Islami u përhap në tokat shqiptare jo vetëm në variantin e vet kryesor, sunit, por edhe në formën e sekteve (tarikateve) të ndryshme, siç ishin bektashizmi, halvetizmi, rufaizmi etj. Dëshmi të pranisë së këtyre sekteve mistike në territorin shqiptar janë teqetë e ndërtuara në një numër vendbanimesh. Midis sekteve islamike në fjalë, bektashizmi fitoi një popullaritet dhe shtrirje të konsiderueshme në viset shqiptare.
Bektashinjtë u shfaqën së pari në formën e një urdhri dervishësh në pjesën aziatike të Perandorisë Osmane (Anadoll). Themelues dhe mbrojtës i këtij urdhri mistik ishte Haxhi Bektashi, i lindur në Iran më 1249 dhe i vendosur në Turqi më 1284. Rol të veçantë në ngjizjen e ideve të Haxhi Bektashit patën kontaktet e tij me besimet aziatike të budizmit dhe të hinduizmit gjatë udhëtimeve që ai kreu në Indi, Tibet e në Kinë. Themeluesit e bektashizmit që në fillim dolën kundër rreptësisë doktrinare dhe dogmatizmit, duke shpallur dashurinë për të gjithë, vëllazërinë dhe bashkimin. Ndryshe nga tradita islamike, bektashinjtë e zhvilluan letërsinë e vet fetare kryesisht në gjuhën osmane dhe jo arabisht dhe persisht.
Një nga misionarët kryesorë të Haxhi Bektashit, i cili u bë i famshëm për predikimin e urdhrit bektashian në hapësirat ballkanike, ka qenë Sari Salltëku, për të cilin qarkullojnë mjaft tregime dhe legjenda. Sari Salltëku, i cili u shndërrua në një nga personalitetet më të shquara të bektashizmit, në fillim të shek. XIV u dërgua nga Haxhi Bektashi në Ballkan e në Shqipëri dhe i maskuar me veladonin e një murgu të krishterë, me durim e maturi të veçantë, punoi për të mbjellë farën e besimit bektashian. Shkupi, Ohri, Kruja dhe Janina ishin disa nga qytetet kryesore, ku ndaloi Sari Salltëku për të përmbushur misionin e lartpërmendur. Shenjtori bektashian ndihmohej në punën e vet nga një numër dervishësh, të cilët i përhapnin parimet bektashiane duke u paraqitur publikisht në emër të profetit Jezu Krisht dhe jo të Haxhi Bektashit. Madje Sari Salltëku dhe bashkëpunëtorët e vet themeluan në Korfuz edhe një “institut ortodoks”, i cili në të vërtetë u përdor për të përhapur në popull idetë e lirisë, dashurisë dhe të disiplinës bektashiane.
Që prej kohës së themelimit sekti (tarikati) bektashian erdhi duke u plotësuar nga pikëpamja ideore dhe organizative, derisa në fundin e shek. XV Balim Sulltani do t’i jepte trajtën përfundimtare këtij urdhri.
Bektashizmi që në fillimet e veta u paraqit si një sekt islamik liberal, duke qenë i afërt në shumë aspekte edhe me krishterimin. Tri ishin elementet kryesore mbi të cilat mbështetej besimi bektashian: e vërteta (hakikati), dituria (marifeti) dhe ligji (sheriati). Këta tre elementë konsiderohen si shtylla të këtij besimi dhe si parimet udhëheqëse të veprimtarisë së njeriut. Në këtë mënyrë porositej që ndjekësit e këtij urdhri të ishin të drejtë dhe të sinqertë kudo dhe kurdo, të luftonin për të qenë sa më të ditur dhe të zbatonin ligjet e vendit ku jetonin.
Ndryshe nga besimtarët sunitë, bektashinjtë nuk e kishin të ndaluar përdorimin e pijeve alkoolike dhe nuk e pranonin mbulesën e fytyrës së grave kur dilnin në publik. Bektashizmi respektonte ekzistencën dhe zhvillimin e lirë të kombeve dhe të besimeve të ndryshme fetare. Parajsa (xheneti) dhe ferri (xhehenemi) për bektashinjtë s’ishin gjë tjetër veçse prehja e shpirtit kur njeriu bën mirë dhe vuajtja e tij kur njeriu bën keq në jetë. Falja gjithashtu pakësohej nga pesë herë vetëm në dy herë në ditë, ndërsa agjërimi, nga një muaj në dhjetë ditë, duke ndërprerë vetëm të pirët e ujit.
