Shtypja ekonomike e politike e administratës osmane dhe krahas saj ndërhyrjet e Fuqive të Mëdha e sidomos të Rusisë si edhe ato të shteteve fqinje ballkanike në trevat shqiptare, bënë që lëvizjet çlirimtare në vitet e para të shek. XX të drejtoheshin njëkohësisht kundër zgjedhës osmane dhe kundër ndërhyrjeve të shteteve të huaja në Shqipëri.
Vilajetet shqiptare, ashtu si territoret e tjera të Turqisë Evropiane, karakterizoheshin në fillim të shek. XX nga një prapambetje e madhe ekonomiko-shoqërore e kulturore, e cila forcohej edhe më shumë për shkak të politikës së rëndë fiskale, që Porta e Lartë zbatonte në këto treva. Edhe në këtë periudhë burimin kryesor të të ardhurave të shtetit osman e përbënin të dhjetat (ashari), që u merreshin në natyrë gjithë pronarëve të tokave, nëpërmjet sistemit të sipërmarrjes; ky sistem rëndonte më shumë fshatarësinë, e cila përbënte shumicën e popullsisë së vendit. Në vilajetin e Janinës shteti nxirrte çdo vit nga të dhjetat më shumë se 8 milionë groshë, që përbënin rreth 30 % të të ardhurave të përgjithshme të kësaj province, të cilat arrinin në 28 500 000 groshë. Në vilajetin e Manastirit nxirreshin nga të dhjetat më shumë se 14 milionë groshë, që përbënte gjithashtu 30 % të shumës së përgjithshme të të ardhurave prej 47 milionë groshësh. Nga vilajeti i Kosovës qeveria turke vilte nga të dhjetat 16 milionë groshë, d.m.th. 30 % të sasisë së përgjithshme të të ardhurave prej më shumë se 53 milionë groshësh.
Në fillimin e shek. XX rreth 2/3 e të ardhurave vjetore të vilajeteve të Janinës, të Manastirit e të Shkodrës dhe rreth 1/2 e atyre të vilajetit të Kosovës shkonin në Stamboll, ndërsa nga ato që mbeteshin në vend dhe që formonin buxhetin lokal, më shumë se gjysma shpenzohej për të mbajtur forcat e xhandarmërisë e të policisë dhe aparatin burokratik shtetëror osman.
Sipas të dhënave të Sait Pashës, kryeministër i Turqisë, në vitin finaciar 1902-1903, në vilajetin e Kosovës nga 647 612 lira, që ishte buxheti i përgjithshëm i kësaj province, për të mbajtur xhandarmërinë, ushtrinë dhe aparatin e nëpunësve, përdoreshin 695 mijë lira, domethënë 61 000 lira më shumë; në vilajetin e Manastirit nga buxheti i përgjithshëm prej 488 000 lirash, për xhandarmërinë, ushtrinë dhe aparatin burokratik shpenzoheshin rreth 500 000 lira; në vilajetin e Janinës nga rreth 269 000 lira të ardhura, 217 000 përdoreshin për xhandarmërinë, ushtrinë dhe aparatin shtetëror osman; në vilajetin e Shkodrës, ku të ardhurat ishin më të pakëta, rreth 39 000 lira gjithsej, shpenzoheshin për xhandarmërinë, ushtrinë dhe aparatin shtetëror 200 000 lira.
Nga këto të dhëna kuptohet se për nevojat e zhvillimit ekonomik të vendit nuk përdorej pothuajse asgjë, ndërsa për arsimin, që ishte në gjuhën turke, vetëm një shumë e papërfillshme. Kështu, në vilajetin e Kosovës për arsimin përdoreshin vetëm rreth 4 000 lira. E njëjta gjendje paraqitej edhe në vilajetet e tjera.
Duke qenë përballë ndërhyrjeve të reja të shteteve fqinje në Turqinë Evropiane, Porta e Lartë i shtoi edhe më shumë forcat ushtarake. Në vitin 1901 Stambolli mbante në Rumeli një ushtri prej 203 000 vetash, një pjesë e mirë e së cilës ishte vendosur në vilajetet shqiptare. Në vitin 1901 u shtuan forcat e xhandarmërisë në të gjitha viset shqiptare, sidomos në vilajetet e Manastirit e të Kosovës, ku kishte respektivisht 2 700 dhe 2 200 xhandarë.
Masat shtypëse të Portës së Lartë u bënë shkak për rritjen e pakënaqësisë së përgjithshme dhe të lëvizjes kombëtare në Shqipëri. Në fillim të vitit 1901 në Prizren vepronte një Komitet Qendror, që kishte degët e veta në Prishtinë, në Shkodër e në Guci dhe që zhvillonte një propagandë të gjerë kundër ndërhyrjeve të Vjenës. Në janar-shkurt të po atij viti Haxhi Zeka organizoi mbledhje në qytetet e Kosovës me qëllim që të rimëkëmbte Lidhjen Shqiptare të Pejës për të përballuar rrezikun që i kanosej vendit nga shtetet ballkanike dhe nga Austro-Hungaria, e cila kishte projektuar hekurudhën Uvac-Mitrovicë, që shihej nga shqiptarët si një mjet për depertimin austriak në Kosovë). Në tubimin që u mbajt në maj, në Luka, afër Manastirit të Deçanit, përfaqësuesit e popullsisë së vilajetit të Kosovës protestuan kundër ndërhyrjeve të Austro-Hungarisë në këtë trevë. Nisma për rimëkëmbjen e Lidhjes së Pejës u përkrah nga atdhetarët dibranë e të viseve të tjera. Në kuvendin që u caktua të mbahej në maj ose në qershor të vitit 1901, ku do të përfaqësoheshin të gjitha vilajetet shqiptare, parashikohej të merreshin masa për bashkimin e shqiptarëve dhe të kërkohej futja e gjuhës shqipe në shkolla e në administratën shtetërore. Por, për shkak të pengesave të administratës osmane, ky kuvend nuk u thirr.
