Sipërmarrja e skelës së Durrësit qëndroi në dorën e Ahmet Kurt pashës rreth pesë vjet. Ky feudal i fuqishëm dhe paria që e përkrahte atë në Kavajë, Peqin, Ishëm e në Tiranë, u përpoqën të nxirrnin për vete përfitime të shumta e shpesh në dëm të banorëve. Ata mbyllën rrugët tregtare dhe limanet për shkodranët e ulqinakët. Kjo masë u dha mundësi venedikasve të shtinin përsëri në dorë monopolin e tregtisë dhe të lundrimit që kishin pasur para ardhjes në fuqi të Bushatllinjve. Si pasojë, pakënaqësia e banorëve arriti kulmin. E pakënaqur ishte edhe motra e sulltanit, së cilës iu pakësuan së tepërmi të ardhurat nga maliqaneja e Durrësit.
Veprimtaria e tregtarëve elbasanas, beratas, kavajas, krutanë e tiranas nuk mund ta zëvendësonte atë të tregtarëve shkodranë e ulqinakë, si dhe rolin vendimtar të kapitalit tregtar shkodran në jetën ekonomike të skelës së Durrësit. Prandaj motra e sulltanit nuk ngurroi më 1781 t’ia hiqte komandën e sundimtarit të Beratit dhe t’ia jepte Mahmud pashë Bushatlliut (1749-1796). Për të siguruar mbrojtjen e rrugës tregtare midis Shkodrës e Prizrenit, ajo ndërhyri që Bushatlliut të ri t’i jepej edhe qeverisja e sanxhakut të Dukagjinit.
Pas vendosjes së pushtetit të Mahmut Bushatlliut në këto vise, rrugët u hapën e u sigurua qarkullimi i lirë nga bregdeti gjer në thellësi të Kosovës e të Maqedonisë, prodhimet e të cilave drejtoheshin për në skelat e Adriatikut. Jeta ekonomike u gjallërua shumë shpejt. Mahmud Pasha, duke ndjekur politikën ekonomike të të atit, e zgjeroi pjesëmarrjen në tregti e në lundrim dhe shtiu në dorë sipërmarrje të shumta, ndër të cilat edhe atë të nxjerrjes dhe të shitjes së serës së Selenicës së Vlorës. Ashtu si i ati, ai përdori pushtetin e vet për të përkrahur tregtarët vendas kundër atyre venedikas, të cilët humbën përsëri atë pjesë të tregtisë së drithrave, të vajit e të ziftit që kishin vënë në dorë gjatë viteve 1775-1780.
Më 1784 Mahmud Pasha arriti të siguronte për vëllanë e vet, Ahmet Beun, qeverisjen e sanxhakut të Ohrit bashkë me gradën pashë. Ndërkohë ai i siguroi kunatit të vet, Sulejman pashë Vërlacit, qeverisjen e sanxhakut të Elbasanit. Në këtë mënyrë Mahmud pashë Bushatlliu e përtëriu Pashallëkun e Shkodrës. Ndryshe nga sundimtarët e sanxhakëve të tjerë, ai e lidhi fuqizimin e tij politik me zhvillim ekonomik të pashallëkut.
Kujdes të veçantë Bushatlliu i ri tregoi për ushtrinë. Krijoi një ushtri të rregullt, e cila dy-trefishohej me forcat luftarake të ajanëve aleatë vartës dhe me ato, që vinin prej malësive sipas zakonit “burrë për shtëpi”, kur bënte thirrje me tri të shtëna topi nga kështjella e Rozafës.
Qysh nga viti 1782, Mahmut Pasha kishte forcuar pushtetin në pashallëk e po vepronte me vullnetin e vet, duke mos përfillur fermanet e Portës së Lartë. Konsujt venedikas njoftonin qeverinë e tyre se ai po punonte për t’u bërë sa më i pavarur. Komandantin e kështjellës së Shpuzës, që kishte ngritur krye me rastin e dy ekspeditave të vitit 1775-1776, në shkurt të vitit 1785 e detyroi të largohej pa kundërshtimin më të vogël. Katër muaj më vonë, me ushtrinë e riorganizuar, shkeli dhe nënshtroi Malin e Zi të rebeluar qysh nga lufta e viteve 1768-1774. Pasi mori tributin e prapambetur dhe pengjet e bindjes dhe të nënshtrimit, në rrugën e kthimit për në Shkodër ndëshkoi rëndë krahinën e Pastroviqit për punë të një provokimi të armatosur të kryer me nxitjen e autoriteteve të Venedikut. Qëllimi i këtij provokimi kishte qenë shpresa se Porta e Lartë, për të mos krijuar një skandal politik me Republikën e Shën Markut, do ta hiqte qafe këtë pasha të pabindur dhe të rrezikshëm si për autoritetin e sulltanit në Shqipëri, ashtu edhe për sigurinë e zotërimeve venedikase në kufi të Pashallëkut të Shkodrës dhe për interesat ekonomikë të republikës në këtë trevë.
