Ndërsa po fuqizohej e zgjerohej Pashallëku i Janinës dhe po theksoheshin prirjet e sundimtarit të tij për t’u shkëputur nga varësia e Portës, Pashallëku i Shkodrës, hyri në vitet e fundit të shek. XVIII, kur qeverisej nga Ibrahim pashë Bushatlliu, në rrugën e bindjes ndaj Stambollit. Këtë veprim e bëri me kusht që interesat e shtresës së tij dhe sidomos trashëgimia e pushtetit nga familja e tij të mos cenoheshin. Si përfaqësues i grupit më të fuqishëm feudal në Shkodër, ai u njoh prej sulltanit në maj ose në qershor 1797 si qeveritar i Pashallëkut të Shkodrës me gradën bejlerbej, kurse i nipi Mehmet Pasha u emërua qeveritar i sanxhakut të Elbasanit e, pak më vonë, edhe i atij të Ohrit. Por kjo njohje u arrit vetëm pasi ata pranuan shlyerjen e shumave të detyrimeve të prapambetura nga Kara Mahmudi, i cili i kishte përdorur ato për të financuar kryengritjen. Porta e Lartë u besoi atyre pushtetin si pjesëtarë të së vetmes familje që mund të ngrinte shqiptarët e Veriut për mbrojtjen e kufijve në një kohë kur armata franceze, e komanduar prej gjeneral Napoleon Bonapartit, po korrte fitore pas fitoresh, po i jepte fund Republikës së Venedikut dhe po u afrohej kufijve veriperëndimorë të Perandorisë Osmane.
Për ta përdorur në mbrojtjen e kufijve të perandorisë dhe kundër fuqizimit të Pashallëkut të Janinës, Porta e Lartë i dha Ibrahim Pashës gradën e vezirit më 1799, kur këtë gradë ia dha edhe Ali pashë Tepelenës, që kishte mbajtur qëndrim të vendosur kundër rrezikut francez.
Ky rrezik, që e detyroi sulltanin të harronte të kaluarën e shtëpisë së Bushtallinjve, e detyroi edhe Ibrahim Pashën të ndiqte një politikë bindjeje ndaj Stambollit për të gjetur përkrahjen që i nevojitej. Veziri Bushatlli, ashtu si paraardhësit e tij, nuk e ndërpreu kursin e politikës së brendshme të ndjekur prej tyre dhe sidomos politikën e tolerancës fetare ndaj të krishterëve. Për rrjedhim, ai i ruajti marrëdhëniet e vjetra me Papatin, me oborrin e Spanjës dhe vazhdoi me Austrinë marrëdhëniet e mira ekonomike që kishte pasur me Venedikun. Ish zëvendëskonsulli venedikas, tani austriak, Jak Mark Suma, vazhdoi funksionin që kishte pasur deri në traktatin e Kampo Formios. Po kështu u soll Ibrahim Pasha edhe me Republikën e Raguzës.
Në sajë të kësaj politike të brendshme e të jashtme, Pashallëku i Shkodrës njohu për disa vjet një periudhë relativisht të qetë, që i dha mundësi zhvillimit ekonomik të vendit dhe rritjes së mëtejshme të autoritetit të Ibrahim Pashës në Shqipërinë Veriore. Ai u bë sundimtar i pavarur e zot absolut në vendin e tij. Më 1802 vdiq Mehmet Pasha dhe sanxhaku i Elbasanit kaloi në duart e Ali Pashës së Beratit. Megjithëse midis vezirit të Shkodrës e atij të Beratit filluan mosmarrëveshje për punë të këtij sanxhaku, sulltani duke parë te Bushatlliu një nga funksionarët e lartë më të bindur, në tetor 1803 ia besoi atij postin e valiut të Rumelisë, pasi ia hoqi atë Ali pashë Tepelenës. Detyrën që iu ngarkua në vitin 1804, për të shfarosur një varg krerësh separatistë në Rumeli, Ibrahim Pasha e përmbushi me sukses.