Natyra liberale dhe eklektike e bektashizmit e bëri këtë sekt mjaft të pranueshëm e tërheqës për mjedisin ballkanik e veçanërisht për atë shqiptar, ku feja e krishterë bashkëjetonte me elementë të fuqishëm të trashëgimisë pagane të periudhës parakristiane. Në këtë mënyrë, përhapja e bektashizmit në tokat shqiptare u bë një nga aspektet kryesore të procesit të islamizimit të popullsisë, duke e shoqëruar këtë proces që nga fillimet e tij. Edhe pse, siç u theksua më sipër, tradita bektashiane duhet të ketë qenë e hershme në Shqipëri (fundi i shek. XIV-fillimi i shek. XV), burimet historike të njohura deri më tani i regjistrojnë gjurmët e saj që nga gjysma e dytë e shek. XVII. Sipas të dhënave të përftuara nga udhëpërshkrimi i gjeografit osman Evlija Çelebiu, në disa qytete shqiptare të kësaj kohe ekzistonin vende të shenjta dervishësh, si teqe, tyrbe etj. Me terma më konkretë përmendet teqeja e Haxhi Bektash Veliut në Kaninë të Vlorës e ndërtuar nga Sinan Pasha si vepër bamirësie. Në qytetin e Vlorës gjithashtu ekzistonte një teqe bektashiane me emrin e Baba Sulltanit (e njohur ndryshe me emrin Kuz Baba). Prania e bektashizmit dëshmohet në këtë kohë edhe në qytetin e Gjirokastrës, kur thuhet se shumica e popullsisë së këtij qyteti ulej dhe ngrihej duke thirrur për Aliun (është fjala për dhëndrin e profetit Muhamed, imam Aliun, për të cilin bektashinjtë kishin adhurim të veçantë); festonin krahas dy Bajrameve si ditë të shenjta, Shën Gjergjin, Nevruzin, Shën Mitrin, Sari Salltëkun, dhe në këto festa pinin verë të kuqe dhe raki. Edhe në vendbanime të tjera shqiptare, si në Pogradec, Mitrovicë, Kaçanik etj., sipas burimit të mësipërm, ekzistonin teqe bektashiane, çka flet për shtrirjen relativisht të gjerë të këtij sekti islamik deri në vitet 60-70 të shek. XVII.
Një nga qendrat e spikatura të bektashizmit shqiptar ishte bërë qyteti i Krujës, ku disa dëshmi interesante, siç janë gurët e varreve me simbole bektashiane që datojnë përkatësisht në vitet 1717 e 1728, flasin qartë për praninë e këtij urdhri në qytet të paktën që nga dhjetëvjeçarët e parë të shek. XVII. Lidhjet e ngushta të Krujës me bektashizmin duken qartë edhe në faktin se, krahas disa teqeve e zavijeve (teqe të vogla) bektashiane, në rrethinën e qytetit ka ekzistuar në Kreshtën e Malit edhe vendi i shenjtë me emrin e Sari Salltëkut, qendër e njohur pelegrinazhi jo vetëm për besimtarët e këtij sekti, por edhe për njerëz të besimeve të tjera.
Ritmet e përhapjes së bektashizmit në radhët e popullit shqiptar u shpejtuan gjatë gjysmës së dytë të shek. XVIII dhe fillimeve të shek. XIX, kohë kur urdhri i mësipërm fitoi mbështetjen e Ali pashë Tepelenës, sundimtarit të Pashallëkut të Janinës. Duke qenë kundërshtar i pushtetit qendror osman, në mënyrë të vetvetishme pashai tepelenas u afrua me korpusin e jeniçerëve, në këtë kohë opozitar i pushtetit sulltanor. Me këtë shpjegohen prirjet e tij adhuruese ndaj sektit bektashian, i cili ishte fe sunduese në radhët e jeniçerëve. Madje, thuhet se vetë Ali Pasha përqafoi bektashizmin dhe bëri çmos për fuqizimin e këtij urdhri në Shqipëri. Sundimtari i Janinës u lidh ngushtë edhe me një nga misionarët e bektashizmit në Shqipëri, Sheh Memiun (Sheh Mimi), veprimtaria e të cilit ishte veçanërisht e spikatur në Krujë dhe në rrethin e saj, ku u ndërtua në vitin 1802 edhe një teqe me emrin e tij.
Kryeqendra e pashallëkut, Janina, ishte kthyer në vendqëndrim për mjaft dervishë e misionarë të ndryshëm të urdhrit bektashian, të cilët vinin nga Stambolli apo qendra të tjera të Perandorisë Osmane, të larguar prej andej për arsye të ndryshme. Brenda territorit të pashallëkut dervishët bektashianë gjenin kushte të përshtatshme dhe trajtim të privilegjuar nga ana e Ali Pashës. Atyre u viheshin në dispozicion shuma të hollash dhe ndërtesa për banim, ndërsa në mjaft raste edhe prona të konsiderueshme. Kështu, Sheh Bursaliu i ardhur nga Anadolli, shef i një teqeje në Prevezë, gëzonte një benefic vjetor prej 20 000 frangash dhe një shtëpi të kushtueshme, kurse një tjetër dervish me prejardhje nga Maroku, Seid Ahmet Efendiu (misionar diplomatik i Ali Pashës), u pajis me prona tokësore të konsiderueshme me të ardhura prej më se 20 000 frangash, duke u emëruar njëkohësisht edhe si sheh i një teqeje pranë qytetit të Pargës.