Menjëherë pas nënshtrimit të Malit të Zi, Mahmud Pasha u vërsul në drejtim të Elbasanit e të Beratit, sepse armiku i vjetër i Bushatllinjve, Ahmet Kurt pasha, kishte tërhequr nga ana e vet pashanë e Elbasanit dhe u kishte mbyllur limanet ulqinakëve. Gjatë muajve korrik e gusht 1785, pasi siguruan nga ana juglindore bashkëpunimin e Ali pashë Tepelenës, armikut të sundimtarit të Beratit, që e kishte penguar të merrte qeverisjen e sanxhakut të Janinës, Mahmud Pasha dhe i vëllai Ahmed Pasha, e nënshtruan qeveritarin e Elbasanit dhe e ndëshkuan Ahmet Kurt pashën, duke i rënë kryq e tërthor sanxhakut të tij. Duke u kthyer nga Korça, Mahmud Pasha dhe Ahmet Pasha nga Buzi i Tepelenës, thyen ushtrinë kryesore të qeveritarit të Beratit në Peqin, pikërisht aty ku ushtria shkodrane kishte pësuar disfatën e madhe dhjetë vjet më parë.
Këto fushata e ngritën më lart autoritetin e Bushatllinjve në sy të të gjithë feudalëve shqiptarë dhe i ndanë ata në përkrahës e në kundërshtarë të tyre. Në të njëjtën kohë, këto fushata shkaktuan zemërimin e Portës së Lartë dhe të Senatit të Venedikut dhe, nga ana tjetër, tërhoqën vëmendjen e atyre shteteve evropiane që kishin interesa të kundërta me Perandorinë Osmane. Në radhë të parë ishte diplomacia e Austrisë, që filloi ta inkurajonte Bushatlliun për veprime më të guximshme kundër varësisë ndaj Stambollit.
Për shkak të fushatës kundër sanxhakëve të Elbasanit e të Vlorës, që Porta e Lartë e quajti veprim rebel, sulltani i shpalli dy Bushatllinjtë dhe Ali pashë Tepelenën si kryengritës dhe në vjeshtë të vitit 1785 dha urdhër për të përgatitur një ekseditë të madhe ndëshkimore kundër Shkodrës. Këto masa e shtynë Bushatlliun që ta shndërronte mosbindjen e tij në kryengritje. Ndërkaq afrimi i luftës së Rusisë dhe Austrisë kundër Perandorisë Osmane që po shqetësonte diplomacinë evropiane, i nxiti disa nga pashallarët shqiptarë, me Mahmud Pashën në krye, ta shikonin kryengritjen si rrugën e vetme për shpëtimin nga sundimi i një perandorie që dukej se po shembej. Ndaj Mahmud Pasha, në vend që të pranonte faljen dhe gradën e vezirit që i ofroi Porta e Lartë në prag të luftës me Rusinë e Austrinë, në prill të vitit 1786, shpalosi zyrtarisht flamurin e luftës.
Forcat e ushtrisë kryengritëse të përbëra, sikurse shkruante një funksionar i lartë osman në një raport dërguar Portës së Lartë, nga ushtarë e bylykbashë shqiptarë, të veshur me kostumet e tyre popullore të krahinës së Shkodrës dhe të atyre fqinje me të, gjetën shumë shpejt përkrahje në të gjithë Kosovën gjer në Kystendil. Ato patën ndihmën e një vargu feudalësh të Kosovës, të cilët autori i këtij raporti i quante “tradhtarë”. Pastaj kryengritja u shtri edhe në Shqipërinë e Jugut. Ahmet Kurt pasha i Beratit ndoqi shembullin e Bushatllinjve, i shtyrë nga i njëjti shqetësim për fatin e Perandorisë Osmane, dhe u ngrit kundër Stambollit, duke u pajtuar dhe duke u bashkuar me Mahmud Pashën. Kështu forcat ushtarake kryengritëse të dy feudalëve më të fuqishëm shqiptarë u shtrinë në të gjithë Shqipërinë dhe në Maqedoni.
