Vendosja e Mehmet Reshid pashës në Manastir dhe sidomos masakrimi i njëkohshëm në këtë qytet dhe në Janinë i krerëve kryesorë të Shqipërisë së Jugut, si dhe futja e saj në binarët e sistemit të reformave centralizuese, u treguan krerëve të Shqipërisë së Veriut se, me vezirin Bushatlli në krye, pushteti politik dhe ekonomik i tyre si dhe vetë jeta e tyre ishin vënë në rrezik. Tashmë, nuk kishte dobi qëndrimi i lëkundur që kishin mbajtur deri atëherë. Duhej zgjedhur një nga dy rrugët: ose të pranonin zbatimin e reformave me gjithë pasojat e tyre, ose të ngrinin krye me armë në dorë kundër reformave për të mbrojtur sistemin vetëqeverisës, pushtetin e tyre krahinor.
Pa kaluar më shumë se një vit, më 4 janar 1831, mbërriti në Shkodër fermani i sulltanit që e kufizonte pushtetin e vezirit Bushatlli vetëm në sanxhakun e Shkodrës. Qeverisja e sanxhakut të Ohrit, të Dukagjinit dhe të Elbasanit iu dha Mehmet Reshid pashës, i cili e kishte kërkuar si kusht për të shtrirë reformat në krahinat e Gegërisë. Përveç kësaj, ky ferman e detyronte Mustafa Pashën të pranonte në sanxhakun e tij, vendosjen e garnizoneve ushtarake të rregullta dhe çarmatosjen e banorëve.
Këtij urdhri të sulltanit nuk pranuan t’i bindeshin paria feudale, tregtarët e pasur, krerët e esnafeve, bajraktarët e malësive dhe klerikët kryesorë myslimanë të sanxhakut të Shkodrës. Ata e shihnin atë si një masë që do të çonte në zhdukjen e vetëqeverisjes krahinore, ose e asaj gjysmë lirie që kishin fituar në rrjedhën e kohës, dhe, njëherazi në një nënshtrim të plotë ndaj sundimit osman. Në të vërtetë urdhri i sulltanit i vitit 1831 ishte një pushtim i ri i vendit, i cili ndonëse po realizohej pa luftë, do të sillte më pas konfliktin e armatosur, sepse populli nuk do të pranonte as vendosjen në vend të garnizoneve osmane, e as të çarmatosej. Prandaj përfaqësuesit e popullsisë së Shkodrës, vendosën që, në rast se do të përdorej dhuna nga Porta e Lartë për zbatimin e reformave në vendin e tyre, të rrëmbenin armët. Hapi i parë i kundërshtimit ndaj vullnetit të sulltanit u bë kur ata veshën përsëri kostumet kombëtare dhe zhveshën rrobat e hoqën festet që u ishin imponuar nga Stambolli para tre vjetëve. Në të njëjtën kohë krerët e sanxhakut të Shkodrës i shprehën vezirit Bushatlli mirënjohjen dhe bindjen e tyre.
Pasi siguroi mbështetjen e tyre dhe pasi bëri për vete pashallarët kosovarë, që nuk e miratuan fermanin e 4 janarit 1831, Bushatlliu hodhi një hap të dytë, urdhëroi zëvendësit e vet në tre sanxhakët që i hiqeshin, të mos ua dorëzonin pushtetin përfaqësuesve të Vezirit të Madh. Por Mehmet Reshid pasha, që e kishte parashikuar një qëndresë të tillë, i doli përpara kësaj dhe i dërgoi zëvendësit e vet para se Bushatlliu të mund të fillonte të kundërshtonte. Për rrjedhim, ata jo vetëm morën në duart e tyre pushtetin duke i dëbuar përfaqësuesit e vezirit të Shkodrës, por konfiskuan dhe pasuritë e këtyre. Përveç kësaj, në Ohër u bastis e u plaçkit saraji i Xheladin bej Ohrit dhe familja e tij u nxor jashtë. Kurse në Dibër të njëjtin fat pësoi motra e vezirit Bushatlli. Vetëm në Pejë zëvendësi i Vezirit të Madh Abdurrezak Pasha, hasi në kundërshtimin e banorëve të qytetit dhe e mori pushtetin me shumë vështirësi, pasi i la Sefedin pashë Gjakovës qeverisjen e Gjakovës dhe Alltun-Ilisë.
