakëve të Ohrit, Shkodrës, Dukagjinit e Prizrenit. Në fund të gushtit, osmanët e nënshtruan edhe krahinën e Matit.
Lëvizje kryengritëse pati edhe në viset e Shqipërisë Veriore. Fshatarësia e lirë e Malësisë së Madhe, e sidomos kelmendasit, vazhduan qëndresën e armatosur që u rrit në fillim të shek. XVIII. Në vitin 1701, 6 000 ushtarë osmanë, të komanduar nga Hydaverdi Pasha i familjes së Begollajve të Pejës, sulmuan viset malore dhe rrethuan Kelmendin. Rrethimi vazhdoi për një kohë të gjatë. Të ndodhur pa ushqime dhe pa bukë, një pjesë e kelmendasve pranuan të hiqnin dorë nga kryengritja. Për këtë arsye Hydaverdi Pasha i la ata të lirë në krahinat e tyre. Pjesën tjetër (274 familje), që e vazhduan luftën, pashai i shpërnguli nga Kelmendi në tokat që zotëronte në pllajën e Peshterit, pranë Novi Pazarit. Ai kujtoi se do ta shuante me këto masa këtë vatër të përhershme të qëndresës dhe t’i fuste malësorët e lirë nën zgjedhën feudale. Por nuk ia arriti qëllimit. Më vonë, në vitin 1707 shumica e 274 familjeve braktisën vendbanimet e reja dhe u kthyen në Kelmend. Gjatë kthimit ata u ndeshën me forca të shumta qeveritare, të cilat u detyruan t’u hapnin rrugë.
Largimi i forcave ushtarake të qeveritarëve vendas për në frontin e luftës veneto-osmane gjatë viteve 1714-1718 i dha rast shpërthimit me përmasa më të mëdha të lëvizjeve kryengritëse. Kur feudalët vendas u ndaluan malësorëve të shtegtonin bagëtitë në kullotat dimërore dhe i pushtuan ato, popullsia e krahinave të vetëqeverisura të Kelmendit, Pultit, Shalës, Gashit dhe të Mirditës, sulmoi krahinat fushore fqinje dhe ndërpreu qarkullimin e rrugëve. Në të njëjtën kohë, rreth dy mijë raja matjanë, dibranë, lezhjanë e krutanë refuzuan të paguanin xhizjen dhe taksat e tjera shtetërore. Këto lëvizje u përkrahën përkohësisht edhe nga disa feudalë të pakënaqur nga shteti si ajanët e Matit, që synonin t’i përdornin ato si mjet presioni për të fituar të drejtën e taksave në dobi të vet dhe për të forcuar pozitat e tyre politike në pushtetin vendor.
Po kështu, fshatarët e nahijes së Mazarakut dhe Ajdonatit në Çamëri, e sidomos banorët e Margëllëçit, që ishin ngritur kundër pagimit të taksave qysh më 1708, vranë tagrambledhësit dhe rojen e armatosur që i shoqëronte dhe u hodhën në kryengritje të hapët. Në maj të vitit 1714 rreth 1 500 çamë thyen forcën ushtarake të sanxhakbeut të Delvinës, që u dërgua kundër tyre. Kryengritës të tjerë nga Kolonja e Konica nuk pranuan të paguanin taksat dhe e vranë xhizjedarin në Leskovik.
Krahas këtyre lëvizjeve, më 1715, shpërtheu një kryengritje tjetër e madhe, që kishte si qendër Kurveleshin. Në muajin korrik të vitit 1715 fshatarësia raja e kazave të Tepelenës dhe të Përmetit refuzoi të paguante taksat e jashtëzakonshme si dhe xhizjet e vitit 1714. Kundër kësaj lëvizjeje u dërguan të shkonin forcat e kështjellave të Vlorës, të Kaninës dhe ato të esnafëve të qytetit të Beratit. Meqenëse kjo kryengritje shpërtheu në kohën kur ushtria osmane luftonte me forcat venedikase të Korfuzit, ajo përbënte një rrezik serioz për to. Ndaj valiu i Rumelisë, Ahmet Pasha, shkoi vetë në nëntor 1715, për të drejtuar operacionet ushtarake për shtypjen e lëvizjes së Kurveleshit. Ai mori gjithashtu përforcime nga sanxhakët e Janinës, Delvinës, Vlorës, Ohrit dhe të Elbasanit, me të cilat mundi të shtypte kryengritjen dhe të shtronte krahinën.
Në vitin 1729 banorë të disa fshatrave të kazasë së Matit u hodhën në kryengritje dhe nuk pranuan të paguanin xhizjen, avarizin e nuzulin. Sulltani ngarkoi për shtypjen e saj qeveritarët e sanxhakëve të Elbasanit e të Shkodrës. Në pamundësi për t’i bërë qëndresë ushtrisë osmane kryengritësit pranuan të nënshtroheshin. Qeveritarët morën si peng 10 veta nga ata më me ndikim, por kur ata u larguan nga krahina e Matit, kryengritja filloi përsëri. Popullsia e Matit, nën drejtimin e Hal Bajramit, refuzoi të shlyente detyrimet, ktheu prapa të ngarkuarit për vjeljen e tyre dhe liroi pengjet. Pushteti qendror nisi përsëri qeveritarët, që me forca të shumta shtypën kryengritjen.