Nga muaji prill i vitit 1786 e gjer në mars të vitit 1787, kryengritja thuajse nuk ndeshi në ndonjë qëndresë serioze si nga forcat kundërshtare në Shqipëri, ashtu edhe nga forcat ushtarake të vezirëve të Rumelisë dhe të Bosnjës. Vezirët e Rumelisë dhe të Bosnjës, të urdhëruar nga Porta e Lartë, e cila shpresonte se mund t’i kthente kryengritësit në rrugën e bindjes, mbajtën qëndrim pasiv. Në këto kushte Bushatlliu përvetësoi të gjitha të ardhurat shtetërore, vuri dorë mbi shtatë barrë të hollash nga thesarët e Beogradit dhe të Vidinit dhe, me anë të njerëzve të vet, mori në dorë qeverisjen e viseve të pushtuara. Hovi i papërmbajtur luftarak, trimëria dhe guximi i rrallë, si dhe fitoret kundër pashallarëve rivalë, bënë që pashai shkodran të mbiquhej “Kara Mahmud Pasha” (Mahmud Pasha i zi, i tmerrshëm). Mirëpo, kur Porta e Lartë pa se shpresat për t’i bindur kryengritësit ishin të kota dhe se çifligarët e tjerë shqiptarë mund të bashkoheshin me ta, mori masa për të përçarë forcat shqiptare, si edhe për përgatitjen e një ekspedite të madhe kundër Shkodrës. Për këtë qëllim ajo i kënaqi ambiciet për pushtet të katër personaliteteve politike shqiptare: Ali pashë Tepelenës i dha qeverisjen e sanxhakut të Tërhallës, Ibrahim bej Vlorës i dha gradën e pashës dhe sanxhakun e Janinës, Mehmet pashë Çaushollit qeverisjen e sanxhakut të Shkodrës dhe Mustafa bej Toptanit komandën e maliqanesë së Durrësit. Më në fund, në mars të vitit 1787, Porta e Lartë arriti të mënjanonte Ahmet Kurt pashën, duke e helmuar me anë të mjekut të tij, dhe futi të birin dhe dhëndrin në grindje për trashëgimin e pushtetit. Me këto mënyra ajo arriti të bënte për vete krerët e Toskërisë dhe t’i shkëpuste ata nga lëvizja kryengritëse e kryesuar nga Kara Mahmud Pashë Bushatlliu.
U bë e qartë se feudalët e Toskërisë, të tërhequr edhe nga interesat e tyre vetjake, nuk qenë në gjendje të arrinin në një bashkim politik të qëndrueshëm me ata të Gegërisë. Kështu, Porta krijoi kushtet e nevojshme për të ndërmarrë ekspeditën e saj të madhe ndëshkimore kundër Shkodrës. Kjo ekspeditë shërbeu për të përçarë edhe radhët e feudalëve të Gegërisë, vartës e aleatë të Bushatllinjve.