Mustafa Pashës, kundër të cilit u organizua edhe një atentat për ta vrarë, i dolën nga duart tre sanxhakët dhe me këtë akt pashallëku i Shqipërisë Veriore pësoi një goditje të rëndë. Në këto kushte Bushatlliu arriti në përfundimin se rruga e vetme për rimëkëmbjen e pashallëkut, për mbrojtjen e pushtetit dhe të vetes së tij, ishte organizimi i kryengritjes së armatosur kundër pushtetit qendror, duke i dhënë asaj karakterin e një lëvizjeje të gjerë kundër reformave, e cila do t’i siguronte aleatë më të shumtë. Kështu do të mund të dëboheshin nga Shqipëria Mehmet Reshid pasha e njerëzit e tij dhe pushtuesit osmanë në përgjithësi. Ky ishte qëllimi i vërtetë i kryengritjes. Ndonëse në dukje kryengritja, për të tërhequr në të dhe në ndihmë të shqiptarëve edhe kombësitë e tjera të Rumelisë, paraqitej si antireformiste, në të vërtetë kishte për qëllim mënjanimin e pushtimit osman, pra kishte karakter çlirimtar. Shqiptarët nuk pranonin t’u nënshtroheshin më tej sundimtarëve osmanë, që i mbanin të robëruar prej disa shekujsh. Mustafa Pasha hyri në rrugën e kryengritjeve pasi nuk u mor parasysh ankesa që i drejtoi sulltanit kundër Mehmet Reshid pashës, të cilin krahas të tjerave e akuzoi edhe për atentat kundër tij. Pas këtyre orvatjeve Bushatlliu u hodh në rrugën e luftës. Porta e Lartë, duke këmbëngulur në zbatimin e reformave centralizuese, jo vetëm nuk e mori parasysh ankesën e tij, por edhe përligji si të drejtë e në dobi të përforcimit të pushtetit qendror dhënien e tre sanxhakëve Vezirit të Madh. Bushatlliut i kërkohej të sakrifikonte pushtetin e vet në vendin e vet, ndërsa shqiptarëve të pranonin pa kundërshtim rivendosjen e sundimit të ushtrisë dhe të funksionarëve të sulltanit osman.
Në muajin shkurt, Mustafa Pashës, nëpërmjet qehajait Dervish bej Koplikut, i erdhi përgjigjja e feudalëve boshnjakë, kundërshtarë të reformave, që i kumtuan se do të bashkëpunonin me të në kryengritjen e armatosur dhe do t’i vinin në ndihmë me ushtritë e tyre. Përgjigje me të njëjtën përmbajtje mori Mustafa Pasha edhe nga mjaft feudalë të Rumelisë, ku ziente pakënaqësia ndaj reformave.
Por, që të mund të ngrinte në këmbë një ushtri të madhe, me të cilën do të sulmonte forcat osmane të Vezirit të Madh në Manastir apo në Janinë, Mustafa Pasha kishte nevojë edhe për mjete financiare. Ai gjeti mbështetje te Mehmet Ali Pasha i Egjiptit, që u tregua i gatshëm ta ndihmonte me mjete financiare dhe fshehurazi, edhe me ushtri. Por pashallarët kosovarë refuzuan ndihmën e pashait të Egjiptit, jo vetëm pse repartet ushtarake egjiptiane ishin organizuar sipas modelit evropian, por edhe sepse e quanin të rrezikshme praninë e një ushtrie të valiut të Egjiptit në Shqipëri, i cili po të vinte këmbë në një vend, vështirë se largohej me vullnetin e vet. Mehmet Ali Pasha i siguroi se merrte përsipër shpenzimet e një ushtrie prej 40 000 vetash. Ai ishte i interesuar për shpërthimin e një lëvizjeje të gjerë në Rumeli, sepse në këtë mënyrë do të fitonte mundësinë të forconte më tej pushtetin e tij të pavarur dhe të sulmonte e të pushtonte Sirinë.
Edhe Milosh Obrenoviqi, princi i Serbisë, premtoi t’i jepte Bushatlliut 500 000 groshë duke shpresuar se, në rast fitoreje, veziri shkodran do t’i kthente krahinat që i ishin shkëputur Serbisë, të cilat sulltani ia kishte premtuar, por nuk po ia dorëzonte. Mirëpo ky princ u tregua dhe i pabesë. Duke pasur si qëllim të vetëm të aneksonte treva të Kosovës, ai synonte ta arrinte këtë pavarësisht se kush do ta fitonte luftën, ndaj i ofroi edhe Portës së Lartë ndihmën e tij ushtarake kundër shqiptarëve dhe boshnjakëve që u bashkuan me ta.
