Postin e valiut të Rumelisë Ali Pasha e pranoi dhe u mundua ta shfrytëzonte për të luftuar rusët në një front më të gjerë dhe për të rritur autoritetin e vet në Rumeli e sidomos në Shqipëri, duke bërë për vete sa më shumë përkrahës. Meqenëse në këtë kohë, krahas suliotëve, kundër tij ishte formuar përsëri besëlidhja e qeveritarëve kufitarë të Delvinës dhe të Vlorës, të cilët kishin siguruar edhe përkrahjen e Ibrahim pashë Bushatlliut, Aliu e pranoi detyrën e re pasi vuri si kusht që Porta e Lartë të garantonte zotërimet e veta nga kërcënimi i tyre. Kësaj pune Porta e Lartë ia doli mbanë dhe besëlidhja këtë herë nuk arriti të vepronte kundër Aliut. Kështu ai, pa e pezulluar luftën kundër suliotëve, filloi me zell detyrën e re. Ushtria e madhe që grumbulloi për të vendosur qetësinë në Rumeli, e sidomos në Bullgari, sukseset e rrufeshme që pati kundër Osman Pashës së Silistrës, kundër çetave rebele dhe feudalëve të pabindur, si dhe pasuritë e armët që shtiu në dorë kudo që kaloi, shqetësuan kaq shumë qeveritarët osmanë, sa këta përhapën fjalën se tepelenasi po bëhej rrezik për fronin e sulltanit. Në muajin qershor 1803 Selimi III, i cili pati më shumë frikë sesa nevojë për të, e liroi nga ai post dhe në vend të tij emëroi si vali të Rumelisë vezir Ibrahim pashë Bushatlliun.
Edhe ky korri një varg suksesesh kundër feudalëve rebelë. Madje në muajin nëntor 1804 pashai Bushatlli përqendroi 30 000 ushtarë në Manastir. Ky përqendrim në afërsi të Pashallëkut të Janinës e shqetësoi Ali Pashën, i cili pati frikë se mos i iknin nga duart 14 kaza që kishte shkëputur nga sanxhaku i Manastirit. Prandaj u shpërngul në Tepelenë dhe bëri përgatitje për mbrojtje, duke hyrë në bashkëpunim me Ibrahim Pashën e Beratit, tashmë rival i Bushatlliut për sanxhakun e Elbasanit. Në maj të vitit 1805 Bushatlliu filloi operacione luftarake për pushtimin e sanxhakut të Elbasanit, që e qeveriste si shtesë Ibrahim Pasha i Beratit. Mirëpo u gjend para qëndresës së forcave ushtarake të dy sundimtarëve të fuqishëm të Shqipërisë Jugore, të cilët e detyruan të hiqte dorë nga synimi i vet.
Ndërkohë po zhvilloheshin ngjarje të rëndësishme politike në arenën ballkanike dhe në atë evropiane. Pas fushatës kundër Republikës Franceze, sulltan Selimi III, duke dashur të përforconte pushtetin qendror në perandori, filloi zbatimin e reformave. Mirëpo feudalët e mëdhenj provincialë në Gadishullin Ballkanik, si Ismail bej Serezi, Tersekli Ogllui dhe Pasvan Ogllui, u ngritën kundër reformave të sulltanit, e veçanërisht kundër reformës ushtarake, e cila parashihte organizimin e ushtrisë sipas mënyrës evropiane. Me këta u bashkua edhe Ali Pasha, jo vetëm pse dëshironte dobësimin e pushtetit qendror të sulltanit për t’u bërë sa më i pavarur, por edhe sepse me sistemin e rekrutimit sipas mënyrës evropiane do të goditej rëndë sistemi i rekrutimit të ushtarëve me rrogë e bashkë me të do të goditeshin edhe interesat e shtresës feudale që mbështeste pushtetin e tij. Me nxitjen edhe të Aliut, në korrik të vitit 1806, në Edrene u rebeluan jeniçerët. Kështu për pushtetin qendror u krijua një situatë shumë e rrezikshme, që sulltanit reformator ia veniti hovin për të vënë në jetë reformat.