Megjithëkëtë, Kara Mahmudi nuk hoqi dorë nga rruga e nisur. Për ta fuqizuar kryengritjen, ai u mundua të tërhiqte në të sa më shumë njerëz nga radhët e shtresave të gjera popullore. Për këtë qëllim ai premtoi se do të lehtësonte gjendjen ekonomike të shtresave popullore duke shpallur se do t’i falte nga taksat për 20 vjet. Ai shfrytëzoi njëkohësisht edhe urrejtjen e trashëguar të shqiptarëve kundër sunduesve të huaj osmanë, e sidomos emrin e heroit kombëtar të shek. XV, që vazhdonte të rronte në popull si simbol i luftës për liri dhe e shpalli veten pasardhës të Skënderbeut. Si pasojë, Mahmud Pasha dhe i vëllai korrën disa fitore ushtarake kundër Mehmet pashë Çaushollit në afërsitë e Prishtinës dhe kundër Mahmud pashë Ajdoslliut pranë Shkupit, si dhe bënë një qëndresë këmbëngulëse e me shumë humbje për armikun në kufijtë e sanxhakut të Shkodrës. Me këto fitore ata arritën të vononin për disa muaj përparimin e fuqive të shumta ushtarake të Portës drejt Shkodrës. Por epërsia numerike e forcave osmane, lëkundjet e feudalëve, aleatë të Bushatllinjve dhe veçanërisht tradhtia e disa funksionarëve të tij, bënë që, në pjesën e dytë të muajit gusht, t’u dorëzoheshin njëri pas tjetrit forcave detare e tokësore osmane qytetet e Tivarit, Ulqinit dhe më në fund edhe qyteti i Shkodrës. Kështu forcat kryengritëse u përçanë. Më 26 gusht, pas vrasjes së Ahmet pashë Bushatlliut në një pusi, Kara Mahmudi bashkë me 250-300 veta nga më besnikët e tij, u mbyll në kështjellën e Shkodrës. Ushtria e Portës filloi rrethimin e kështjellës së Rozafës. Kështu u krijua një gjendje shumë e vështirë për Bushatlliun.
Ndërkohë edhe në radhët e rrethuesve lindën vështirësi serioze, siç qenë ato lidhur me furnizimin e trupave me municione, ushqime e të holla, që filluan të shfaqeshin menjëherë pas fillimit të luftës me Rusinë. Këto vështirësi shkaktuan përçarje në radhët e komandës osmane. Valiu i Rumelisë dhe Mehmet pashë Çausholli morën masa që t’i nxirrnin ushqimet e nevojshme me anë grabitjesh dhe dhunimesh të popullsisë vendase. Valiu i Bosnjës dhe komandanti i flotës, bashkë me forcat e tyre, u larguan nga veprimet luftarake. Kjo përçarje e ndryshoi situatën në favor të Bushatlliut. Rol vendimtar pati ndërhyrja e qytetarëve të Shkodrës, e fshatarëve rreth saj dhe e malësorëve të Hotit, të Shalës, të Shoshit, të Postribës etj. Të zemëruar nga grabitjet, vrasjet dhe nga përdhunimet e kryera prej forcave ushtarake të valiut të Rumelisë dhe të Mehmet pashë Çaushollit, më 25 nëntor, 8 000 ushtarë vendas u vërsulën njëkohësisht bashkë me garnizonin e kështjellës mbi rrethuesit dhe i shpartalluan aq keq sa, në Shkodër e nëpër rrugët gjer në Drin, mbetën rreth gjashtë mijë të vrarë përveç robërve. Ndër të vrarët ishte edhe vetë Mehmet pashë Çausholli.
Një disfatë të tillë trupat osmane nuk e kishin pësuar prej shumë vitesh në Shqipëri. Me qëllim që konflikti të merrte fund dhe të mos bëheshin më viktima të një ekspedite ndëshkimore të re, qytetarët e Shkodrës kërkuan qysh të nesërmen e fitores që sulltani të falte Kara Mahmudin dhe ky të lironte robërit e të pajtohej me pushtetin qendror.
Pas shpartallimit të valiut të Rumelisë dhe Mehmet pashë Çaushollit, raporti i ri i forcave në lëmin ndërkombëtar dhe në pashallëk e vuri Mahmud pashë Bushatlliun para dy rrugëve: ose të pajtohej me Portën e Lartë, ose të ecte në rrugën e shkëputjes dhe të lidhej me fuqitë armike të saj për të vazhduar luftën.
Ata feudalë të sanxhakut, që e kishin braktisur dhe tradhtuar gjatë kryengritjes, nuk përbënin për të një mbështetje të sigurt. Përkundrazi, ata kërkonin nënshtrimin ndaj sulltanit e madje largimin e Bushatlliut nga pushteti i pashallëkut. Edhe pronarët e vegjël, që përbënin shumicën myslimane të banorëve të qyteteve, sidomos të Shkodrës, ndonëse e kërkonin për qeveritar, e kushtëzonin këtë me nënshtrimin e tij ndaj sulltanit. Në këtë qëndrim ndikuan edhe dëmi që shkaktoi bllokimi i rrugëve tokësore e detare, i cili paralizoi veprimtarinë ekonomike të qytetit dhe frika e një ekspedite të dytë. Ndërsa banorët e krishterë dhe në veçanti malësorët të cilët përbënin shumicën e ushtrisë së Bushatlliut, ishin për vazhdimin e kryengritjes, për t’u marrë vesh me fuqitë e krishtera armike të Portës, me Rusinë e sidomos me Austrinë, nën mbrojtjen e së cilës ishte futur kisha katolike. Duke mos pasur më besim te falja nga ana e Portës dhe duke qenë i bindur për shkatërrimin e shpejtë të Perandorisë Osmane, Mahmud Pasha prirej për rrugën e dytë.