Ndërkaq, Mustafa Pasha siguroi asnjanësinë e Malit të Zi në këtë konflikt me Stambollin. Kështu u krijuan kushtet që Bushatlliu të fillonte veprimet ushtarake të kryengritjes. Por, derisa u plotësuan kushtet për t’u hedhur në sulm kundër Vezirit të Madh në Manastir, Bushatlliu humbi një kohë mjaft të çmuar.
Më 27 mars 1831, pasi la në Shkodër si zëvendës të birin, dhe pasi dërgoi në kështjellën e Lezhës municione për të përballuar ndonjë zbarkim detar të forcave qeveritare, Mahmud Pasha doli nga qyteti. Meqë më 31 mars kishte parashikuar të ndodhej në Prizren, u dërgoi fjalë boshnjakëve të arrinin gjatë kësaj kohe në Prishtinë për t’u bashkuar me të. Ata nuk e respektuan afatin, por kjo nuk e pengoi Bushatlliun ta çonte përpara kryengritjen. Çdo lëkundje a vonesë do të sillte dështimin e kryengritjes.
Po në këtë kohë Bushatlliu shpërndau një thirrje, në të cilën grishte popullsinë për kryengritje. Thirrja u prit me miratim kudo. Për të pasur përkrahjen e shtresave të gjera popullore, në thirrje, ndër të tjera, kërkohej që të mos prekej rajaja, që nevojat e ushtrisë të plotësoheshin duke blerë sendet e domosdoshme dhe jo duke vënë dorë mbi pronat shtetërore. Për të mos shkaktuar zemërimin e qeverive evropiane, ai deklaroi se edhe posta evropiane nuk do të cenohej.
Me Bushatlliun u bashkua popullsia e Nishit, ndërsa ajo e Sofjes, Filipopolit e Pazarxhikut, sipas lajmeve që vinin prej andej, priste mbërritjen e vezirit për t’u bashkuar me të.
Në Prizren u bashkuan me Mustafa Pashën pashallarët kosovarë, Mahmud pashë Prizreni, Jashar pashë Prishtina, Hysen pashë Vranja etj. Pashai shkodran shpalli se pagesat e rekrutimit të ushtarëve do të jepeshin sipas sistemit “burrë për shtëpi”. Për t’i përballuar ato kishte marrë premtimin e Mehmet Ali pashës së Egjiptit për një ndihmë financiare, ndërsa princi Millosh Obrenoviqi do t’i jepte 250 000 groshë. Në këtë kohë edhe Kara Fejzi Ali beu, aleati i Bushatlliut, u gjend në rrethin e Sofjes, me një forcë të rëndësishme kryengritëse, me të cilën u bashkuan forcat e Bali Efendiut të Pazarxhikut, që e kishin braktisur atë. Në rreshtat e forcave qeveritare nuk pranonte, atëherë, të rekrutohej njeri.
I shqetësuar për shpërthimin e kryengritjes shqiptare, Mehmet Reshid pasha u nis më 4 prill me 5 batalione nga Janina për në Manastir, ndërsa 3 të tjerë i la në Janinë, në Prevezë dhe në Ohër. Gjatë rrugës kërkoi nga Porta e Lartë përforcime të tjera në ushtarë të rregullt e në armatime. Me të mbërritur në Manastir kërkoi nga sulltani shpalljen “fermanli” dhe dënimin me vdekje të Mustafa Pashës, por jo të pasuesve të tij. Këtë e bëri me qëllim që t’u lihej atyre shteg për të kërkuar falje e për ta braktisur vezirin e Shkodrës. Ai kërkoi njëkohësisht dërgimin e 4 batalioneve nga Edreneja në Sofje dhe të një pjese të flotës ushtarake në bregdetin shqiptar.
Ndërkaq, sipas kërkesës së Vezirit të Madh, sulltani miratoi e shpalli fermanin, ku për Mustafa Pashën thuhej se “ai kishte në gjak tradhtinë, asnjëherë s’ka qenë besnik e i bindur me të vërtetë dhe tani e tregoi hapur natyrën e fshehtë të tij”. U arrestua edhe përfaqësuesi i Mustafa Pashës në Stamboll, Sulejman Beu. Ndërkohë Shejhylislami, Abdyl Vehabi, nënshkroi fetvanë, në të cilën miratonte dënimin me vdekje të vezirit kryengritës shqiptar të Shkodrës.