Ndërkohë në fushën e marrëdhënieve ndërkombëtare, Perandoria Osmane po afrohej me Francën dhe po ftohej me Rusinë e Anglinë. Lufta me këto dy shtete ishte bërë e pashmangshme. Si rrjedhim, edhe diplomacia e këtyre shteteve po merrte tjetër qëndrim ndaj vezirit të Janinës. Oborri i Petërsburgut kërkoi nga kont Mocenigo të ndiqte një politikë paqësore me të. Parisi i premtoi Aliut ta njihte si sundimtar të pavarur, në rast se trupat frënge do të pushtonin Gadishullin Ballkanik, dhe se do ta merrte nën mbrojtje kundër çdo ndëshkimi nga ana e sulltanit. Kur më 1806 Fransua Pukëvili (François Pouqueville), i emëruar konsull i përgjithshëm i Francës, mbërriti në Janinë në krye të detyrës, i solli Aliut edhe premtimin e Bonapartit se do ta ngarkonte me qeverisjen e Korfuzit, po qe se nuk do të kursente ndihmën e tij për dëbimin e rusëve që andej. Duke shpresuar se do të siguronte përkrahjen e Napoleonit për t’u bërë sovran i pavarur, Aliu u mundua të lidhej sa më ngushtë me Francën, aq më shumë kur rusët vazhdonin të nxisnin besëlidhjen e feudalëve kundërshtarë të tij. Me anë të Pukëvilit ai i paraqiti qeverisë franceze një plan bashkëpunimi ushtarak për dëbimin e rusëve nga ishujt jonianë. Sipas këtij plani, Ali Pasha do t’i luftonte rusët me forcat e veta gjatë bregdetit deri në Selanik, pastaj do të merrte pjesë në nënshtrimin e serbëve, lëvizja e të cilëve u shërbente rusëve. Qeveria franceze e vonoi përgjigjen me prapamendim për të mos i prerë hovin Ali Pashës, por edhe për të mos e prishur me Portën e Lartë që arriti ta bënte atë aleat të saj kundër Rusisë dhe Anglisë.
Në dhjetor të vitit 1806, Porta e Lartë i shpalli luftë Rusisë. Në janar 1807 Aliu arrestoi konsujt rusë në territorin e vet dhe, i armatosur me artileri nga francezët, u orvat të sulmonte ishullin e Shën Maurës, por rusët ngritën kundër tij feudalët çamë, kurse martallozët grekë i hodhën në një revoltë të fuqishme në Thesali. Aliu gjeti mënyrën se si të pajtohej me çamët, kurse kundër revoltës së martallozëve thesaliotë dërgoi Myftar Pashën, i cili e mbyti në gjak dhe e shtypi atë. Kurse Napoleoni, duke u nisur nga synimi që të siguronte aleancën e Portës së Lartë dhe futjen e saj në luftë me Rusinë e Anglinë, e këshilloi Ali Pashën që interesat e “vërteta të tij” t’i shihte të lidhura me ato të Perandorisë Osmane. Me fjalë të tjera, Franca nuk pranoi shkëputjen e vezirit të Janinës nga shteti osman. Edhe pse në këtë kohë Ali Pasha e trajtoi përfaqësuesin e Francës me përzemërsi, marrëdhëniet me këtë shtet nuk mbetën të përzemërta dhe veziri i Janinës kërkoi të gjente një mbështetje të jashtme që ta përkrahte në synimet e tij.
Kur në pranverën e vitit 1807 filluan në Tilsit bisedimet e paqes midis perandorëve të Rusisë dhe të Francës, Aliu dërgoi përfaqësuesin e vet për t’i kujtuar Napoleonit I premtimin lidhur me qeverisjen e Korfuzit. Mirëpo ky nuk e përfilli. Si rrjedhim, marrëdhëniet me forcat frënge, që u vendosën përsëri në ishujt jonianë, u ftohën shumë. Pashai i Janinës u bë pengesë e pakapërcyeshme për planet e Bonapartit për zotërimin e Butrintit dhe për ta kthyer këtë skelë në një bazë që do t’u shërbente forcave franceze për të mbrojtur më mirë kanalin e Korfuzit dhe si pikënisje për të depërtuar më vonë në pjesën evropiane të Perandorisë Osmane.