I kënaqur prej valiut shkodran, sulltani jo vetëm ia konfirmoi ofiqet dhe sipërmarrjet që kishte pasur, por i dha atij edhe të drejtën të emëronte në sanxhakun e Elbasanit dhe të Dukagjinit njerëzit që dëshironte vetë. Bushatlliu emëroi në Elbasan dhëndrin e vet Ahmet pashë Tiranën, kurse në Pejë ithtarin e vet Mustafa pashë Gjakovën. Kështu Pashallëku i Shkodrës arriti përpjesëtimet tokësore që kishte pasur në kulmin e sukseseve të vezirëve Bushatllinj paraardhës.
Mirëpo ky përforcim i pushtetit të Ibrahim Pashës së Shkodrës zgjoi shqetësimin e Ali pashë Tepelenës, i cili u tremb se mos valiu shkodran do të shtinte në dorë edhe 14 kazatë që ai kishte shkëputur nga sanxhaku i Manastirit, të cilat i përkisnin Bushatlliut si vali. Kjo e shtyu Alinë të pajtohej me vezirin e Beratit dhe të përgatitej për luftë kundër Bushatlliut. Ishte koha kur kishte shpërthyer kryengritja serbe dhe malazezët, të nxitur dhe prej rusëve, filluan trazira në kufi. Ibrahim pashë Bushatlliu ndërmori një ekspeditë kundër Malit të Zi, me anë të së cilës shkëputi prej tij krahinat e Kuçit, të Piprit dhe të Kelmendit, mirëpo nuk i eci puna mbarë ndaj dy vezirëve toskë që korrën fitore kundër trupave të tij në Ohër e në Elbasan. Kjo grindje mund të shndërrohej në një luftë të madhe po të mos ndërhynte Porta për fashitjen e saj.
Në dhjetor 1805 Selimi III e konfirmoi përsëri Bushtalliun në postin e valiut të Rumelisë edhe për vitin 1806. Një nga detyrat më me rëndësi që i ngarkoi Porta Bushatlliut ishte shtypja e kryengritjes serbe. Në korrik 1806 bashkë me vezirët e Bosnjës dhe të Vidinit ai ndërhyri me forcat e tij kundër kryengritjes në Serbi. Serbët kërkuan pezullimin e luftimeve. Porta e Lartë, që nuk deshi të hynte në luftë me Rusinë ku e shtynte Franca, pranoi. Ibrahim Pasha, i cili prishi marrëdhëniet e veta me mirditasit duke vrarë prijësin e tyre, u largua para kohe duke paraqitur pretekste të ndryshme, si mungesë furnizimi etj. Kronika shkodrane thotë se “kthej pa fare dobijet në Shkodër”. Porta e Lartë e shkarkoi nga detyra e valiut të Rumelisë, edhe nga ajo e kryekomandantit ushtarak të ekspeditës kundër Serbisë.
Ndërkohë francezët kishin pushtuar Dalmacinë dhe kishin mbërritur deri në kufijtë e Pashallëkut të Shkodrës. Qeveria franceze dërgoi në Shkodër, ashtu siç kishte dërguar në Janinë, përfaqësuesin e vet, konsullin Mark Bryer, me mision të lidhte e të forconte marrëdhëniet miqësore. Bushatlliu u druhej fqinjëve të rinj të fuqishëm, prandaj mbajti ndaj tyre qëndrim të rezervuar e korrekt dhe nuk pranoi të merrte anën e tyre as përpara dhe as gjatë luftës ruso-turke që filloi në mbarim të vitit 1806. Jo vetëm nuk pranoi të bashkëpunonte me gjeneralët francezë kundër Malit të Zi, por as të rekrutonte ushtarë me rrogë në pashallëkun e tij. Ai shfaqi dëshirën të vendoste marrëdhënie miqësore në interes të të dy palëve, gjë që e miratoi edhe qeveria franceze. Mirëpo këto marrëdhënie hasën në pengesa të shumta si nga korsarët francezë që kapnin anijet shkodrane, ashtu dhe nga aparati administrativ burokratik francez, drejtuesit e të cilit kërkonin të nxirrnin përfitime për veten e tyre.