Në qytetet e Shqipërisë së Mesme e të Jugut dhe në ato të Kosovës, ku futej fshehurazi shtypi shqiptar, ai xhonturk dhe librat shqip, po ndihej gjithnjë e më shumë ndikimi i programit autonomist të Ismail Qemalit dhe po përhapej gjerësisht ideja e autonomisë së vendit. Për të penguar zgjerimin e saj në Shqipërinë e Mesme dhe të Jugut, Porta e Lartë u mbështet në pranverën dhe në verën e vitit 1901 te Syrja bej Vlora (që i propozoi Stambollit masa të posaçme, të drejtuara kundër lëvizjes kombëtare) dhe tek Esat pashë Toptani, që me autorizimin e sulltanit hartonte peticione e mblidhte nënshkrime kundër lëvizjes kombëtare dhe Ismail Qemalit, të cilin e akuzonte si agjent të Anglisë, të Greqisë etj. Ndërkaq në Kosovë të dërguarit e posaçëm të Stambollit, pasi nuk arritën të bënin për vete Haxhi Zekën e parinë e Pejës, shkëputën prej krerëve të veçantë të Prishtinës e të Prizrenit peticione, drejtuar sulltanit (të botuara edhe në gazetën zyrtare “Kosova”), në të cilat dënohej veprimtaria atdhetare e Ismail Qemalit.
Megjithatë, në popullsinë shqiptare myslimane e krishtere, krahas kërkesës së përgjithshme për njohjen zyrtare të gjuhës shqipe, për ngritjen e shkollave kombëtare e për lëvrimin e gjuhës shqipe, po forcohej bindja se duheshin prerë lidhjet me sulltanin e paaftë dhe se Shqipëria duhej të kthehej në një shtet autonom. Në vitin 1901 në mjaft qytete të Shqipërisë, si në Tiranë, Elbasan, Shkodër, Dibër, Mat, Vlorë, Fier etj., qenë krijuar me kontributin e popullsisë fonde të posaçme, që përdoreshin për të sjellë fshehurazi libra, gazeta e broshura në gjuhën shqipe, si edhe për të ndihmuar veprimtarinë e atdhetarëve shqiptarë jashtë vendit.
Në verën dhe vjeshtën e vitit 1901 pakënaqësia filloi të bëhej e përgjithshme dhe u shtri në të katër vilajetet shqiptare. Popullsia në krahina të tëra nuk pranonte të paguante taksat dhe të jepte ushtarë. Në Shkodër grupe kryengritësish u përqendruan rreth qytetit dhe u orvatën ta sulmonin atë, ndërsa në Shqipërinë e Jugut kryengritësit zunë rajonin midis Tepelenës e Vlorës dhe zhvilluan përleshje me trupat turke, duke i shtrirë veprimet e tyre deri në Konicë dhe në afërsi të Elbasanit.
Në shtator të vitit 1901 ngriti krye popullsia e qytetit të Tiranës, me të cilën u bashkua, duke lidhur besën, edhe Malësia e këtij rrethi. Kryengritësit i dërguan sulltanit një telegram proteste kundër korrupsionit, arbitraritetit e dhunës së administratës osmane lokale. Porta e Lartë u detyrua të pushonte prefektin e sanxhakut të Durrësit (Tefik Pashën) dhe kajmekamin e Tiranës. Ngjarjet e Tiranës vlerësohen në dokumentet bashkëkohëse si dëshmi e forcimit në këtë qytet të krahut nacionalist e antiqeveritar të lëvizjes kombëtare ose të “partisë shqiptare”, që në atë kohë drejtohej nga Mehmet pashë Toptani, Fuad dhe Refik bej Toptani etj.
Në shkurt të vitit 1902 ngritën krye mirditasit, që ranë në marrëveshje me malësorët e Pukës e me banorët e Kthellës dhe prenë rrugën midis Shkodrës e Prizrenit, si edhe vijën telegrafike në afërsi të Lezhës. Në memorandumin, që u dërguan valiut të Shkodrës e konsujve të huaj, krahas kërkesës për të kthyer nga internimi dhe për të emëruar si guvernator të Mirditës Preng Bibë Dodën, ata shfaqën edhe aspirata kombëtare, autonomiste, deklaruan se “nuk do ta njohin më sulltanin si kryezotin e tyre dhe se kërkojnë njohjen e kombësisë shqiptare”.
Për të qetësuar gjendjen në Shqipëri Abdyl Hamiti mori masa të ashpra. Pasi hoqi valiun e Shkodrës, Qazim Pashën, si të paaftë për të shtypur lëvizjen shqiptare, sulltani dërgoi në vendin e tij Shaqir Pashën me kontigjente të shumta ushtarësh. Në Shkodër u bënë arrestime të shumta të krerëve dhe të qytetarëve të thjeshtë që kishin kërkuar reforma me karakter kombëtar. Arrestime të atdhetarëve shqiptarë u bënë edhe në Ohër, në Tiranë, në Berat, në Vlorë e në qytete të tjera. Trupat osmane bënë gjithashtu masakra midis popullsisë së Pejës, të Gjirokastrës, të Konicës e të qyteteve të tjera.