Një tjetër dinjitar i urdhrit bektashian në Pashallëkun e Janinës, Sheh Ahmeti nga Siria, shef i një teqeje në hyrje të qytetit të mësipërm, zotëronte gjithashtu sipërfaqe të gjera tokësore me të ardhura të lakmueshme.
Pas likuidimit të korpusit të jeniçerëve nga sulltan Mahmuti II më 15 qershor 1826, në Stamboll dhe në qendra të tjera të Perandorisë Osmane, shpërtheu një stuhi e fortë dhune e represioni kundër urdhrit bektashian. Në kryeqytetin e perandorisë u shkatërruan mjaft teqe të këtij urdhri, u arrestuan, u burgosën, u ezekutuan ose u dëbuan baballarë, dervishë, si dhe u konfiskuan libra të shumtë. Mirëpo nuk kaloi shumë kohë dhe urdhri bektashian filloi ta rimarrë veten me shpejtësi. Nga ana tjetër, furtuna kundërbektashiane e sulltan Mahmutit II në viset shqiptare kaloi pa pasoja të rënda, duke mos përjashtuar këtu ndonjë ndikim negativ që ushtroi në këtë drejtim rivaliteti midis Ali pashë Tepelenës si mbrojtës i bektashizmit dhe Bushatllinjve të Shkodrës si mbrojtës të islamit sunit dhe kundërshtarë të bektashizmit.
Pas bektashizmit, halvetizmi ishte sekti (tarikati) kryesor islamik që depërtoi në viset shqiptare. Emri i këtij sekti lidhet me themeluesin e tij Omer el Halveti nga Tabrizi i Iranit (shek. XIV). Rëndësi të veçantë në historinë e këtij sekti ka figura e Sejid Jahja Shirvaniut (mesi i shek. XV) nga Bakuja, i cili njihet si themelues i vërtetë i tij. Praktika fetare e sektit halveti konsiston në tërheqjen e besimtarit në një dhomë të veçuar për të kryer ritin e “zikrit”, rit i cili lidhet me përmendjen e Zotit me zë të lartë nën emra të ndryshëm të gjetur posaçërisht për një gjë të tillë.
Shehlerët dhe dervishët halvetinj në të shumtën e kohës, kanë qenë aleatë të pushtetit politik osman në ruajtjen dhe konsolidimin e islamit sunit në vendet e sunduara dhe në luftërat e tij kundër fuqive të krishtera.
Fillesat e përhapjes së halvetizmit në tokat shqiptare i takojnë fundit të shek. XIV dhe gjysmës së parë të shek. XV. Megjithatë, depërtimi i këtij sekti në mesin e popullit shqiptar bëhet më i dukshëm duke filluar nga gjysma e parë e shek. XVI. Vendpërhapja e tij fillestare u bënë krahinat e Shqipërisë Jugore. Qendrat kryesore ku u vendosën misionarët halvetinj qenë Delvina dhe Vlora. Nxitësi kryesor i këtij procesi ishte Jakup Efendiu, një nga shehlerët e dëgjuar të këtij sekti në këtë kohë, ndërsa qendër e rrezatimit halvetian për krahinat e lartpërmendura ishte qyteti i Janinës, ku, që në vitin 1390 ishte themeluar një teqe e këtij sekti nga Gazi Evrenoz beu me autorizimin e sulltan Bajazitit I.
Duke u nisur nga fakti se në Berat, Korçë, Elbasan dhe në Vlorë në fund të shek. XV dhe fillim të shek. XVI dëshmohet të jenë themeluar teqe halvetiane, do të pranohet se përhapja gjeografike e këtij sekti ishte zgjeruar jo pak. Evolucioni i këtij procesi shpejtohet edhe më shumë gjatë shek. XVIII, shekull gjatë të cilit tarikati halvetian shton praninë e vet edhe në Kosovë dhe në trevat shqiptare në Maqedoninë Perëndimore. Kjo shihet në rrjetin e teqeve halvetiane që themelohen gjatë kësaj kohe në këto treva. Kështu, Prizreni, Gjakova, Rahoveci, Manastiri, Kërçova etj., u bënë qendrat kryesore të halvetizmit.