Traktati i Tilsitit (më 1807) i dha fund konfliktit franko-rus dhe ngjalli shpresa se paqja do të krijonte kushte për zhvillimin më të mirë të marrëdhënieve tregtare me vendet e tjera. Ibrahim pashë Bushatlliu si çifligar i madh, si pjesëmarrës në veprimtarinë tregtare e lundrimore dhe si qeveritar i një qyteti të madh tregtar si Shkodra, shumica e banorëve të së cilës jetonin me tregti, i përmirësoi marrëdhëniet me konsullin Bryer dhe lejoi disa favore në dobi të fqinjëve lidhur me furnizimin me ushqime e me lëndë druri. Por mosbesimi që kishte ndaj francezëve mbeti. Duke përfituar nga përvoja e hidhur e miqësisë së Ali pashë Tepelenës me ta, ai filloi ta shihte miqësinë me Perandorinë Franceze si rrezik të afërt për pushtimin e Shqipërisë, aq më shumë kur edhe Porta e Lartë deklaronte se në Tilsit ishin marrë vendime sekrete kundër Perandorisë Osmane dhe se ndërmjetësimi i Francës për rivendosjen e paqes me Rusinë ishte i rremë. Prandaj, edhe sipas udhëzimeve të Stambollit, ai filloi përgatitjen për mbrojtje dhe, në të njëjtën kohë, u afrua me vezirët e Beratit dhe të Janinës për lidhje ushtarake si e vetmja rrugë për mbrojtjen e pushtetit të tyre dhe të gjithë vendit. Ultimatumi që guvernatori francez i Korfuzit i dërgoi Ali pashë Tepelenës për t’i dorëzuar Butrintin se ndryshe do ta pushtonte me forcë, si dhe kërkesa e autoriteteve ushtarake franceze për të kaluar një divizion ushtarësh nëpër tokën shqiptare shkaktuan shqetësime në Shqipëri. Në këto rrethana edhe popullsia e Shqipërisë Veriore, sikurse ajo e pjesëve të tjera të Shqipërisë, bashkë me krerët e saj, shfaqi zemërim ndaj fqinjit të huaj dhe u rreshtua rreth vezirit të vet, e gatshme për të mbrojtur vendin. Konsulli Bryer shkruante në këtë kohë se “kokat e njerëzve ishin nxehur më shumë sesa kujtonte veziri i Shkodrës”. Bushatlliu, ndonëse nuk i reshti masat mbrojtëse dhe njoftoi edhe krerët e malësive të ishin gati për luftë, nuk e ndërpreu veprimtarinë e vet diplomatike për të ruajtur marrëdhëniet paqësore me Francën. I ndërgjegjshëm për pasojat shumë të rënda që do të sillte një luftë me Francën, ai i deklaroi konsullit Bryer se në një rast të tillë, më shumë se kushdo tjetër ishte ai dhe vendi i tij që do të pësonin po të prisheshin marrëdhëniet paqësore, por, në qoftë se lufta do të bëhej e pashmangshme, ai do të kryente detyrën e vet.
Përpjekjet e Ibrahim Pashës për të mos provokuar konfliktin e armatosur dhe për të ruajtur gjendjen paqësore dështuan. Vrasja e katër ushtarakëve francezë në Tivar më 13 mars 1808, që erdhi si pasojë e sjelljes së tyre arrogante dhe e urrejtjes së tivarasve ndaj tyre, solli rrjedhime të rënda në marrëdhëniet fqinjësore.
Megjithëse hetimet nxorën në dritë fajësinë e katër oficerëve francezë dhe me gjithë kujdesin e veçantë të vezirit të Shkodrës e të vartësve të tij, në Tivar për të mënjanuar incidentin, kryekomandanti i ushtrisë së Dalmacisë, gjenerali Marmon e akuzoi Ibrahim Pashën te perandori Napoleon si shkaktar të vrasjes së katër oficerëve dhe i kërkoi dënimin e komandantit të Tivarit e të personave të tjerë pjesëmarrës në këtë vrasje. Në të njëjtën kohë, gjenerali Marmon burgosi të dërguarin e vezirit të Shkodrës, që 11 ditë më parë i kishte shpënë dhurata në shenjë miqësie.