Një nga veprat më të shëmtuara të armiqve të popullit shqiptar ishte vrasja në Pejë, më 21 shkurt të vitit 1902, e udhëheqësit të Lëvizjes Kombëtare Shqiptare, Haxhi Zekës, që u krye me nxitjen e qarqeve shoviniste të Serbisë dhe me përkrahjen e autoriteteve osmane. Si përgjigje për këtë populli i Pejës ngriti krye, sulmoi zyrat qeveritare, shtiu në dorë postë-telegrafin, arrestoi funksionarët turq dhe kërkoi nga sulltani lirimin e gjithë bashkatdhetarëve të burgosur. Lëvizje të tilla antiqeveritare pati edhe në Mitrovicë, në Prishtinë, në Pazar të Ri e në qytete të tjera. Vrasjes së Haxhi Zekës i bëri jehonë edhe shtypi evropian, gazeta “Lë Tan” (“Le Temps”, Paris) dhe organe të tjera.
Pakënaqësinë që zotëronte në vend u orvat ta shfrytëzonte edhe pretenduesi për fronin e Shqipërisë, aventurieri don Aladro Kastrioti, ish-diplomat spanjoll, që e paraqiste veten si pasaardhës të Kastriotëve. Promemorja e tij për autonominë e Shqipërisë, e shpallur në korrik 1902 gjoja në emër të një komiteti shqiptar, takimet me diplomatë të huaj, lidhjet me “garibaldinët” (vullnetarë italianë, të përgatitur për t’u hedhur në Shqipëri), deklaratat për organizimin e kryengritjes së armatosur e sidomos vizitat në Korfuz, pranë brigjeve shqiptare, e detyruan Portën e Lartë që të përqendronte në Vlorë përforcime të tjera ushtarake, të sjella nga Konica e nga Janina. Por ky pretendent aventurier mbeti pa ndonjë mbështetje në Shqipëri dhe për këtë arsye dështoi.
Në qershor të vitit 1902 Porta e Lartë, me qëllim që të shtypte Lëvizjen Kombëtare Shqiptare, të parandalonte zhvillimin e saj të mëtejshëm dhe t’u jepte një shembull ndëshkimi krahinave të tjera të Shqipërisë, ndërmori arrestime të shumta në sanxhakun e Beratit, sidomos në Vlorë e në Kaninë, ku u ndalën 20 veta, kryesisht nga paria e kësaj zone, që u dërguan të lidhur në Janinë dhe iu dorëzuan gjykatës ushtarake. Të arrestuarit u akuzuan për tradhti të lartë dhe për përhapjen e shkrimeve të ndaluara. Në Korçë u arrestua, në muajin korrik të vitit 1902, atdhetari Nuçi Naçi dhe më pas veprimtarët e shquar të lëvizjes në këtë qytet, Orhan bej Pojani e Thimi Markoja. Edhe çarmatimi në masë i popullsisë në rrethin e Vlorës dhe në atë të Mallakastrës, që u ndërmor në qershor-korrik të vitit 1902, kishte për qëllim të godiste lëvizjen kombëtare në këtë zonë.
Këtij qëllimi i shërbeu edhe ekspedita ushtarake kundër lokalitetit të Shëngjergjit në Malësinë e Tiranës, që u organizua drejtpërsëdrejti nga valiu i Shkodrës dhe që u bë shkak për qëndresën e armatosur të popullsisë së kësaj zone kundër Portës së Lartë, e cila zgjati nga 11 deri më 29 korrik të vitit 1902. Fshatarësia e kësaj zone përbënte një mbështetje të fuqishme për lëvizjen kombëtare, të drejtuar nga grupi i bejlerëve nacionalistë të Tiranës.
Në mesin e korrikut përballë ekspeditës, që ishte ngarkuar të ndërmerrte çdo lloj masakre, qëndronte e bashkuar popullsia e Shëngjergjit, e cila së bashku me atë të krahinave përreth, nxorri më shumë se 2 500 njerëz të armatosur. Qëndresa e malësorëve u përkrah edhe nga grupi i atdhetarëve të Tiranës, që lidhën besën me ta dhe i ndihmuan fshehtazi me të gjitha mjetet.
Më 24 korrik u mbajt në katundin Shënmëri mbledhja e përfaqësuesve të popullsisë së fshatrave të Malësisë së Tiranës; në të mori pjesë edhe një komision i posaçëm i dërguar nga Këshilli administrativ i kazasë së Tiranës, ku bënin pjesë edhe atdhetarë të tillë si Abdi bej Toptani, Fuat bej Toptani etj. Këtu u vendos që të përtërihej Lidhja (Besa), që tanimë ishte në fuqi nga 17 korriku, dhe të kërkohej nga qeveria të largonte menjëherë ekspeditën; pas plotësimit të kësaj mase, duhej të pakësohej tatimi i prapambetur i vergjisë dhe të lëshohej urdhri për shlyerjen e tij me këste etj.
Stambolli u detyrua të tërhiqej përballë përmasave të qëndresës së popullsisë së Shëngjergjit, me të cilën u bashkuan edhe malësorët e krahinave përreth; ajo rrezikonte të kthehej në një lëvizje të përgjithshme, që mund të çonte në një luftë të përgjakshme, e cila do t’i sillte ndërlikime ndërkombëtare Stambollit dhe do të bëhej shkak për ndërhyrjen e Fuqive të Mëdha në Shqipëri e në Turqinë Evropiane. Më 29 korrik ekspedita u largua nga Shëngjergji.
Gjendja në Shqipëri vijoi të mbetej e nderë. Në relacionin që kryeministri turk, Said Pasha, i parashtroi sulltanit më 2 korrik 1902, i shkruante se “Shqipëria ishte duke dalë nga duart e shtetit osman”, ndërsa lëvizjen shqiptare e quante si “prelud të çështjes së ekzistencës ose të zhdukjes së sundimit osman në Ballkan”.