Porta e Lartë e dha gojarisht pëlqimin për dorëzimin e Butrintit në duart e komandës franceze të Korfuzit, si dhe për kalimin e trupave franceze nga Dalmacia në këtë pikëmbështetje nëpërmjet tokave shqiptare. Mirëpo shqiptarët si në veri, ashtu edhe në jug, e kundërshtuan një veprim të tillë të Stambollit. Në këto rrethana, Ali pashë Tepelena, Ibrahim pashë Bushatlliu dhe pashallarët e tjerë shqiptarë, nuk i pranuan kërkesat franceze. Ata lanë mënjanë mosmarrëveshjet e tyre dhe u përgatitën për mbrojtjen e përbashkët. Në shkurt të vitit 1808 gjenerali Bertje kërkoi dorëzimin e Butrintit. Pasi u deklaroi diplomatëve dhe ushtarakëve francezë se “nuk do ta lëshojë Butrintin dhe asnjë pëllëmbë të tokës shqiptare pa luftë ... e se francezët nuk do të kalonin në vendin e tij veçse mbi valë gjaku”, Ali Pasha e shpalli në popull ultimatumin francez dhe bëri thirrje për mbrojtje. Popullsia e përkrahu qëndrimin e vezirit të Janinës. Po kështu bëri edhe Porta e Lartë, e cila anuloi pëlqimin gojor që u kishte dhënë francezëve. Për të mos i prishur marrëdhëniet me Stambollin që e ndryshoi qëndrimin e vet, Bonaparti largoi gjeneralin Bertje nga Korfuzi, ashtu siç largoi edhe ambasadorin Sebastian nga Stambolli. Por plani i tij dështoi. I armiqësuar tani si me Rusinë, ashtu edhe me Francën, Ali Pasha, për të mbrojtur qytetet bregdetare, u drejtua nga Anglia, me të cilën ishin vendosur kontaktet e para qysh më 1803. Përfaqësuesit anglezë në Stamboll e Patras i kishin dhënë pashait të Janinës informata rreth veprimeve të rusëve kundër tij dhe kishin nxitur popullsinë myslimane ta përkrahte atë. Më 22 prill 1806, në Janinë u vendos konsulli anglez J. P. Morier. Me këtë rast Ali Pasha u përpoq të përmirësonte marrëdhëniet e tij me agallarët çamë të përkrahur nga rusët. Edhe Morieri ishte i mendimit se rusët do të kishin më shumë përfitime, nëse do ta kishin mik vezirin e Janinës sesa armik, prandaj i këshilloi të hynin në bisedime me të. Por edhe pse filluan, këto bisedime u ndërprenë sidomos nga fundi i vitit 1806, kur politika osmane mori drejtim profrëng dhe Stambolli i shpalli luftë Rusisë e pastaj, edhe aleates së saj, Anglisë.
Në nëntor të vitit 1807, kur i kishte prishur marrëdhëniet me Francën, Aliu i rifilloi bisedimet me anglezët për të siguruar të paktën mbështetjen e tyre. Më 1808 ai nisi për në Londër një përfaqësuesin e vet, Said Ahmetin, që të shfaqte gatishmërinë e vezirit të Janinës për të ndërmjetësuar në Stamboll rreth përfundimit të paqes midis Perandorisë Osmane e Mbretërisë Angleze dhe për të ndihmuar forcat detare të saj kundër francezëve.
Vrasja e sulltan Mustafait IV dhe sidomos vrasja e Mustafa pashë Bajraktarit bënë që politika profrënge të fashitej dhe të miratohej përfundimi i traktatit të paqes me Anglinë në fillim të muajit janar 1809. Ali Pasha, që kishte luajtur një rol me rëndësi në këto ngjarje, vazhdoi përpjekjet për zgjerimin e pashallëkut në drejtim të Shqipërisë Jugore. Pasi u arrit paqja midis Londrës e Stambollit, në shkurt të vitit 1809, qeveria angleze i dërgoi atij si dhuratë një pajisje të plotë artilerie me predha ndezëse, një nga prodhimet e fundit të armëve të kohës. Bashkë me këtë dhuratë, në Janinë erdhi dhe u vendos si përfaqësues diplomatik i qeverisë angleze V. M. Lik (William Martin Leake). Në këtë atmosferë, më 1809, e vizitoi Ali Pashën edhe Xhorxh Bajroni me Hobharzin. V. M. Lik nuk solli me vete përgjigjen ndaj propozimit të Ali Pashës për aleancën me Anglinë dhe për ta marrë atë në mbrojtjen e saj siç i kishte premtuar edhe në bisedimet e fshehta. Pasi siguruan aleancën me Portën e Lartë, anglezët s’kishin më nevojë për një aleancë me Aliun kundër francezëve. Madje Liku e këshilloi Aliun të mos ndërmerrte veprime luftarake kundër francezëve. Atëherë Aliu u përgatit të asgjësonte aleatët vendas të francezëve. Rasti i përshtatshëm iu paraqit atij me vdekjen e Ibrahim pashë Bushatlliut dhe me grindjet në Shkodër për punën e trashëgimisë së pushtetit.