Napoleon Bonaparti kërkoi të ndëshkoheshin shkaktarët e vrasjes së oficerëve francezë në Tivar, urdhëroi që të kërkohej sadisfaksioni i plotë, ndryshe konsulli Bryer do të largohej nga Pashallëku i Shkodrës me gjithë shtetasit francezë që gjendeshin aty. Edhe ky urdhër kishte karakterin e një ultimatumi. Por, ashtu siç dështoi ultimatumi për pushtimin me forcë të Butrintit, dështoi edhe ky. Sa për sy e faqe Ibrahim Pasha, i përkrahur nga vezirët e Beratit e të Janinës, si dhe nga Porta e Lartë, e pushoi nga detyra komandantin e Tivarit dhe e goditi këtë qytet. Kurse francezët, që nuk kishin interes t’i prishnin marrëdhëniet diplomatike me Portën e Lartë dhe që kishin nevojë për furnizime me ushqime, nuk e zgjatën më tej çështjen e sadisfaksionit. Si përfundim, marrëdhëniet tregtare u normalizuan, por ngjarje të rëndësishme në pashallëk e zhvendosën vëmendjen e Ibrahim Pashës nga politika e jashtme në atë të brendshme.
Ndërsa filluan të normalizoheshin marrëdhëniet fqinjësore me francezët dhe të gjallëroheshin shkëmbimet tregtare, që përbënin një nga preokupimet kryesore të shkodranëve, në Tiranë lindi një konflikt i rëndësishëm brenda pashallëkut që solli rrjedhime serioze me karakter politik dhe ekonomik në Shqipërinë e Veriut dhe shënoi fillimin e procesit të shpërbërjes së Pashallëkut të Shkodrës.
Vdekja e Ahmet pashë Tiranës që ndodhi në këtë kohë, shtroi për Ibrahim pashë Bushatlliun dy çështje me rëndësi: së pari, zëvendësimin e tij me një komandant besnik në krahinën e Tiranës, dhe së dyti, sigurimin e administrimit të pasurisë së dhëndrit të vdekur, e cila u përkiste vajzave të mitura që la pas. Për këtë ai shkoi vetë në Tiranë i shoqëruar nga një forcë e rëndësishme ushtarake. Për komandant vendosi Sulejman pashë Peqinin, megjithëse paria e Tiranës nuk e deshi, kurse për administrator caktoi të bijën, Humajun hanëmin, nënën e vajzave trashëgimtare.
Pas largimit të vezirit shkodran, paria e Tiranës ngriti krye më 19 nëntor 1808. E lidhur me Kapllan pashë Toptanin, ajo dëboi me forcë Sulejman Pashën, kurse Kapllan Pasha nisi për në Shkodër Humajun hanëmin dhe mori vetë në dorë administrimin e pasurisë së Ahmet Pashës së vdekur, duke u bërë kujdestari i vajzave të tij. Kështu filloi armiqësia e vjetër e Bushatllinjve me Toptanët, të cilët jo vetëm prenë rrugën me Shkodrën, por rrethuan edhe Durrësin, të cilit i mbetën hapur vetëm rrugët detare për të komunikuar me Shkodrën.
Zgjidhja e këtij konflikti shumë të rëndësishëm nuk mund të arrihej veçse me forcën e armëve. Në muajin shkurt 1809, veziri Bushatlli dërgoi kundër Tiranës një pjesë të rëndësishme të ushtrisë, të përbërë kryesisht prej malësorësh, nën drejtimin e komandantit të gardës së vet, Abdyl agë Dervishit. Por zgjidhja që kërkoi të arrinte Ibrahim Pasha nuk u arrit, sepse pas një sëmundjeje prej pesë ditësh ai vdiq dhe ushtria u kthye në Shkodër për të vendosur rendin. Kështu krahinat e Tiranës dhe të Krujës mbetën të shkëputura nga Pashallëku i Shkodrës. Kjo shënoi fillimin e procesit të shthurjes së këtij pashallëku.