Në fillim të vitit 1739 u hodh në kryengritje popullsia e krahinave të Kurveleshit, Margëllëçit dhe të Ajdonatit që nuk pranoi të paguante xhizjen. Për shtypjen e saj qeveria osmane ngarkoi qeveritarin e sanxhakut të Delvinës, që u ndihmua nga bejlerët e Delvinës.
Në vitin 1744 fshatarësia e krahinës së Peqinit kundërshtoi me armë pagimin e taksës “ndihmë në kohë lufte”. Meqë orvatjet e valiut të Rumelisë për shtypjen e saj dështuan, ky pranoi të vjelë vetëm shumën që i ofruan kryengritësit, kurse pjesa tjetër do të shënohej në listën e të prapambeturave.
Dy vjet më vonë kryengritja përfshiu krahinat e Beratit e të Mallakastrës, popullsia e të cilave nuk pranoi të paguante taksën “ndihmë në kohë lufte”. Kryengritja u zgjerua aq sa valiu i Rumelisë u detyrua të vinte në krye të ekspeditës ushtarake për të ndëshkuar ata që kishin ngritur krye dhe për të vjelë taksat. Por edhe kjo kryengritje u shtyp. Përgjithësisht, kryengritjet e viteve 1718-1750 tregojnë se kjo nuk ishte një periudhë zbatice në qëndresën e armatosur të fshatarësisë shqiptare. Ato e shtyjnë cakun kohor të mbylljes së qëndresës deri në mesin e shek. XVIII, i cili shënon një moment kthese. Atëherë dolën në skenë pashallëqet shqiptare, si formacione shtetërore autonome. Nga kjo kohë lufta e fshatarësisë shqiptare merr disa tipare të reja.
Qëndresa e fshatarësisë pati pothuajse shkaqe të njëjta gjatë gjithë periudhës nga fillimi i shek. XVI deri në mesin e shek. XVIII. Ajo e kishte burimin në kontradiktën kombëtare e shoqërore të popullit shqiptar me pushtuesin osman. Lufta kishte si synim të kufizonte ose të zhdukte shtypjen feudale dhe zgjedhën osmane. Gjatë kryengritjeve të shek. XVI-XVII forca kryesore lëvizëse ishte fshatarësia raja dhe ajo e krahinave të vetëqeverisura, kurse në shek. XVIII shtohen edhe feudalët e disa klerikë të lartë të krishterë. Meqë interesat e këtyre krerëve laikë e fetarë u cenuan nga vendosja e regjimit feudal-osman, ata u afruan me fshatarësinë. Në qëndresën e shek. XVIII morën pjesë edhe aristokratë të mëdhenj shqiptarë, për shkak të rivalitetit në sipërmarrjen e detyrimeve ose pse kishin hyrë në rrugën e shkëputjes nga klasa feudale osmane. Krahas të krishterëve në kryengritje merrnin pjesë edhe myslimanët, si nxënës të medreseve (softë), muezinë, haxhinj, shejhlerë deri dhe dijetarët islamë (ulema). Në raste të veçanta kryengritjet morën ngjyrë fetare, ndonëse shteti gjithnjë përpiqej t’i trajtonte kryengritësit si armiq të fesë e pastaj të shtetit.
Kryengritjet u zhvilluan në dy zona: në krahinat e vetëqeverisura dhe në ato të timarit. Për rrjedhojë është i papranueshëm koncepti se lufta u zhvillua vetëm në krahinat autonome. Antagonizmi kombëtar dhe shoqëror me osmanët ishte i pranishëm në të gjitha krahinat, pavarësisht nga veçoritë që i karakterizonin ato. Kjo nuk e vë në dyshim faktin se malësitë ishin kthyer në vatra pothuajse të përhershme të luftës dhe shërbenin si baza për organizimin e qëndresës në shkallë vendi. Forca e madhe e qëndresës së tyre shpjegohet me faktin se fshatarësia e lirë luftonte kundër cenimit të vetëqeverisjes, kundër përpjekjeve të osmanëve për t’i përfshirë në sistemin e timarit dhe për t’i vënë në pozitat e fshatarëve raja dhe, përgjithësisht, kundër rëndimit të zgjedhës së huaj.
Megjithëse në periudha të caktuara kryengritjet u shtrinë pothuajse në pjesën më të madhe të vendit dhe u zhvilluan në të njëjtën kohë, ato patën karakter lokal dhe nuk u shkrinë në një kryengritje të vetme, ndonëse morën edhe forma të reja organizimi, siç ishin kuvendet.
Tiparet çlirimtare të kryengritjeve ishin mpleksur me ato shoqërore. Në varësi nga kushtet historike, nga forca dhe shkalla e organizimit të tyre, kryengritjet herë merrnin më tepër tipare çlirimtare e herë tipare shoqërore. Sidomos, kur kryengritësit bashkëpunonin me shtetet evropiane dhe shtronin si synim të flaknin zgjedhën e huaj, dilte në plan të parë karakteri çlirimtar.
Përgjithësisht kryengritjet e kësaj periudhe dështuan dhe nuk arritën të përmbushnin objektivat e tyre çlirimtare e shoqërore.