Ngjarjet e Shkodrës tërhoqën vëmendjen e diplomacisë ruse e austriake, sidomos pas hyrjes në luftë të Perandorisë Austriake kundër Portës së Lartë, në janar të vitit 1788.
Oborret e Petërsburgut dhe të Vjenës ngarkuan diplomatët e tyre që t’i premtonin Bushatlliut përkrahje ekonomike e ushtarake për të vazhduar kryengritjen kundër Stambollit dhe për të marrë pjesë në luftë në ndihmë të veprimeve të tyre ushtarake. Porta e Lartë, nga ana e vet, u kërkoi shkodranëve kokën e qeveritarit të tyre, përndryshe Shkodra do të shkatërrohej nga një ekspeditë e dytë dhe banorët e saj do të trajtoheshin si robër për pesë vjet rresht. Në shkurt të vitit 1788 filluan të gjallëroheshin pashallarët e Sarajevës dhe të Beratit, si dhe komandanti i maliqanesë së Durrësit, Mustafa pashë Toptani, që bashkëpunoi me krerët kundërshtarë në sanxhakun e Shkodrës. Krahinat e Pogradecit, të Shpuzës, të Kuçit dhe të Piprit ngritën krye me armë, kurse Mustafa pashë Toptani kërcënoi me luftë aleatët e Bushatlliut në Kavajë e në Tiranë dhe mbylli rrugët.
Me gjithë këtë gjendje të rëndë, Mahmud Pasha me forcat e tij ushtarake arriti të nënshtronte përsëri krahinat e Veriut, të ndëshkonte krerët e tyre kundërshtarë dhe ata të qytetit të Shkodrës, që ishin lidhur me ta, dhe të dëbonte nga qyteti një varg familjesh të dyshimta. Por ai nuk mundi t’u shkonte në ndihmë aleatëve evropianë, sepse këto ngjarje kishin shkaktuar lëvizje në popullsinë qytetare dhe ai ruhej nga ndonjë kryengritje në Shkodër.
Në muajin maj të vitit 1788, Mahmud Pasha u takua në kështjellën e Rozafës me një përfaqësues të ambasadorit rus në Venedik. Në këtë takim Bushatlliu pranoi të vazhdonte kryengritjen kundër “armikut të përbashkët” (Perandorisë Osmane) dhe u zotua të lehtësonte hyrjen e trupave ruse në Stamboll, duke pushtuar Shqipërinë deri në Manastir e një pjesë të Maqedonisë deri në Selanik. Kundrejt kësaj pjesëmarrjeje në luftë, ai kërkoi t’i jepej një shumë të hollash për të bërë për vete pashallarët shqiptarë dhe të dërgohej në bregdet një skuadër anijesh luftarake për të kërcënuar ose, po të ishte nevoja, për të bombarduar ato qytete që do të mbanin anën e Portës. Gjithashtu ai kërkoi të njihej autonomia e tokave të kontrolluara prej ushtrisë shqiptare, një autonomi politike e fetare, nën mbrojtjen e fronit perandorak rus, siç ndodhi me Hanatin e Krimesë. Kjo marrëveshje duhej të miratohej nga Katerina II e Rusisë.
Ndërsa pritej ky miratim, sipas një kërkese që kishte bërë vetë Bushatlliu me anë të kryepeshkopit të Tivarit, Gjergj Radovanit, oborri i Vjenës dërgoi përfaqësuesit e vet në Shkodër. Kjo përfaqësi mbërriti në Shkodër në mesin e muajit qershor, pavarësisht se diplomatët rusë ishin përpjekur për ta penguar.