Edhe Fuqitë e Mëdha nuk ishin indiferente ndaj krizës që po përjetonte sundimi osman në Shqipëri. Ambasadori austro-hungarez në Stamboll, baroni Kaliçe, disa herë i kishte folur Said Pashës për trajtimin e keq të shqiptarëve nga Turqia, të cilin Vjena e shikonte si shkakun kryesor të pakënaqësisë dhe të revoltave të tyre. Austro-Hungaria pati shprehur pakënaqësinë që Porta e Lartë nuk kishte zbatuar në Shqipëri e në Rumeli as reformat e premtuara sipas Traktatit të Berlinit (sipas nenit 23). Një politikë e tillë, theksonte përfaqësuesi diplomatik i Vjenës, “mund të krijonte rrezikun e humbjes nga Turqia të Rumelisë dhe veçanërisht të Shqipërisë”.
Në qershor të vitit 1902 ambasadori austriak në Stamboll pati kërkuar nga kryeministri turk që të merrte masat për të përmirësuar nivelin arsimor e kulturor të shqiptarëve dhe, në mënyrë të veçantë, të pranonte mësimin e shkrimin e gjuhës shqipe, duke futur për këtë alfabetin latin. Ministri i Punëve të Jashtme të Austro-Hungarisë, Golluhovski, në letrën që i dërgoi kryeministrit turk në ditët e para të gushtit të vitit 1902, vlerësonte drejt kërkesat kombëtare të shqiptarëve, për të cilat thoshte se nuk janë “të nxitura nga jashtë”, siç pretendonte Porta e Lartë, por janë të lidhura “me ndjenjat, që kanë lindur te populli shqiptar”. Ai i tërhiqte vëmendjen Portës së Lartë për qëndrimin e saj mospërfillës “ndaj aspiratave të vërteta dhe të natyrshme të shqiptarëve për pavarësi”.
Por, siç del nga letra e Golluhovskit, Vjena shqetësohej gjithnjë për ruajtjen e status quo-së në Ballkan, prandaj kërkonte nga qeveria e Stambollit zbatimin në Shqipëri të disa reformave të pjesshme, të cilat nuk cenonin ekuilibrin në këtë zonë, siç ishin zgjerimi i kompetencave të vilajeteve, vendosja e rregullit dhe e drejtësisë në vjeljen e taksave, po ashtu kërkonte t’u jepej fund abuzimeve dhe arbitraritetit të nëpunësve, të mbrohej jeta e pasuria e tyre. Përmirësimi i administrimit të Shqipërisë dhe i gjendjes së saj të përgjithshme vlerësohej nga Golluhovski si një masë që do t’i shërbente forcimit të administratës osmane në këtë vend dhe njëherazi do të shmangte turbullirat e brendshme dhe ndërhyrjet nga jashtë.
Këtë përmbajtje kishte edhe projekti i reformave që Said Pasha i parashtroi sulltanit në “Promemorjen për Shqipërinë” më 9 gusht të vitit 1902, në të cilën propozonte të zbatoheshin masa të tilla, si ndreqia e rrugëve, zgjerimi i rrjetit të komunikacionit, përkrahja e tregtisë detare e tokësore, rindërtimi i limaneve, zhvillimi i artizanatit dhe i industrisë, hapja e punishteve dhe e fabrikave, heqia e nëpunësve të korruptuar dhe zëvendësimi i tyre me njërëz të kulturuar etj. Por edhe këto masa, të cilat, siç theksonte kryeministri turk, do të përmirësonin gjendjen ekonomike e kulturore të vendit, nuk u miratuan nga sulltani.
Në gjysmën e dytë të vitit 1902, u acarua përsëri çështja maqedone dhe u forcuan ndërhyrjet e shteteve ballkanike e të Fuqive të Mëdha në Turqinë Evropiane, marrëdhëniet e popullit shqiptar me qeverinë e Stambollit u ashpërsuan edhe më shumë. Qarqet politike të Sofjes, me mbretin Ferdinand në krye dhe organizatat nacionaliste bullgare, duke përfituar nga lufta e drejtë çlirimtare e popullsisë sllave-maqedone, e nxisnin atë të hidhej në kryengritje kundër sundimit osman, për të bashkuar Maqedoninë, me anën e forcës, me Bullgarinë. Ndërkaq Serbia e Greqia, duke përfituar nga fakti që në Turqinë Evropiane kishte edhe popullsi serbe (në Kosovë) e greke (në vilajetin e Selanikut), ndërhynin në çështjen maqedone për të ndarë ndërmjet tyre territoret e vilajeteve të Selanikut, të Manastirit e të Kosovës.
Nga vera e vitit 1902 në radhë të parë Bullgaria, por pas saj edhe Serbia e Greqia filluan të dërgonin në viset e Turqisë Evropiane banda të armatosura (të drejtuara shpesh nga oficerë të ushtrisë së rregullt), që luftonin kundër njëra-tjetrës dhe përpiqeshin të shkombëtarizonin me forcë ose të shfarosnin popullsinë e kombësive të tjera të territoreve të cilat pretendonin t’i aneksonin. Veprimtaria e çetave bullgare, të përbëra nga disa qindra veta, shtrihej, përveç vilajetit të Selanikut, edhe në disa rrethe të vilajetit të Manastirit, kurse qeveria serbe filloi të armatoste bashkëkombësit e vet në vilajetin e Kosovës.
