Perandoria Osmane nuk njihte në zotërimet e veta kombësi, por vetëm komunitete fetare - myslimanët, rumët (ortodoksët) dhe latinët (katolikët). Rrjedhimisht edhe shqiptarët ishin grupuar në këto tri komunitete fetare dhe nuk njiheshin si një njësi kombëtare më vete. Atyre u lejohej ushtrimi i funksioneve arsimore-kulturore vetëm në gjuhët turko-osmane, greke dhe latine-italiane. Ndërsa te popujt fqinjë ortodoksë sllavë u ruajt, kundër vullnetit të Patrikanës greke, tradita e përdorimit të gjuhës popullore në kishë e në arsim, shqiptarët ishin privuar nga përdorimi i gjuhës amtare shqipe në kisha e në arsim. Përveç kësaj, komunitetet e tyre fetare ishin të varura nga tri qendra të ndryshme të huaja kishtare e kulturore.
Institucionet kryesore arsimore që u ngritën në periudhën e sundimit osman në Shqipëri, ishin shkollat e komuniteteve myslimane, me mësim në gjuhët turko-osmane dhe arabe. Në fillim të shek. XVI, me të ardhurat që vinin nga pasuritë e vakëfuara të feudalëve dhe besimtarëve të tjerë të pasur myslimanë, u hapën në disa qendra të Shqipërisë, kryesisht pranë xhamive, shkolla fillore ose mektepe. Këtu mësuesit-hoxhallarë u mësonin nxënësve leximin e librit të shenjtë, të kuranit, dhe pak shkrim me shkronja arabe. Në shek. XVII, kur ndodhi islamizimi masiv i shqiptarëve, filloi të shtohej numri i mektepeve që hasen tani edhe në disa fshatra. Pranë mektepeve në qytetet kryesore të vendit u çelën edhe shkolla të një shkalle më të lartë, medresetë, ku nxënësit mësonin gramatikën dhe leksikun e arabishtes, të persishtes dhe të osmanishtes, retorikën e letërsisë orientale dhe doktrinën islame. Numri i nxënësve të tyre ishte i kufizuar. Në këto medrese përgatiteshin klerikët që shërbenin në institucionet e kultit islamik dhe në aparatin shtetëror. Në tokat shqiptare u krijua kështu një shtresë intelektualësh të pajisur me kulturë islame, disa prej të cilëve kishin studiuar edhe në medresetë e Stambollit, të Aleksandrisë ose të Bagdatit.
Më e vështirë ishte gjendja e arsimit të popullsisë së krishterë, e cila nuk gëzonte mbështetjen e shtetit dhe i nënshtrohej diskriminimit. Ortodoksët dhe katolikët kishin pak shkolla fillore (fetare) që ishin ngritur zakonisht pranë ndonjë manastiri ose kishe dhe në raste të veçanta pranë ndonjë fshati. Edhe ata pak nxënës që i frekuentonin ato ishin të paracaktuar, kryesisht, për t’u bërë klerikë. Mësuesit ishin gjithashtu klerikë, ndërsa programi i tyre përbëhej nga lëndë krejtësisht fetare.
Shkollat e komunitetit ortodoks, që funksiononin në Shqipëri qysh nga shek. XVI-XVII, ishin nën mbrojtjen e Patrikanës së Stambollit, ndaj patën një jetë më të qëndrueshme. Mësimi në këto shkolla jepej greqisht, në gjuhën e kishës. Fondet për mbajtjen e tyre formoheshin nga dhuratat e besimtarëve për kishën dhe qysh nga gjysma e dytë e shek. XVII edhe nga kontributi financiar që jepnin esnafet ortodokse të qyteteve për këtë qëllim. Për përgatitjen e mësuesve patrikana kishte organizuar shkolla në Malin Atos dhe në Stamboll.