Kërkesat e Bushatlliut ishin pothuajse të njëllojta me ato që iu parashtruan përfaqësuesit rus. Por kërkohej që vendi të vihej jo nën mbrojtjen e Rusisë, por të shtëpisë së Habsburgëve. Austriakët synonin tërheqjen e forcave të qeveritarit të Shkodrës, në ndihmë të ushtrive të tyre në luftën për pushtimin e Bosnjës. Por, kur dërgata austriake mori rrugën e kthimit, forcat kundërshtare të Bushatlliut kapën dhe vranë të gjithë pjesëmarrësit e saj. Kështu nuk mbeti asnjë shpresë për lidhje me Vjenën. Petërsburgu nga ana e vet nuk dha përgjigje. Bushatlliut nuk i mbeti veçse rruga e pajtimit me Portën e Lartë.
Ndërkohë, i detyruar nga rrethanat e luftës, divani i sulltanit kishte ndryshuar mendim dhe i premtoi Kara Mahmudit faljen dhe gradën e vezirit, në qoftë se ai merrte pjesë në luftë me forcat e veta në frontin e Bosnjës kundër austriakëve. Bushatlliu e pranoi këtë premtim, por duke i shkëputur Portës së Lartë qeverisjen e sanxhakut të Ohrit dhe atij të Elbasanit, si dhe gradën e pashës për të vëllanë, Ibrahim Beun, dhe për të nipin, Mehmet Beun. Kështu Pashallëku i Shkodrës e përforcoi përsëri pozitën e vet. Jeta ekonomike filloi të gjallërohej.
Pjesëmarrja e Bushatlliut në këtë luftë, gjersa u nënshkrua me Austrinë traktati i paqes së Sistovës (4 gusht 1791), i shërbeu përgatitjes për kryengritjen e dytë. Duke shfrytëzuar gradën e vezirit dhe të kryekomandantit të frontit të Vidinit, Kara Mahmudi grumbulloi sasi të rëndësishme të hollash dhe armatimesh, të cilat i dërgoi në Shkodër.
Por lufta nuk vazhdoi më tej. Duke iu trembur përhapjes së ideve të revolucionit frëng edhe Rusia, ashtu siç kishte bërë më parë Austria, shpejtoi të nënshkruante traktatin e paqes me Perandorinë Osmane në Jassi, më 2 janar 1792. Kështu shteti osman shpëtoi nga shkatërrimi. Por kriza e brendshme e tij u thellua më tej, prandaj sulltan Selimi III filloi përpjekjet për të përqendruar pushtetin e për të modernizuar ushtrinë. Këto reforma, që njihen me emrin “Nizam-i-xhedid”, nuk përputheshin me interesat e parisë së provincave. Për rrjedhim, kundër reformave të sulltan Selimit u organizua me shpejtësi një qëndresë e gjerë e kryesuar nga ulematë dhe nga feudalët e çifligarët më të fuqishëm të provincave. Mahmud pashë Bushatlliu e Ali pashë Tepelena ishin nga më kryesorët në Gadishullin Ballkanik.
Pasi u kthye në Shkodër, Bushatlliu dha shenjat e para të një kryengritjeje të dytë. Ai e filloi atë me një fushatë ndëshkimore e nënshtrimi të feudalëve përkrahës të Stambollit. Këtë e bëri jo vetëm brenda katër sanxhakëve që përbënin Pashallëkun e Shkodrës gjer në atë kohë, por edhe në sanxhakët e Prizrenit e të Shkupit, ku, për shkak të lidhjeve të tyre ekonomike me Shkodrën dhe të prirjeve separatiste të vezirit të saj, një pjesë e parisë feudale dhe tregtare të këtyre qendrave morën anën e tij. Kundërshtarët e vezirit shkodran në qytetet e rrethet e Pejës, të Prishtinës, të Shkupit, të Ohrit dhe të Elbasanit njohën tani goditjen e rëndë të tij që i çoi deri në shfarosje. Kështu filloi periudha e kryengritjes së dytë, e cila synonte shkëputjen e plotë nga varësia e Portës. Veziri i Shkodrës tanimë nuk i nënshtrohej fare autoritetit të Portës. Ai nuk nxirrte më taksa për thesarin perandorak, por i dëbonte gjyqtarët e Stambollit dhe vetëm fjala e tij ishte ligj. Kjo kryengritje e shkëputi faktikisht pjesën më të madhe të tokave shqiptare nga perandoria.