Duke pasur një farë përkrahjeje nga ana e qeverisë angleze, duke bërë për vete grupimin e fortë të çifligarëve beratas që kryesonte Omer bej Vrioni dhe duke shfrytëzuar kohën kur Porta e Lartë gjendej në luftë me Rusinë dhe se telashet e saj me kryengritësit serbë u bënë me të vërtetë serioze, Ali Pasha iu vu pushtimit të plotë të sanxhakut të Vlorës dhe të Elbasanit. Nën drejtimin e të birit, Mustafa Pashës, ai i hyri pushtimit të sanxhakut të Vlorës duke filluar nga kryeqendra e tij, Berati. Aliu dërgoi drejt këtij qyteti një ushtri të fortë. Pas katër muaj luftimesh, Ibrahim Pasha i Beratit kërkoi paqe, duke i lënë Ali Pashës një pjesë të sanxhakut të vet dhe duke hequr dorë nga sanxhaku i Elbasanit. Këtë sanxhak sulltani ia njohu nipit të Aliut, Mehmet Pashës.
Për të shmangur zemërimin e sulltanit, Aliu nuk vonoi të dërgonte një pjesë të forcave të tij në front. Me pjesën tjetër të ushtrisë ai ndërmori në vjeshtë një sulm të dytë e të befasishëm kundër Beratit, të cilin këtë herë e pushtoi. Ibrahim Pasha u mbyll në kështjellë. Por përpara se t’i vinte ndihma nga aleatët e vet, nga feudalët çamë dhe nga Mustafa pashë Delvina dhe i braktisur nga ushtarët e vet, Ibrahim Pasha u detyrua në fillim të vitit 1810 të pranonte kushtet e kapitullimit dhe të tërhiqej në Vlorë. Përpjekjet e tij për të rifituar tokat e humbura patën një sukses kalimtar me ripushtimin e përkohshëm të Beratit. Por gjatë veprimeve luftarake të mëtejshme Ibrahim Pasha dështoi dhe flota e vezirit të Janinës e ndihmuar prej anglezëve e mbajti atë të bllokuar.
Bashkë me Beratin mori fund edhe nënshtrimi i pjesës së papushtuar të Himarës, shumica e banorëve të lirë të së cilës ishin lidhur me francezët duke shërbyer në formacionet ushtarake të tyre. Ali Pasha e bllokoi krahinën nga deti dhe nga toka, zbarkoi së pari në Vuno e pastaj në Himarë, Piqeras e Dhërmi ku vendosi garnizone dhe mori pengje. Më 24 dhjetor 1810 krahina e Himarës u detyrua të nënshtrohej.
Pas nënshtrimit të Himarës, feudalët çamë, të gjendur përballë kundërshtimit të popullsisë çame, e cila e shihte pushtetin e vezirit të fuqishëm të Janinës si mbrojtës të vetëm të interesave të saj, pranuan njëri pas tjetrit të hynin nën kontrollin e tij. Në muajin qershor 1811 iu nështruan edhe njëzet e dy krerë të Dukatit (rrethi i Vlorës) që kishin qenë lidhur deri atëherë me Ibrahim Pashën. Për garanci të besnikërisë së tyre ata i dhanë pengje Ali Pashës. Kështu ra në duart e tij edhe Pashalimani.
Ndërkohë, krahas krahinave bregdetare vazhdoi edhe nënshtrimi i brendisë së vendit. Jashtë kontrollit mbetën ende Gjirokastra, Kardhiqi, Zhulati e Vlora, si dhe zonat fshatare të Nivicës, të Malëshovës e të Kuçit. Marrja e qytetit të Vlorës paraqiste vështirësi, sepse binte ndesh me këmbënguljen e Portës së Lartë për të mos e zhveshur nga pushteti Ibrahim Pashën, të cilin e përkrahte diplomacia franceze. Por nuk vonoi që edhe kjo nyje të zgjidhej. Ali Pasha mundi të shtinte në dorë faktet që zbuluan se Ibrahim Pasha ishte orvatur t’ua dorëzonte Vlorën francezëve. Kështu Porta e Lartë mori anën e Aliut dhe hodhi poshtë të gjitha akuzat franceze kundër vezirit të Janinës. Ajo nuk kundërshtoi pushtimin më 1 gusht 1811 të Vlorës nga Ali Pasha, me të cilin u bashkuan edhe krerët feudalë vlonjatë. Përkundrazi urdhëroi vrasjen e Ibrahim Pashës që u arratis në malet e Labërisë. Por Ali Pasha mundi ta shtinte në dorë dhe nuk e vrau, e strehoi në Konicë e pastaj në sarajet e veta në Janinë, duke e lënë atë dhe djalin e tij Sulejman Pashën, nën kujdesin e grave të Myftarit dhe Veliut, që ishin bijat e Ibrahimit.
