Muzeut arkeologjik shënon një periudhë të artë për historikun e këtij qyteti. Nëpërmjet objekteve të ekspozuara vizitorët do të mësojnë se Apolonia antike e krijuar nga kolonët grekë rreth viteve 620 Para Krishtit është ndërtuar mbi rrënjët e një qytetërimi shumë më të hershëm.

Të paktën 800 objekte të ndryshme, që tregojnë ritmet e zhvillimit epokal në Apoloni, janë ekspozuar në muzeun arkeologjik të këtij qyteti antik.

“Në Apoloni numri i vizitorëve shënon rritje progresive nga viti në vit, por mungesa e një muzeu arkeologjik ka qenë një mungesë e madhe. Për këtë arsye hapja e një muzeu të denjë për një park arkeologjik si Apolonia ishte një nga objektivat tona kryesore, që falë mbështetjes së Ministrisë së Turizmit, Kulturës, Rinisë dhe Sporteve dhe zyrës së Unesco-s në Venecia ky objektiv u bë realitet”, tha Drejtori i Parkut Kombëtar Arkeologjik të Apolonisë, Marin Haxhimihali.

Sipas tij, muzeu i përgjigjet standardeve bashkëkohore si përsa i përket ekspozimit, ashtu edhe sigurisë.

“Janë rreth 800 objekte arkeologjike të përmasave të ndryshme që nga skulpturat, enët antike, monedhat, objektet e qelqit, ato metalike etj, të cilat qëndrojnë të ekspozuara në një sipërfaqe prej 1000 metër katrorë, e të vendosura në 25 stenda,” tha Haxhimihali.

Sipas tij,  muzeu arkeologjik pritet ta shtojë edhe më tepër frekuentimin e parkut arkeologjik të Apolonisë.

Objektet dhe veglat e ekspozuara në stendat e muzeut datojnë në një periudhë shumë më të largët, rreth 1200 vjet Para Krishtit.

Në galerinë e pafund të objekteve të gjetura dhe tashmë të ekspozuara në Muzeun Arkeologjik të Apolonisë gjenden skulptura nga më të ndryshme si, portrete aristokratësh, gladiatorë, portrete vajzash, gurë varresh me gdhendje, vegla pune, figura kafshësh, kalorësa, luftëtarë, peizazhe natyrore,etj.

Muzeu i Apolonisë u hap për herë të parë në vitin 1970. Ai ishte mbyllur në vitin 1991 për shkak të grabitjeve sistematike në kohën e fillimit të tranzicionit, me qëllim ruajtjen e objekteve arkeologjike.

Objektet arkeologjike pas vitit 1990 per shume kohe per arsye sigurie ruheshin në Institutin e Arkeologjisë në Tiranë. Tashmë ato i janë rikthyer vendit ku u zbuluan, Parkut Arkeologjik të Apolonisë.