Ibrahim Pasha la pas dy djem të rritur, Tahir Pashën dhe Dervish Beun. Porta e Lartë ia la pushtetin Tahir Pashës, por meqenëse ai ishte i mitur (nuk kishte mbushur as pesë vjeç) lindi grindja në gjirin e oborrit të Shkodrës për çështjen e qeverisjes, që hapi rrugë për një thellim të mëtejshëm të procesit të thërmimit të pashallëkut të Shqipërisë Veriore.
Megjithëse gjatë viteve 1796-1809 vezir Ibrahim pashë Bushatlliu u tregua më i bindur ndaj Portës së Lartë sesa paraardhësi i tij Kara Mahmudi, në të vërtetë ishte po aq i pabindur sa edhe i vëllai. Parimi i përparësisë së interesave të pashallëkut të vet ndaj atyre të perandorisë mbeti edhe për të princip udhëheqës i marrëdhënieve me pushtetin qendror. Ky qëndrim i dha atij mundësinë që jo vetëm të mbetej në radhën e parë të feudalëve të krahinave, që faktikisht ishin autonomë, por edhe të shtrinte pushtetin e familjes së vet në kufijtë maksimalë që kishte arritur Pashallëku i Shkodrës në periudhën më të lulëzuar të të atit dhe të vëllait të vet.
Kur konflikti i madh evropian mbërriti në kufijtë veriperëndimorë të Perandorisë Osmane dhe kur i gjithë vendi, e sidomos Shqipëria e Veriut u gjend në vijën e parë të rrezikut të pushtimit që sillte me vete ky konflikt, Pashallëku i Shkodrës mundi t’i përballonte pa pasoja të rënda politike dhe ekonomike synimet grabitqare të shteteve të fuqishme ruse e franceze. Për rrjedhim, veprimtaria ekonomike e brendshme dhe e jashtme ndoqi një ritëm thuajse normal. Ky ishte fryt i politikës së aleancës ushtarake midis vezirëve e pashallarëve vendas, të cilët, përpara kërcënimit që të humbisnin gjithçka, u detyruan të hiqnin dorë nga rivalitetet e tyre dhe ndihmuan njëri-tjetrin me mjete dhe ushtarë derisa u kapërcye rreziku me tërheqjen e fqinjëve agresorë francezë. Ky bashkëveprim, i mbështetur në ndjenjat patriotike të popullsisë shqiptare që ata qeverisnin, e detyroi edhe Portën e Lartë të hiqte dorë nga premtimet që u kishte dhënë francezëve për të shkelur dhe për të përdorur trojet shqiptare në dobi të luftës së tyre.
Ibrahim Pasha, ashtu sikurse Ali pashë Tepelena, mbajti kundrejt rrezikut të jashtëm një qëndrim të mençur e burrëror. Kurse në çështjen e bashkimit të Shqipërisë nën një pushtet të vetëm e të përqendruar politik dhe të shkëputjes së saj nga varësia politike e Portës së Lartë ose për t’u bërë një shtet autonom brenda suazës së Perandorisë Osmane, ai u tregua konservator. Megjithatë, Ibrahim Pasha, në kushtet e ndarjes së Shqipërisë në vezirate dhe pashallëqe, arriti të mbante të bashkuar pjesën më të madhe të Shqipërisë së Veriut dhe krijoi kështu kushtet për zhvillimin ekonomik të vendit. Ky nivel ekonomik, shoqëror e kulturor, që u sigurua në Shqipëri, nxiste më shumë prirjen drejt bashkimit politik të vendit. Fillimi i procesit të shthurjes së Pashallëkut të Shkodrës me shkëputjen e krahinave të Tiranës dhe të Krujës nga varësia e vezirit të Shkodrës dhe afrimi e lidhja e tyre me vezirin e Janinës, si dhe kalimi i Shqipërisë së Jugut nën pushtetin e Ali pashë Tepelenës, që eci me ritme të shpejta, sidomos pas vdekjes së Ibrahim pashë Bushatlliut, ishin shprehje të qarta të prirjes së vendit drejt bashkimit politik