Më 10 prill 1831 forcat kryengritëse të Gegërisë mbërritën në Shkup. Shtabi i vezirit përpiloi planin e veprimeve luftarake, pavarësisht se boshnjakët nuk e mbajtën premtimin dhe nuk u paraqitën. Prej andej Mustafa Pasha u dërgoi letra mjaft feudalëve rumeliotë si dhe atyre të Shqipërisë Jugore ku kërkonte të bashkoheshin me të. Përveç të tjerëve, ai ftoi të merrnin pjesë në kryengritje edhe Tahir Abazin, Xhelil aga Picarin. Mjaft feudalë, si Emin agai i Qyprylisë, Jusuf agai i Përlepit, Ali agai i Matit dhe Iljaz Poda, pranuan të merrnin pjesë në kryengritje, kurse Tahir Abazi e Xhelil aga Picari, duke pritur zhvillimin e ngjarjeve, nuk dhanë ndonjë përgjigje.
Sipas planit të veprimeve luftarake, ushtria shqiptare prej rreth 16-18 mijë vetash duhej të nisej më 15 prill nga Shkupi e ndarë në këtë mënyrë: 4 000 veta të pararojës, nën komandën e Hasan Hotit do të çanin rrugën drejt Qyprylisë e Përlepit, 7-8 000 veta, të komanduar nga Sejfedin Pasha i Gjakovës do të niseshin në drejtim të Sofjes për të pushtuar atë qytet bashkë me forcat e Kara Fejzi Ali beut. Pas marrjes së Sofjes do të zihej derbendi Dudnicë-Samoko për të vënë nën kontroll rrugën e Manastirit. Luftëtarët e tjerë, nën komandën e Hivzi Pashës së Shkupit, Emin Pashës së Prizrenit, Jashar Pashës së Prishtinës dhe Hysen Pashës së Vranjës, do të ndiqnin pararojën dhe do të gjendeshin në Përlep më 20 prill. Pas tyre do të mbërrinte veziri, i shoqëruar prej Mahmud pashë Prizrenit, Asllan pashë Pejës, Abdurrahman pashë Tetovës dhe Ismail pashë Leskovcit.
Beteja e parë me forcat osmane të Mehmet Reshit pashës, u zhvillua më 21 prill 1831. Ky, i informuar se gjysma e forcave shqiptare ishte drejtuar për në Sofje, vendosi të sulmonte në befasi gjysmën tjetër me një ushtri dy herë më të madhe.
Sulmi filloi në të gdhirë të 21 prillit, kur forca të mëdha ushtarake osmane goditën, gjysmë ore larg Përlepit, pararojën e ushtrisë shqiptare, që nuk i bëri dot ballë mësymjes dhe u detyrua të lërë pajisjet në duart e armikut dhe të tërhiqej tri-katër orë më tej, deri te hani i Babunës, ku gjendej pjesa kryesore e ushtrisë shqiptare si dhe shtabi i saj me Mustafa pashë Bushatlliun në krye. Por ky sukses i Mehmet Reshid pashës, lajmi për të cilin turqit e përhapën me shpejtësi në përfaqësitë diplomatike evropiane, nuk vazhdoi më tej. Siç theksonte veziri bushatlli në letrën dërguar princ Miloshit më 24 prill, ushtria shqiptare prej 10 000 vetash e kundërsulmoi ushtrinë osmane, e theu dhe e dëboi nga derbendi (gryka, vendkalimi - shën. i aut.) i Përlepit. Ky kundërsulm u ndërmor nga kryengritësit shqiptarë në Përlep më 21 prill. Kurse pjesa tjetër e ushtrisë, që ndodhej në afërsi të Sofjes e pushtoi këtë qytet më 23 prill. Me urdhrin e posaçëm të Mustafa Pashës që mban datën 30 prill 1831, u arrestuan dhe u dërguan në Nish krerët kryesorë të ushtrisë osmane të Sofjes.