Ndërhyrjet e vazhdueshme të Rusisë në Turqinë Evropiane dhe përkrahja prej saj e lakmive pushtuese të shteteve sllave ballkanike në këtë zonë i shtyti shqiptarët të kundërshtonin çeljen e konsullatës ruse dhe hyrjen e konsullit të Rusisë në Mitrovicë. Në fillim të shtatorit të vitit 1902 qëndresa e shqiptarëve, e udhëhequr nga Isa Boletini, u shndërrua në një kryengritje të armatosur me karakter kombëtar; ajo drejtohej kundër ndërhyrjeve të Rusisë në trevat shqiptare dhe kundër Portës së Lartë që i bënte asaj lëshime. Më 7 shtator rreth 1 000 shqiptarë të armatosur u grumbulluan në afërsi të Mitrovicës, në rrugën që të çonte në Pejë dhe në rrethinat e saj, të gatshëm për të sulmuar qytetin. Një forcë ushtarake osmane prej 500 ushtarësh, që u dërgua nga Shemsi Pasha për të shtypur lëvizjen, u çarmatos më 15 shtator nga shqiptarët. Për t’i ndëshkuar kryengritësit, mareshali turk bombardoi e dogji fshatrat e boshatisura të Mitrovicës. Qëndresa e shqiptarëve të Mitrovicës u përkrah edhe nga popullsia e rretheve të tjera dhe mund të shtrihej në tërë vilajetin e Kosovës. Më 18 tetor u grumbulluan në Boletin (ku Isai kishte kullën e vet) rreth 5 000 shqiptarë të armatosur nga rrethet e Mitrovicës, të Pejës, të Prishtinës e të Pazarit të Ri, të cilët shprehën vendosmërinë për të luftuar për çështjen shqiptare.
Nën presionin e Rusisë e të Serbisë, që i kërkuan Stambollit të shtypte me çdo mjet kryengritjen shqiptare dhe të largonte Isa Boletinin nga Mitrovica, Porta e Lartë përdori dhunën ushtarake për të shuar këtë vatër të qëndresës së armatosur. Megjithatë, ekspedita ushtarake, që Dervish Pasha ndërmori në muajin tetor në rrethet e Drenicës e të Pejës, ku shkatërroi e bëri rrafsh me tokën fshatra të tëra dhe qindra kulla të shqiptarëve, dogji shtëpitë e grabiti bagëtinë e drithin, nuk dha përfundimet që priste Porta e Lartë.
Vetëm pas bisedimeve, që kryesekretari i pallatit dhe Shemsi Pasha zhvilluan në Mitrovicë me Isa Boletinin, ky u bind të largohej në fillim nga Mitrovica dhe në fundin e nëntorit të vitit 1902 u tërhoq në Stamboll, ku u mbajt deri në vitin 1906.
Në të njëjtën kohë, Porta e Lartë shtypi me egërsi brenda një muaji kryengritjen e popullsisë maqedone, që shpërtheu në fundin e shtatorit 1902. Për të shmangur shpërthimin e një kryengritjeje të re në Maqedoni, qeveria turke, duke qenë edhe nën trysninë e vazhdueshme të Rusisë e të Austro-Hungarisë, shpalli në fillim të dhjetorit të vitit 1902 reformat për vilajetet e Turqisë Evropiane, të cilat u përfshinë në “Udhëzimin për vilajetet e Rumelisë”, të 12 dhjetorit të atij viti. Krahas masave të përgjithshme për përmirësimin e gjendjes në provincat e Rumelisë, për zhvillimin e tregtisë, të bujqësisë, të zejtarisë e të punëve botore, në këtë Udhëzim parashikohej edhe riorganizimi i xhandarmërisë, i policisë dhe i gjykatave (duke futur në to të krishterët), hapja e shkollave turke në fshatrat më të mëdha, përdorimi i një pjese të të ardhurave lokale për nevojat e vilajeteve etj. Për zbatimin e reformave në Rumeli emërohej një inspektor i përgjithshëm, që do të kishte kompetencat e një ministri dhe pranë tij një nëpunës civil e një tjetër ushtarak.
Porta e Lartë nuk përcaktoi provincat ku do të shtriheshin reformat, por zbatimin e tyre ajo e kufizoi në tri të ashtuquajturat vilajete maqedone (të Selanikut, të Manastirit e të Kosovës), në krye të të cilave u vu si inspektor i përgjithshëm, me seli në Shkup, Hysen Hilmi pasha. Reformat turke ishin gjysmake dhe në thelb nuk i sillnin ndonjë përmirësim gjendjes së popullsive të shtypura të Rumelisë. Për këtë arsye ato nuk u pritën mirë as nga këto popullsi, as edhe nga qeveritë e shteteve të Evropës e nga opinioni publik evropian, i cili mbajti qëndrim kritik ndaj tyre.
Ashpërsimi i mëtejshëm i gjendjes politike në Rumeli dhe rritja e pakënaqësisë së popullsive të saj i shtyti Fuqitë e Mëdha, veçanërisht Rusinë e Austro-Hungarinë, të ndërhynin drejtpërdrejt në çështjen maqedone. Pasi morën edhe pëlqimin e Anglisë, të Gjermanisë e të Francës, më 21 shkurt 1903 ato i paraqitën Portës së Lartë projektin austro-rus të reformave, të cilin, pas disa kundërshtimesh u detyrua ta pranonte edhe sulltani. Me këto reforma Fuqitë e Mëdha synonin të ruanin status quo-në në Turqinë Evropiane dhe, duke u dhënë disa të drejta popullsive të krishtere, sllave e greke, të parandalonin shpërthimin e kryengritjes, veprimtarinë e çetave të armatosura dhe mundësinë e një ndërhyrjeje të hapur ushtarake të Serbisë, të Bullgarisë, të Malit të Zi e të Greqisë (që njihnin si protektore Rusinë) në Rumeli.
Por kjo nuk mund të arrihej pa u dhënë kombësive të Turqisë Evropiane, duke përfshirë këtu edhe shqiptarët që zinin pjesën më të madhe të territoreve të saj, të drejtën e autonomisë. Projekti austro-rus i reformave ishte në thelb një përsëritje e atij të shpallur nga sulltani në dhjetor të vitit 1902. Disa masa të reja që përmbante ai, si përqendrimi i riorganizimit të xhandarmërisë dhe të policisë në duart e specialistëve të huaj, kontrolli i Bankës Otomane mbi buxhetin e vilajeteve të Selanikut, të Manastirit e të Kosovës etj., ndonëse do të sillnin ndonjë përmirësim të gjendjes së përgjithshme, do t’i shërbenin më shumë forcimit të kontrollit të dy fuqive në këtë zonë.
