Muzeu fillimisht u ngrit mbi bazën e koleksioneve të vjetra të kuvendeve të Jezuitëve dhe Franceskanëve themeluar që nga fundi i shek te XIX.

Muzeu Historik i Shkodrës ka nisur të organizohet që në vitin 1947 (nën emërtimin “Muzeu Popullor”), por mori formë të plotë më 1949. Ai u vendos në qendër të qytetit, në një ndërtesë monumentale të shek 19,vlerat e së cilës ia shtonte “Kulla e Sahatit” bashkëngjitur me të. Muzeu fillimisht u ngrit mbi bazën e koleksioneve të vjetra të kuvendeve të Jezuitëve dhe Franceskanëve themeluar që nga fundi i shek te XIX, si dhe nga koleksione të familjeve shkodrane. Me pas ato erdhen duke u shtuar përmes dhurimeve, blerjeve, gjetjeve te rastit dhe gërmimeve arkeologjike.

Më 1953, me pasurimin e mëtejshëm të tij u bë riorganizimi i tij, i cili ndahet në disa sektorë, ku për shkak të ideologjizimit të sistemit monist, përparësi merr ai i Luftës Nac-Çlirimtare dhe i ndërtimit socialist. Gjatë viteve në vazhdim ngrihen edhe muze e shtëpi-muze të tjera, duke formuar një rrjet muzeal prej 7 qendrash muzeale.

Pas ndërrimit të sistemit, me reformat e thella që u ndërmorën në fillim të viteve ’90 dhe për pasojë shtëpitë ku ishin ngritur muzetë iu kthyen ish pronarëve, ky rrjet muzeal u shpërbë, duke mbetur në funksion vetëm Muzeu qëndror ku u grumbulluan të gjitha objektet muzeale të qendrave muzeale të mëparshme. Muzeu Historik u transferua në banesën monumentale të sapo restauruar (shtëpi karakteristike shkodrane që mban emrin “Oso Kuka), ku ndodhet edhe sot.