Por edhe fitoret e ushtrisë shqiptare nuk zgjatën më shumë se 14-15 ditë. Ndërkohë, Mustafa Pasha, meqë Stambolli hodhi kundër Sofjes së pushtuar nga shqiptarët forca të shumta osmane, i dërgoi Kara Fejziut që komandonte ushtrinë e atjeshme, pjesën më të madhe të forcave që dispononte dhe qëndroi në Babunë vetëm me 3 000 veta. Ai mendoi gabimisht se Veziri i Madh nuk do të guxonte ta sulmonte për shkak të disfatës që kishte pësuar, të dezertimeve të shumta në radhët e ushtrisë dhe pasi kishte shpërthyer, më 18 prill, kryengritja në Toskëri. Mirëpo Mehmet Reshid pasha, pasi mësoi se Bushatlliu kishte rreth vetes një forcë ushtarake të vogël, vendosi ta sulmonte në vendqëndrimin e tij në Babunë. Më 3 apo 4 maj, u zhvillua midis Përlepit e Qyprylisë një betejë e përgjakshme, e cila qe vendimtare për fatet e kryengritjes së Gegërisë. Pas 5 orë lufte, forcat e Bushatlliut, duke qenë të pakta në numër pësuan disfatë të plotë. Vetë veziri shkodran, i shoqëruar nga 100 kalorës, u detyrua të largohej nga fusha e betejës në drejtim të Shkupit.
Megjithëse kjo disfatë e paparashikuar solli një humbje të pjesshme për ushtrinë shqiptare, shumica e së cilës ndodhej në Sofje, lajmi për të u përhap si rrufe në të gjithë Rumelinë dhe demoralizoi përkrahësit e kryengritjes dhe veçanërisht forcat e armatosura shqiptare në Sofje e në Shqipëri. Duke synuar të ruanin të paktën privilegjet që kishin, pashallarët shqiptarë ndoqën shembullin e Hifzi Pashës së Shkupit, hoqën dorë nga vazhdimi i luftës dhe shpejtuan të kërkonin falje duke përfituar nga fermani i sulltanit, si edhe nga premtimet që Mehmet Reshid pasha u kishte dërguar fshehurazi. Veziri i Madh nuk ngurroi t’i falte menjëherë.
I braktisur nga pashallarët që i kthyen forcat nëpër krahinat e tyre, Kara Fejzi Ali beu u detyrua të largohej nga Sofja dhe në krye të 2 000 luftëtarëve u drejtua për në Nish. Por edhe aty morali i kryengritësve kishte rënë, sepse në hyrje të qytetit qenë vendosur forcat osmane të pashës së Vidinit. Prandaj ai mori rrugën e maleve për të dalë në krahinat e Leskovcit. Në Nish u kap edhe i besuari i Bushatlliut, Anton Jubani, me 250 000 groshë të tjera që i kishte dhënë princi Milosh, pas fitoreve të 21-23 prillit.
Orvatjet që Mustafa pashë Bushatlliu bëri në Shkup dhe në Prizren për të ngritur një ushtri të re, nuk dhanë fryt. Në këto kushte ai u nis drejt Shkodrës, ku mbërriti më 17-18 maj 1831. Këtu gjeti mbështetje te përkrahësit e programit të tij, ndaj filloi përgatitjen për t’i bërë ballë sulmit të ushtrive osmane që mund të vinte nga toka e deti, furnizoi me armatime e rezerva ushqimore kështjellat e Shkodrës dhe të Lezhës dhe u kërkoi edhe boshnjakëve të bashkëpunonin me të.
Ndërkaq ishin nisur nga Stambolli 5 anijet e para të flotës luftarake osmane që do të bllokonin bregdetin shqiptar, kurse nga Sofja u hodhën drejt Shkodrës rreth 30 000 ushtarë nën komandën e Izet Pashës.
Pasi nisi këto forca kundër vezirit kryengritës të Shkodrës, Porta e Lartë më 23 maj u komunikoi përfaqësuesve diplomatikë evropianë se kishte vendosur ndëshkimin e Bushatlliut dhe kërkoi prej tyre që të mos e strehonin në vendet e tyre nëse do të orvatej të arratisej. Përgatitjet e Mustafa Pashës për qëndresë përkuan me lëvizjen kryengritëse të Iljaz Podës dhe me ndërhyrjen e një ushtrie boshnjake në Kosovë, që korri fitore mbi forcat e Haxhi Ahmet pashës në afërsi të Prishtinës. Në muajin korrik 1831 Prishtina ra në duart e kapedan Hysen Gradashçeviçit. Të gjitha këto ngjallën shpresa te shumica e shqiptarëve, që ishin kundër ripushtimit ushtarak të vendit nga Veziri i Madh. Për këtë dëshmoi edhe fakti se të gjithë ushtarët shqiptarë, që ishin mobilizuar në radhët e forcave qeveritare të Haxhi Ahmet pashës, kaluan në anën e forcave boshnjake, duke kontribuar në fitoren e këtyre të fundit.