Shqiptarët në përgjithësi, me përjashtim të një shtrese njërëzish që kërkonin të nxirrnin përfitime nga gjendja ekzistuese dhe nga anarkia, nuk ishin kundër reformave, të cilat mund të sillnin përparimin e vendit, as edhe kundër barazisë së të krishterëve me myslimanët. Kryeministri turk Said Pasha, qysh në nëntor të vitit 1902, duke bërë fjalë për nevojën e zbatimit të reformave në Shqipëri, i shkruante sulltanit se nuk është e vërtetë që shqiptarët janë kundër reformave, se “përveç disa krerëve, rendin dhe qetësinë në Shqipëri e do shumica e popullsisë, paria dhe të pasurit”.
Megjithatë, shpallja e projektit austro-rus të reformave (të 21 shkurtit 1903) e elektrizoi gjendjen në Shqipëri dhe u prit me pakënaqësi nga popullsia e saj, që shihte tek ato rrezikun e një copëtimi të ri të vendit. Duke zbatuar këto reforma vetëm në vilajetet e Selanikut, të Manastirit dhe të Kosovës, Fuqitë e Mëdha do të saksiononin në fakt copëtimin e vilajeteve shqiptare të Kosovës e të Manastirit, që ndaheshin nga vilajetet e Shkodrës e të Janinës. Kjo ishte arsyeja kryesore, që i shtyti shqiptarët të ngriheshin kundër projektit austro-rus të reformave.
Qëndresa e shqiptarëve kundër reformave mori një karakter kombëtar. Nëpërmjet artikujve, të botuar në shtypin përparimtar në fundin e vitit 1902 dhe në fillim të vitit 1903, (në gazetat “Drita” të Sofjes, “Albania” të Beogradit etj.), atdhetarët rilindës i bënin thirrje popullit të kundërshtonte projektet e reformave, që synonin të copëtonin tokat shqiptare ndërmjet fqinjëve ballkanikë. Përkundrejt tyre, theksohej në këto organe të shtypit, populli shqiptar duhej “të kërkonte bashkimin e vendeve që janë në Shqipëri nën një vali”, t’u shpallte Fuqive të Mëdha dhe Portës së Lartë se shqiptarët nuk janë kundër reformave në përgjithësi, “por duan që të mbajnë vendin e tyre, duan që ai të mos shkelet prej të huajve ..., që në Shqipëri të bëhen reforma për të mirën e shqiptarëve dhe duke qenë e tërë Shqipëria e bashkuar dhe jo e ndarë copa-copa”.
Në janar-shkurt të vitit 1903 vatra të lëvizjes shqiptare u bënë Peja e Gjakova, në rrethet e të cilave u mbajtën atëherë dy tubime. Në këto tubime u diskutua çështja e reformave, e hapjes së konsullatës ruse në Mitrovicë dhe e lirimit të të burgosurve politikë. Shqiptarët që u mblodhën këtu, dhanë Besën, vendosën të kundërshtonin reformat e projektuara dhe kërkuan largimin nga Shqipëria të Shemsi Pashës, që ishte dërguar për të shtypur qëndresën e tyre. Popullsia e Pejës dhe e Gjakovës u bëri thirrje gjithë shqiptarëve të bashkoheshin kundër ndërhyrjeve që po bëheshin në Shqipëri në emër të zbatimit të reformave, por që kërcënonin tërësinë e saj territoriale. Me këto vendime u bashkua gjatë muajve shkurt-mars popullsia e Prizrenit, e Dibrës, e Drenicës dhe e Llapit, që i deklaroi Portës së Lartë se do të kundërshtonte me armë nëse kërkesat e shqiptarëve nuk do të merreshin parasysh.
Sulltani nxori një qarkore, që u shpërnda në qendrat kryesore të vendit, në të cilën u bënte thirrje shqiptarëve të nënshtroheshin e të mos ngrinin krye, ndërsa në fundin e shkurtit të vitit 1903, po për këtë qëllim, u dërguan në Pejë, në Gjakovë, në Rekë, në Shkup e në qytete të tjera të Kosovës komisione të posaçme. Megjithatë, këto përpjekje nuk dhanë rezultat.
Po kështu dështuan orvatjet, që inspektori i përgjithshëm i Rumelisë, Hilmi Pasha, bëri po në shkurt të atij viti, për t’i bindur personalisht krerët shqiptarë të pranonin reformat e shpallura. Atdhetarët shqiptarë i deklaruan atij se nuk janë kundër reformave, por kundër përpjekjeve që po bëheshin nëpërmjet tyre për të copëtuar atdheun e tyre. Ata kërkuan njëkohësisht zbatimin në vilajetet shqiptare të disa masave me karakter kombëtar, siç ishin njohja zyrtare e kombësisë shqiptare, e drejta e mësimit dhe e lëvrimit të gjuhës amtare, futja e saj në ceremonitë fetare, emërimi i nëpunësve shqiptarë nga njerëzit e aftë, përdorimi i një pjese të taksave të nxjerra në Shqipëri për ngritjen e shkollave, amnisti për të burgosurit politikë, ndalimi i të huajve që të përziheshin në punët e katër vilajeteve shqiptare etj.
