Zgjerimi i veprimeve luftarake të kryengritësve shtroi si një detyrë të ngutshme bashkërendimin dhe organizimin e kryengritjes në shkallë kombëtare. Të parët që e ndjenë këtë nevojë të organizimit ishin udhëheqësit e forcave kryengritëse të Kosovës. Në thirrjen drejtuar popullit shqiptar në fillim të muajit maj nga Malësia e Gjakovës shtrohej kërkesa e bashkimit të kryengritësve nën drejtimin e një komiteti të vetëm kombëtar, i cili, duke pasur edhe një organ shtypi në gjuhë të huaj, të propagandonte programin e luftës së armatosur të popullit shqiptar: “Lirinë administratore të Shqypëniës”. Thirrja ishte nënshkruar nga Mahmut Zajmi, Bajram Daklani, Zefi i Vogël, Pjetër Çeli, Halil Mehmeti, Idriz Jaha, Hasan Ballanca dhe nga Sali Hoxhë Elbasani, si sekretar i përgjithshëm.
Përmasat që po merrte lëvizja kryengritëse në trevat verilindore të vendit bënë të mundur organizimin e shtrirjen e kryengritjes në të gjithë Shqipërinë dhe bashkimin e të gjitha forcave rreth një programi politik kombëtar. Për këto qëllime u vendos të thirrej në Junik një kuvend shqiptar.
Sulmi i kryengritësve mbi Gjakovë krijoi kushte të volitshme për mbajtjen e kuvendit, sepse forcat e Korparmatës së 7-të osmane (me qendër në Ferizaj) u detyruan të përqendroheshin atje. Ministri i Brendshëm turk deklaroi atëherë në parlament se “kryengritësit shqiptarë po u krijonin udhëheqësve të tyre mundësitë për të mbajtur lirisht kuvendin në Junik”.
Kuvendi u mblodh në Junik më 21-25 maj 1912, me nismën e Hasan Prishtinës. Në të morën pjesë 250 delegatë nga vilajeti i Kosovës, si dhe nga sanxhakët e Dibrës, të Shkodrës dhe të Elbasanit; ishin gjithashtu disa përfaqësues nga krahinat e Jugut.
Me përpjekjet e Hasan Prishtinës, që u mbështet nga Bajram Curri?, Isa Boletini e të tjerë, Kuvendi arriti të paralizonte qëndrimet e elementëve turkomanë, të cilët kishin depërtuar në radhët e pjesëmarrësve, dhe të neutralizonte lëkundjet e krahut të moderuar. Me vendimet e Junikut do të bashkohej edhe Riza bej Kryeziu. Misioni “i paqes” i dërguar në Junik nga mytesarifi i Pejës nuk arriti t’i bindte pjesëmarrësit e Kuvendit të hiqnin dorë nga kryengritja e armatosur. Madje, anëtarët e tij u mbajtën peng në Junik për disa ditë. Shumica e pjesëmarrësve të Kuvendit u treguan të vendosur për vazhdimin e kryengritjes. Në Kuvend u lidh besa dhe u vendos të ndërmerrej një kryengritje e përgjithshme kundër sundimit të huaj. Krerët autonomistë, në kundërshtim me parinë turkomane të Kuvendit, shpallën këtu programin politik të kryengritjes, i cili u miratua nga Kuvendi dhe iu dorëzua qeverisë së Stambollit. Programi përmbante këto kërkesa: njohjen e autonomisë së Shqipërisë, vendosjen e administratës shqiptare, caktimin e gjuhës shqipe me alfabetin kombëtar si gjuhë zyrtare, ngritjen e flamurit shqiptar në të gjithë vendin, emërimin e një stërnipi të familjeve “princore” shqiptare si guvernator të përgjithshëm dhe garancinë e Fuqive të Mëdha për plotësimin e këtyre kërkesave.
Vendimet e Kuvendit të Junikut i dhanë një shtytje të mëtejshme kryengritjes së përgjithshme shqiptare. Ato u përkrahën edhe nga kuvendet dhe komitetet e viseve të tjera të Shqipërisë.
Pas këtij Kuvendi qeveria turke mori masa të reja ushtarake për të penguar shtrirjen e mëtejshme të kryengritjes. Krahas saj, xhonturqit, duke u mbështetur edhe në parinë turkomane, ndërmorën një fushatë shpifjesh kundër vendimeve të Junikut, kundër kryengritësve dhe udhëheqësve të tyre, të cilët i quajtën vegla të të huajve. Xhonturqit për t’iu kundërvënë këtyre vendimeve u përpoqën të organizonin edhe tubime të veçanta, por këto tubime u bojkotuan nga shqiptarët. Menjëherë pas Kuvendit u trilluan telegrame drejtuar qeverisë, si ai i bërë gjoja në emër të popullsisë së Prizrenit, në të cilin dënoheshin “kryengritësit dhe ngatërrestarët” e rrethinave të Gjakovës e të Pejës, shprehej besnikëria e parisë turkomane ndaj sunduesve osmanë, si edhe kundërshtimi i tyre ndaj alfabetit latin. Xhonturqit nxitën gjithashtu parinë turkomane të Tetovës të ngrihej kundër disa “rebelëve qëllimkëqinj të rajoneve të Pejës e të Gjakovës, (të cilët) në kuvendet e mbledhur në emër të Shqipërisë, kanë shfaqur haptazi kërkesa të jashtëligjshme”. Me protesta të tilla të sajuara u bashkuan edhe përfaqësues të parisë së Prishtinës. Në telegramet e elementëve turkomanë të Tiranës e të Durrësit vendimet e Junikut paraqiteshin si kërkesa të individëve a të një pakice njerëzish. Telegrame me përmbajtje të njëjtë iu dërguan Stambollit edhe nga paria turkomane e Dibrës, e Shkodrës dhe e Shkupit.
Hasan Prishtina dhe atdhetarë të tjerë iu vunë punës për të vënë në jetë vendimet e Kuvendit të Junikut. Ai lëshoi një shpallje në gjuhën turke dhe në gjuhë të tjera, drejtuar “Shqiptarëve liridashës dhe botës së qytetëruar”, në të cilën theksonte se “pas përpjekjesh të pafrytshme për sigurimin e të drejtave kombëtare me mjete ligjore, përmes zbatimit të kushtetutës, shqiptarëve nuk u mbeti rrugë tjetër veç asaj të rrëmbimit të armëve. Është momenti kur vendoset fati i Shqipërisë: vdekja ose liria e saj”, përfundonte thirrja e Hasan Prishtinës.
Pasi kaloi afati i armëpushimit me autoritetet turke, kryengritësit vijuan luftën për të vënë në jetë vendimet e Kuvendit të Junikut.