Mirëpo, zhvillimi i mëtejshëm i ngjarjeve solli zhgënjimin e forcave kryengritëse. Nën trysninë e flotës luftarake osmane, që kërcënoi me bombardim qytetet bregdetare dhe nën presionin e artilerisë së rëndë të ushtrisë osmane që mbërriti përreth kështjellës së Lezhës, garnizoni i këtij qyteti u largua drejt Matit pa luftë. Pas kësaj u dorëzuan edhe qytetet e Ulqinit dhe të Tivarit. Ndërkohë edhe komanda e ushtrisë boshnjake, që e kishte njoftuar Mustafa Pashën se do t’i vinte në ndihmë për ta nxjerrë nga rrethimi me 25 000 kalorës, nuk e mbajti fjalën.
Sipas marrëveshjes që ajo komandë kishte bërë me Dervish bej Koplikun, ushtria boshnjake dhe forcat shqiptare të vezirit të Shkodrës do të godisnin bashkërisht forcat osmane. Por Mehmet Reshid pasha i doli përpara këtij rreziku, duke i premtuar kapedan Hysen Gradashçeviçit postin e vezirit të Bosnjës dhe përjashtimin e këtij ejaleti nga sistemi i reformave centraliste. Në këto kushte feudalët kryengritës boshnjakë hoqën dorë nga ndihma që do t’i jepnin aleatit të tyre shqiptar dhe ranë në kurthin e Vezirit të Madh, i cili, pasi të nënshtronte lëvizjen kryengritëse në Shqipëri, që sipas vlerësimit të sulltanit përbënte rrezikun kryesor, do të hidhej me të gjitha forcat kundër kryengritësve boshnjakë.
Në këto rrethana Stambolli përqendroi rreth Shkodrës forca të shumta. Ushtrisë së Izet Pashës iu shtuan edhe ajo e Gjiritzade Mehmet pashës, si dhe ato të Hysen pashë Çermenit, që u afruan në Shkup nga Edreneja.
E bindur se qëndresa e Bushatlliut do të zgjaste, Porta e Lartë u orvat ta shuante sa më parë kryengritjen, që mund të përhapej jo vetëm në gjithë Shqipërinë, por edhe në Bosnjë e prej andej në tërë Rumelinë. Prandaj Stambolli, qysh në muajin korrik, kur forcat osmane po ngushtonin gjithnjë e më shumë rrethimin e Mustafa Pashës, bëri traktativa për marrëveshje me të. Si fillim i tyre shërbeu një letër e Hysen pashë Çermenit, drejtuar Bushatlliut, në të cilën kërkonte të dinte shkaqet dhe qëllimet e kryengritjes shqiptare. Mustafa Pasha, që kishte filluar të lëkundej, përfitoi nga rasti dhe duke mbuluar shkaqet e vërteta të kryengritjes, parashtroi si shkak qëndrimin armiqësor të Vezirit të Madh ndaj popullit shqiptar dhe ndaj tij. Kjo, shkruante ai, i bëri shqiptarët të bashkoheshin dhe të ngriheshin në luftë për ta dëbuar atë me forcë. Edhe bashkëpunimi shqiptaro-boshnjak, theksonte Mustafa Pasha, nuk përfaqësonte ndonjë komplot kundër pushtetit, dhe se, krerët shqiptarë dhe ata boshnjakë, të përfshirë në këtë bashkëpunim, i uronin sulltanit gjithë të mirat dhe shpresonin se ai nuk do të lejonte shkatërrimin e popujve shqiptarë e boshnjakë për interesat e një njeriu, të Vezirit të Madh. Bushatlliu theksoi kështu se ishte për mbylljen e konfliktit në mënyrë paqësore. Por në të njëjtën kohë, tregoi se ishte ende i fortë dhe se kishte mbështetjen e përkrahësve të vet jashtë kështjellës.