Ministri i Punëve të Jashtme të Turqisë, Tefik Pasha, duke njohur aspiratat kombëtare të shqiptarëve, në shkurt të vitit 1903 u kumtoi përfaqësuesve të huaj diplomatikë se asnjë formë qeverisjeje nuk do t’i kënaqte shqiptarët, veç asaj që do të mbështetej në autonominë e viseve të tyre. Kërkesat kombëtare të shqiptarëve tërhoqën në atë kohë vëmendjen e përfaqësuesve të huaj konsullorë në Shqipëri. Në “Promemorjen mbi Shqipërinë prej vitit 1901 deri më 1905”, hartuar në Vjenë nga Kral, theksohej se “shqiptarët, më shumë se popujt e tjerë të Ballkanit, dëshirojnë zbatimin e reformave në atdheun e tyre të prapambetur”, se “ata kundërshtojnë ato masa që, sipas bindjes së tyre, kanë për qëllim shkombëtarizimin, copëtimin dhe dobësimin e racës së tyre” dhe që “do ta ngushtonin tokën e tyre nacionale”. Edhe kërkesa e shqiptarëve për hapjen e shkollave shqipe, thuhej në këtë dokument, përveç rëndësisë që ka për zgjimin kombëtar të shqiptarëve, është një conditio sine qua non për çdo reformë serioze, që synon me të vërtetë përparimin e Shqipërisë.
Shqiptarët u qëndruan me armë ndërhyrjeve të Fuqive të Mëdha e sidomos të Rusisë në Shqipëri. Në mars të vitit 1903 mijëra shqiptarë të armatosur u grumbulluan në rrethet e Prizrenit e të Mitrovicës dhe zunë gjithë zonën midis Gjakovës e Pejës. Më 26 mars rreth 5 000 kryengritës u mblodhën në Drenicë, ku, nën drejtimin e udhëheqësve të tyre Ahmet Delia, Ukë Kamberi etj., mbajtën në Fushë të Morinës kuvendin e tyre, në të cilin u kërkua nga qeveria turke të hiqte dorë nga reformat që rrezikonin tërësinë e Shqipërisë dhe të dëbohej konsulli rus nga Mitrovica. Më 29 mars rreth 10 000 shqiptarë nga Vuçiterna, Prishtina e Mitrovica u grumbulluan në Vuçiternë, ku pati përleshje të armatosura me forcat qeveritare.
Karakter të ashpër morën ngjarjet në rrethet e Mitrovicës, ku më 30 mars u përqendruan 2 000 - 3 000 kryengritës, të cilët, ashtu si në Kuvendin e Drenicës, protestuan kundër “reformave që po dëmtonin interesat e atdheut”. Ngjarjet e Mitrovicës e ndërlikuan gjendjen në Kosovë e në gjithë Rumelinë dhe e vunë Stambollin nën trysninë e Fuqive të Mëdha, sidomos të Rusisë, e cila, nëpërmjet ministrit të Punëve të Jashtme Zinovjev, disa herë kërkoi nga Porta e Lartë të shtypte me forcë qëndresën e shqiptarëve. Konsulli rus në Mitrovicë, Shçerbin, në kundërshtim me funksionet e tij diplomatike, duke qarkulluar në llogoret e ushtrisë e të artilerisë turke, i nxiste ato dhe komandantët e tyre të sulmonin sa më parë shqiptarët.
Më 30 mars 1903 autoritetet osmane, sipas vendimit që ishte marrë në Stamboll, urdhëruan garnizonin e Mitrovicës dhe forcat e artilerisë të sulmonin kryengritësit. Megjithëse u vunë nën breshërinë e predhave të artilerisë, shqiptarët u përleshën për 2 orë të tëra me ushtrinë osmane. Më shumë se 200 shqiptarë mbetën të vrarë në hyrjet e qytetit, ndërsa forcat e tjera u detyruan të tërhiqeshin. Të nesërmen, më 1 prill, u vra në Mitrovicë gjatë një ceremonie ushtarake, nga një ushtar shqiptar, konsulli rus Shçerbin. Atentatori (Ibrahim Gjilani) e quajti konsullin fajtor që kishte urdhëruar ushtrinë turke të qëllonte mbi shqiptarët, bashkatdhetarë të tij.
Lëvizja kryengritëse në Shqipëri kërcënonte të prishte status quo-në në Ballkan. Prandaj Rusia dhe Austro-Hungaria, gjatë gjysmës së parë të prillit 1903, i kërkuan disa herë Portës së Lartë që, për të shmangur ndërlikimet në Ballkan, “të merrte masat e domosdoshme dhe sa më energjike kundër revolucionarëve shqiptarë”, të shtypte “kryengritjen shqiptare”, siç u quajtën në Evropë ngjarjet e marsit të vitit 1903. Me këto veprime u bashkuan gjithashtu Gjermania e Franca.
Në gjysmën e dytë të prillit të vitit 1903 valiu i Shkupit, Shaqir Pasha, shkoi me 20 batalione ushtarësh e 8 bateri të artilerisë në fillim në Ferizaj dhe më pas në Prizren, ku bëri arrestime të shumta midis udhëheqësve të lëvizjes, të cilët u dërguan pastaj në Mosull e në Anadoll. Ushtri të tjera turke (rreth 18 000 ushtarë), nën komandën e Shemsi Pashës, u dyndën po në këtë kohë në Gjakovë, në Pejë, në Mitrovicë e në Prishtinë, ku u përleshën me forcat kryengritëse vendase.
Më 30 prill ushtria osmane, e komanduar nga Omer Ruzhdi Pasha, nga valiu i Kosovës Shaqir Pasha dhe nga Shemsi Pasha, pasi doli nga Gjakova, u ndesh me kryengritësit në katundin Skovjan. Gjatë përleshjes, që vazhdoi 12 orë, ushtria turke la shumë të vrarë e robër. Pas tërheqjes së kryengritësve në pllajat përreth, ushtria shkatërroi fshatra të tëra midis Prizrenit e Gjakovës dhe shkretoi arat e mbjella. Përfaqësuesit e huaj konsullorë në Kosovë theksojnë në relacionet e tyre, se dëme të tilla nuk i ishin bërë popullsisë së kësaj treve qysh nga koha e shtypjes së Lidhjes Shqiptare të Prizrenit dhe se pasojat e tyre shqiptarët do t´i ndienin për shumë kohë.