Politika e re e Mahmudit shkaktoi një reaksion të fortë, që filloi në gjirin e vetë familjes së Bushatlliut, te vëllai dhe nipi i tij. Këta u vunë në krye të atij grupi feudalësh, të cilët ishin kundërshtarë të shkëputjes së vendit nga Perandoria Osmane, duke e quajtur atë të rrezikshme për jetën, pasuritë dhe për postet e tyre. Prandaj e braktisën atë. Kjo i dha dorë sulltanit të merrte masa të shpejta. Në fillim të vitit 1793 ai nisi kundër Shkodrës një ekspeditë ndëshkimore. Ekspedita, e përbërë nga forcat e shtatë pashallarëve shqiptarë me në krye valiun e Rumelisë, Beqir Pashën, mundi të mbërrinte në Shkodër vetëm pas tetë muajsh. Pas një qëndrese të fortë, Mahmud Pasha u detyrua më së fundi të mbyllej në kështjellë më 1787. Edhe këtë herë shumica e parisë vartëse dhe e aleatëve e braktisën, duke u besuar premtimeve të Portës së Lartë që kishte shpallur se do t’u njihte privilegjet që kishin. Por fshatarët e malësorët dhe shtresat e gjera qytetare shkodrane, të shqetësuara nga mundësia e kthimit të anarkisë, nuk ndoqën rrugën e krerëve feudalë. Të mbushura edhe me urrejtjen e një populli që nuk mund t’i duronte aktet e dhunshme të pushtuesit të huaj, ato u bashkuan me vezirin kryengritës dhe i shpartalluan përsëri forcat qeveritare, duke u shkaktuar dëme shumë të rënda.
Përçarja e lëkundjet e aleatëve të vet vendas si dhe frika nga një ekspeditë tjetër e Portës e detyruan Mahmud Pashën, me gjithë fitoren që korri, të shpallte përsëri faljen e të gjithë atyre që e kishin braktisur, të lironte robërit e kapur dhe të padiste vëllanë e nipin si shkaktarë të vërtetë të konfliktit, kurse sulltanin ta paraqiste si viktimë të mashtrimit të tyre. Ndërkaq, me anën e klerit katolik ai siguroi ndërmjetësinë e oborrit të Spanjës, për t’i kërkuar falje sulltanit. Por të gjitha këto veprime, ashtu si edhe më 1787, nuk shprehnin ndjenjat e mendimet e vërteta të tij.
Ndërmjetësimi i përfaqësuesit diplomatik të Spanjës në Stamboll, vështirësitë e mëdha financiare të perandorisë e, mbi të gjitha, pamundësia e Portës për të organizuar një ekspeditë te re bënë që në muajin mars të vitit 1795, sulltan Selimi III t’i jepte Bushatlliut faljen, me kusht që të zotohej se nuk do të ngrinte krye më, të derdhte në thesarin perandorak shumat e mëdha të taksave të prapambetura nga e kaluara dhe të pranonte zbatimin e reformave ushtarake e financiare.
Gjersa erdhi falja, Bushatlliu e përforcoi përsëri pozitën e vet dhe i nënshtroi sanxhakët e Ohrit dhe të Elbasanit duke ua dhënë për qeverisje të vëllait dhe të nipit, të cilët ishin kthyer në Shkodër e i kishin kërkuar falje. Veziri i Shkodrës i kërkoi edhe Ali pashë Tepelenës të hiqte dorë nga orvatja e të birit, Myftar Pashës, për të qeverisur sanxhakun e Ohrit dhe për të vënë dorë mbi sipërmarrjen e Durrësit. Në vjeshtën e vitit 1795 ai shpartalloi edhe forcat e pashallarëve kosovarë, të cilët ishin lidhur kundër tij dhe kishin marrë pushtetin në Prizren. Këtë fat pësoi edhe Jusuf bej Dibra, i cili kishte guxuar të dëbonte nga Dibra qeveritarin e vendosur prej Bushatlliut.
Këto veprime që ishin në kundërshtim me kushtet e faljes, i acaruan përsëri marrëdhëniet e Stambollit me vezirin e pabindur të Shkodrës. Por Porta e Lartë, e mbërthyer nga reaksioni i brendshëm kundër reformave, nuk ishte aspak në gjendje të merrte masa energjike kundër tij.
Mahmud Pasha e drejtoi tani vëmendjen kundër krahinave malore shqiptare të Kuçit, të Piprit e të Palabardhit, të cilat, qysh nga lufta ruso-turke