Natën e 5 gushtit 1831, 2 000 malësorë, duke bashkëpunuar me disa qindra qytetarë, mundën të hynin në qytetin e Shkodrës. Ky veprim përbënte më tepër një orvatje për të mbjellë farën e dezertimit në radhët e ushtrisë osmane, sesa një përpjekje për çlirimin e të rrethuarve.
Përgjigjja që veziri kryengritës i Shkodrës i dha Hysen pashë Çermenit, lehtësoi marrëveshjen e Stambollit me Mustafa Pashën. Edhe ky, pasi ra rrufeja më 25 gusht në një depo municionesh, e shihte marrëveshjen si të vetmen rrugë shpëtimi. Drejt saj po i shtynin të dyja palët edhe Fuqitë e Mëdha që i këshilluan të merreshin vesh. Sulltan Mahmudi II nuk ngurroi t’i kumtonte Bushatlliut, me anë të Vezirit të Madh, se po të dorëzohej, të hiqte dorë nga pushteti i tij në Shqipëri dhe të pranonte të jetonte në Stamboll, ai do ta falte dhe do ta mbante në shërbim me nderime në përputhje me pozitën e tij të lartë. Megjithëse mund ta vazhdonte qëndresën edhe për disa kohë dhe t’i shkëpuste kështu Portës faljen duke ruajtur qeverisjen e vendit, Mustafa Pasha pranoi të kapitullonte, ashtu siç kishte bërë edhe Iljaz Poda në Jug pak kohë para tij. Më 7 nëntor ai u dorëzua në duart e kundërshtarit të tij të vjetër, Mehmet Reshid pashës. Sipas urdhrave të sulltanit, ky e trajtoi me nderime dhe e përcolli për në Stamboll bashkë me dy djemtë dhe me 10 shërbëtorë, duke e vënë nën kujdesin e komandantit të gardës perandorake, Ahmet Pashës, që ishte dërguar në Shkodër posaçërisht për këtë mision. Edhe në Stamboll Mustafa Pasha u prit me nderime si një personalitet me rëndësi e jo si rebel dhe u strehua në një pallat të përgatitur posaçërisht për të e familjarët e tij. Vetë sulltani e priti disa herë në audienca të veçanta.
Me kapitullimin e Mustafa pashë Bushatlliut, ashtu siç njoftuan edhe përfaqësuesit e shteteve evropiane, mori fund “revolta e Shqipërisë”, mori fund kryengritja e armatosur për vetëvendosje në Shqipëri, kurse pas dorëheqjes së tij nga pushteti krahinor i trashëguar, u shemb përfundimisht Pashallëku i Shkodrës si një formacion shtetëror shqiptar, që kishte hyrë në rrugën e shndërrimit në një shtet shqiptar.
Dështimi i lëvizjes për vetëqeverisjen tregoi se feudalët shqiptarë, në kushtet kur në vend mungonin edhe premisat e nevojshme ekonomike, shoqërore dhe politike për një lëvizje të përgjithshme çlirimtare, nuk qenë në gjendje të përmbushnin detyrën historike të bashkimit politik të popullsisë shqiptare dhe të territoreve të saj në një njësi të vetme shtetërore dhe t’i shkëpusnin ato nga sundimi osman. Ata nuk arritën as edhe të marrin ato të drejta vetëqeverisëse, të cilat disa nga krahinat e Shqipërisë i gëzonin prej kohësh. Pasi shtypën lëvizjen e feudalëve shqiptarë për vetëqeverisjen e vendit, osmanllinjtë vendosën në Shqipëri “një pushtet të dytë”, pasi ai i mëparshmi ishte tronditur nga lufta që zgjati disa dhjetëra vjet.
Në mënyrë të veçantë, me dështimin e orvatjes që Mustafa pashë Bushatlliu bëri në vitet 30 për të ngritur në kryengritje popujt e shtypur të Ballkanit (të Rumelisë), që vuanin ende nën zgjedhën osmane, jo vetëm shqiptarët, por edhe këta popuj të Ballkanit humbën një nga mundësitë që u krijua për çlirimin nga zgjedha osmane, për të dëbuar nga Ballkani pushtuesin shekullor osman dhe për të formuar shtetet e tyre të pavarura kombëtare.
Në Shqipëri, ashtu si në vendet e tjera të Ballkanit, detyra e çlirimit kombëtar të popullit shqiptar i kaloi për zgjidhje epokës së re historike që çeli shek. XIX, Rilindjes Kombëtare Shqiptare.