Në ditët e para të majit ushtria osmane shtypi edhe vatrën e fundit të qëndresës së shqiptarëve, Pejën. Më 3 maj sulltani e njoftoi Zinovjevin, që kërkonte informata të vazhdueshme për veprimet e ushtrisë në Shqipëri, se trupat turke morën edhe Pejën. Vetëm në Gjakovë e në Pejë komanda turke arrestoi 47 udhëheqës të kryengritjes shqiptare. Në fundin e majit midis Prizrenit, Gjakovës e Pejës ishin përqendruar 44 batalione, me 10 bateri artilerie, gjithsej 33 000 ushtarë.
Gazeta “Drita” shkruante në atë kohë “për egërsinë e turqve në Mitrovicë, ku u vranë rreth 300 shqiptarë, për ekspeditat ndëshkimore të Ruzhdi Pashës, Shemsi Pashës etj., që vranë gra, pleq e foshnja dhe çuan në internim qindra shqiptarë”. Në një thirrje që kjo gazetë u drejtonte shteteve të Evropës në mars të vitit 1903, kërkonte që të zbatoheshin në Shqipëri reforma të tilla, të cilat të siguronin njohjen zyrtare të kombësisë shqiptare, hapjen e shkollave në gjuhën shqipe dhe futjen e saj në ceremonitë fetare në kisha, amnisti për të burgosurit politikë, emërimin e një përfaqësuesi të popullsisë shqiptare në komisionin e reformave etj.
Reformat e parashikuara nga projekti austro-rus i shkurtit të 1903, nuk kënaqën as popullsinë maqedone. Për më tepër, Porta po e zvarriste zbatimin e tyre. Ndërkaq, në Maqedoni gjendja e popullsisë u bë e padurueshme dhe i dha shkas shpërthimit të kryengritjes në pranverën e vitit 1903, që u përhap në disa qendra (në rrethet e Ohrit, Kosturit, Serezit etj.) ku, bashkë me banorët vendës, luftuan kundër ushtrisë osmane edhe çetat e armatosura, të dërguara nga Bullgaria dhe të organizuara nga komitetet bullgaro-maqedone. Me gjithë masat e egra të terrorit qeveria osmane nuk mundi ta likujdonte lëvizjen çlirimtare të popullsisë sllave-maqedone. Më 2 gusht të vitit 1903, shpërtheu në rrethinat e Manastirit, Kryengritja e Ilindenit (dita e Shën Ilisë), që shpalli si qellim kryesor çlirimin e popullit maqedon nga robëria osmane. Po në këtë ditë u çlirua qyteti i Krushevës, ku u shpall edhe Republika e Krushevës, kryetar i së cilës u caktua Nikolla Karev, komandant i shtabit të kryengritjes në këtë qytet. Më pas kryengritja u shtri në Traki, në vilajetin e Selanikut dhe vijoi 3 muaj, deri në fund të tetorit.
Kryengritja u përkrah nga popullsia shqiptare e trevave lindore, e Krushevës me rrethinat e saj, nga popullsia shqiptare e Shkupit, e Tetovës, e Gostivarit, e Dibrës, dhe e Strugës. Ndërsa atdhetarët shqiptarë të Manastirit, të Prespës, të Strugës, të Pogradecit dhe të qendrave të tjera, furnizuan çetat maqedone me armë e me municione. Një bashkëpunim i ngushtë u vendos ndërmjet çetave shqiptare dhe kryengritësve maqedonë. Ata u ndihmuan edhe nga Themistokli Gërmenji, që jetonte në Manastir e që mbante lidhje me revolucionarët maqedonë. Për shkak të kontributit që dhanë në Kryengritjen e Ilindenit, shqiptarët zunë një vend të rëndësishëm edhe në organet drejtuese që u krijuan gjatë saj. Kështu nga 60 anëtarë të Këshillit apo të Kuvendit të Republikës së Krushevës, që u formua në këtë qytet, 20 ishin maqedonë, 20 shqiptarë dhe 20 të tjerë vllehë. Organi ekzekutiv i kësaj republike që doli prej tij si një lloj qeverie e përkohshme përbëhej nga 2 maqedonë, 2 shqiptarë (Gjorgji Çaçi dhe Nikolla Balo), dhe 2 vllehë, gjithsej nga 6 anëtarë. Kryetar i saj ishte shqiptari Vangjel Dino. Edhe Manifesti i Krushevës, që u shpall në fillim të gushtit, u bënte thirrje të gjitha kombësive, e në radhë të parë shqiptarëve, që të bashkoheshin me kryengritësit në luftën kundër armikut të përbashkët, sunduesve osmanë.
Kryengritja e Ilindenit u shtyp me egërsinë më të madhe nga Porta e Lartë. Ajo hodhi kundër saj rreth 200 000 ushtarë, të cilët bënë reprezalje të shumta ndaj kryengritësve dhe popullsisë, dogjën e rënuan fshatra të tëra.
Shtypi shqiptar përkrahu luftën çlirimtare të popullsisë sllave-maqedone kundër zgjedhës osmane, dënoi me zemërim terrorin turk dhe reformat gjysmake të sulltanit, të cilat, sikurse shprehej ai në artikujt e botuar ato ditë, “i sollën shkatërrime, vaj e varfëri popullit të thjeshtë”. Aty i bëhej thirrje popullit shqiptar që “të bashkohej me maqedonët dhe me ta të kërkonte lirinë kundër armikut të përbashkët, qeverisë së sulltanit”.