Rënia e Vlorës dhe premtimi që emisari francez nga Stambolli u bëri krerëve të Shqipërisë së Jugut, për t’u siguruar përkrahjen e Portës së Lartë dhe të komandës franceze të Korfuzit, i vuri këta në lëvizje. Në fund të muajit gusht 1811, Mustafa pashë Delvina, i vëllai i Sali Beut, Demir Dosti i Kardhiqit, bejlerët e Gjirokastrës dhe agallarët e Zhulatit, u lidhën midis tyre në kuvendin e Palavlisë dhe vendosën t’i kundërviheshin me 10 000 ushtarë shtrirjes së mëtejshme të pushtetit të vezirit të Janinës. Prandaj më 9 tetor Aliu nisi 2 000 ushtarë kundër Gjirokastrës. Mustafa Pasha e i vëllai ngritën krye duke dëbuar njerëzit e vezirit. Atëherë kundër tyre Ali Pasha dërgoi një ushtri tjetër, e cila i detyroi të dy vëllezërit të braktisnin Delvinën e të shkonin në Kardhiq. I rrethuar prej dy ushtrive të Aliut, qyteti i Gjirokastrës, pas marrëveshjes që u arrit me bejlerët vendas, u dorëzua më 20 nëntor 1811. Nën presionin e banorëve dhe me ndërmjetësinë e motrës së vezirit Shanishasë, bejlerët vendas u detyruan t’i nënshtroheshin pasi artileria prishi ujësjellësin dhe mullinjtë e qytetit.
Pas kësaj ngjarjeje agallarët e Zhulatit u tërhoqën nga beslidhja kundër Ali Pashës dhe iu nënshtruan atij pa luftë. Mbeti vetëm Kardhiqi, krerët e të cilit vendosën të luftonin.
Luftimet zgjatën nga muaji nëntor 1811 dhe deri nga fundi i muajit shkurt 1812. Forcave rrethuese të Aliut iu desh të bënin sakrifica të shumta për të përparuar duke shembur njërën pas tjetrës shtëpitë fortesa ku qëndronin mbrojtësit e qytezës. Luftimet do të zgjasnin edhe më, po të mos qe ndërhyrja e shtresave të ulta qytetare që i detyroi krerët të ndërprisnin luftën, e cila u bë e pashpresë sidomos pas ikjes fshehurazi të emisarit francez në Korfuz. Mustafa Pasha, Demir Dosti e të tjerë u dorëzuan dhe u dërguan në Janinë ku u burgosën. Aty mjaft prej tyre u pushkatuan me përjashtim të Mustafa Pashës, i cili vdiq më vonë në burg. Mirëpo Ali Pasha nuk la pa ndëshkuar qytezën dhe banorët e saj që i kundërshtuan me luftë. Ndryshe nga trajtimi i qyteteve të tjera, përveç djegies fund e majë të Kardhiqit, ai pushkatoi edhe shtatëqind meshkuj. Ky akt i rëndë hakmarrës për gjakun e derdhur gjatë luftimeve duket se u bë edhe si masë frikësimi politik për të shmangur kundërshtimet e tjera në rrugën e pushtimeve të mëtejshme drejt veriut të Shqipërisë.
Porta e Lartë pranoi kërkesën e vezirit të Janinës që Myftar Pasha të emërohej qeveritar i sanxhakut të Vlorës. Duke vënë nën pushtetin e vet Thesalinë, Morenë dhe Shqipërinë Jugore nga Preveza deri në Shkumbin, familja e Ali pashë Tepelenës arriti kulmin e fuqizimit të vet. Me shtrirjen e pushtetit të vezirit të Janinës në gjithë Shqipërinë e Jugut, u bë një hap i rëndësishëm përpara për bashkimin politik të trojeve shqiptare. Ky ishte një objektiv, drejt të cilit bashkoheshin synimet e feudalëve më të fuqishëm shqiptarë të çerekut të parë të shek. XIX.