Shkollat katolike ishin nën drejtimin e kishës së Romës dhe kishin si detyrë të përgatisnin mësues-klerikë. Si mësues shërbenin klerikë shqiptarë e të huaj, të përgatitur në kolegje të veçanta, siç ishte p.sh. Kolegji Ilirik në Loreto. Kur misionarët e Romës vunë re se veprimtaria e tyre në Shqipëri nuk po jepte rezultatet që priteshin, për shkak se zhvillohej latinisht ose italisht dhe jo në gjuhën e popullit, Roma filloi të përdorte edhe gjuhën shqipe në shkollat fetare katolike. Në këto rrethana u hapën disa shkolla të tilla, ku mësohej edhe gjuha shqipe dhe ku shërbenin si tekste mësimore katekizmat e hartuar nga shkrimtarë klerikë si Pjetër Budi. Këto ishin ngritur kryesisht pranë famullive dhe manastireve. Një shkollë e tillë funksiononte në vitet 1628-1675 në Pedhanë dhe po në atë kohë edhe në Blinisht (të dyja në rrethin e Lezhës), si dhe në Kurbin (rrethi i Krujës). Në 1669-1670 funksiononte një shkollë katolike në gjuhën shqipe edhe në Himarë. Në Pedhanë e në Blinisht u krijuan më vonë edhe shkolla më të larta, gjimnaze, ku përdorej gjithashtu gjuha shqipe. Këto shkolla u ngritën nga murgj françeskanë. Shkolla të mesme shqipe katolike u hapën edhe në Janievë të Kosovës (1671), në Velje të Mirditës (1699), në qytetin e Shkodrës (1699). Në këto shkolla të mesme nxënësit, që ishin destinuar për t’u bërë klerikë, studionin teologjinë, gjuhët latine e italiane dhe disa prej tyre dërgoheshin për studime më të larta në Itali.
Mësimi i gjuhës shqipe në këto shkolla, edhe pse tepër i kufizuar, ishte në interes të popullsisë vendase, që i përkrahte ato. Kështu gjimnazi i Blinishtit u ngrit me kërkesën e krerëve të vendit dhe kur në vitin 1648 shkolla e Pedhanës u rrafshua nga një ekspeditë ndëshkimore osmane, banorët e fshatit e rindërtuan atë përsëri.
Zhvillimi i arsimit në gjuhën shqipe në shek. XVII u pengua për shkak të ndjekjeve të qeveritarëve osmanë. Megjithatë, në shek. XVII, në shtresat e larta të shoqërisë shqiptare ishte zgjeruar rrethi i njerëzve të mësuar. Por edhe këta, të përgatitur në institucione fetare në gjuhët e mëdha të kulturës, në latinisht, greqisht ose në arabisht, parapëlqenin të përdornin këto gjuhë. Në çerekun e parë të shek. XVII Pjetër Budi shprehej shumë ashpër për një pjesë të madhe të klerit të lartë katolik shqiptar, që tregohej indiferent dhe mospërfillës ndaj lëvrimit të gjuhës shqipe, si dhe ndaj gjendjes së mjerueshme kulturore të popullit shqiptar.
Në vitin 1622 kisha katolike krijoi institucionin me emrin “De Propaganda Fide” me qendër në Romë. Ky ngriti disa shkolla për përgatitjen e klerikëve shqiptarë, si Kolegji ilirik i Fermos (1633), që drejtohej nga misionarët jezuitë, shkolla e Montorinos në Romë, nën drejtimin e misionarëve françeskanë dhe dy shkolla për nxënësit nën drejtimin e bazilianëve, njëra në Grota Ferra afër Romës dhe tjetra në një koloni arbëreshe të Sicilisë. Rrethana më të favorshme për arsimin shqip u krijuan, kur në fronin e papës hipi Klementi XI, me origjinë shqiptare. Me nismën e tij u mblodh më 1703 Koncili i peshkopëve të Shqipërisë, që njihet me emrin “Koncili i Arbërit”, i cili vendosi të përhapte letërsinë fetare në gjuhën shqipe. Tetë vjet më vonë, më 1711, në shkollën e Montorinos në Romë u hap katedra e gjuhës shqipe.